Job Description P42592 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 12:01:39 GMT 2012 Rank 5 Aligned Residues 544 % Identity 14% Template c1v7wA_ PDB info PDB header:transferase Chain: A: PDB Molecule:chitobiose phosphorylase; PDBTitle: crystal structure of vibrio proteolyticus chitobiose phosphorylase in2 complex with glcnac Resolution 1.60 Å

Show / Hide SS confidence

Show / Hide Conservation and Alignment quality

		116	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140		.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																											.
Query SS confidence																											.
Query Sequence		P	G	A	L	V	Q	K	L	T	A	K	D	V	Q	V	E	M	T	L	R	F	A	T	P	R	.	T	S	L	L	E	T	K	I	T	S	N	K	P	L	D	L	V	W	D	G	E	L	L	E	K	L	E	A	K	E	G	K	P	L	S	D	K	T	I	A	G	E	Y	P	D	Y	Q	R	K	I	S	A	T	R
Query Conservation																											.
Alig confidence																											.
Template Conservation
Template Sequence		L	S	Y	S	K	F	Q	C	D	Y	N	G	I	H	A	R	K	T	L	F	V	P	K	G	E	D	A	E	I	W	D	V	V	I	K	N	T	S	D	Q	V	R	T	I	S	A	F	S	F	V	E	F	S	F	S	H	I	Q	S	D	N	Q	N	H	Q	M	S	L	Y	S	A	G	T	A	Y	R	P	G	L	I
Template Known Secondary structure		T	T									T	T											T	T	S	S												S	S	S											B	B			S	S						S						T	T	S							T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		104	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.
		195	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.																						.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.				.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250
Predicted Secondary structure																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.														.	.	.
Query SS confidence																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.														.	.	.
Query Sequence		D	G	L	K	V	T	F	G	K	V	R	A	T	W	D	L	L	T	S	G	E	S	E	Y	Q	V	H	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	K	S	L	P	V	Q	T	E	I	N	G	N	R	.	.	.	F	T	S	K	A	H	I	N	G	S	T	T	L	Y	T	T
Query Conservation																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.														.	.	.
Alig confidence																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.														.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		E	Y	D	L	Y	Y	N	T	D	D	F	E	G	F	Y	Y	L	A	S	T	F	D	P	D	S	Y	D	G	Q	R	D	R	F	L	G	L	Y	R	D	E	A	N	P	L	A	V	E	Q	G	R	C	S	N	S	A	Q	T	C	Y	N	H	C	G	S	L	H	K	Q	F	T	L	Q	P	G	E	E	I	R	F	A
Template Known Secondary structure						T	T				T	T	T	T							S	S			S												T	T			T	T	S							T	S				B			B	S	S														T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		184	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.
		251	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		Y	S	H	L	L	T	A	Q	E	V	S	K	E	Q	M	Q	I	R	D	I	L	A	R	P	A	F	Y	L	T	A	S	Q	Q	R	W	E	E	Y	L	K	K	G	L	T	N	P	D	A	T	P	E	Q	T	R	V	A	V	K	A	I	E	T	L	N	G	N	W	R	S	P	G	G	A	V	K	F	N	T	V	T
Query Conservation
Alig confidence																							.																					.	.																										.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																							.																					.	.																										.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		Y	I	L	G	I	G	K	G	N	G	E	R	L	R	E	H	Y	Q	D	V	A	.	N	I	D	A	A	F	A	A	I	K	A	H	W	D	E	R	C	A	K	F	.	.	Q	V	K	S	P	N	Q	G	L	D	T	M	I	N	A	W	T	L	Y	Q	A	E	T	C	V	.	.	.	.	.	.	.	V	W	S	R
Template Known Secondary structure							S	T	T									T	T	S			.																		T	T		.	.					S									T	T											.	.	.	.	.	.	.				S
Template Predicted Secondary structure																							.																					.	.																										.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		264	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.		.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.			.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.								330	.	.	.
		331	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		P	S	V	T	G	R	W	F	S	G	N	Q	T	W	P	W	D	T	W	K	Q	A	F	A	M	A	H	F	N	P	D	I	A	K	E	N	I	R	A	V	F	S	W	Q	I	Q	P	G	D	S	V	R	P	Q	D	V	G	F	V	P	D	L	I	A	W	N	L	S	P	E	R	G	G	D	G	G	N	W	N	E
Query Conservation
Alig confidence																																																	.	.	.	.	.	.	.	.	.								.	.	.
Template Conservation																																																	.	.	.	.	.	.	.	.	.								.	.	.
Template Sequence		F	A	S	F	I	E	V	G	G	R	T	G	L	G	Y	R	D	T	A	Q	D	A	I	S	V	P	H	A	N	P	E	M	T	R	K	R	I	V	D	L	L	R	G	Q	V	K	A	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	Y	G	L	H	L	F	.	.	.	D	P	D	W	F	D	P	I	H	G	I	K	D	T
Template Known Secondary structure		S		S	S	S			S	S			S										T	T	S		T	T	T															T	B		T	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S		B		S			.	.	.		G	G	G	G						G	G	G
Template Predicted Secondary structure																																																	.	.	.	.	.	.	.	.	.								.	.	.
Template SS confidence
		334	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380										.	.	.	.	.	.	.				.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.
		411	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.												.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		R	N	T	K	P	S	L	A	A	W	S	V	M	E	V	Y	N	V	T	Q	D	K	T	W	V	A	E	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	M	Y	P	K	L	V	A	Y	H	D	W	W	L	R	N	R	D	H	N	G	N	G	V	P	E	Y	G	A	T	R	D	K	A	H	N	T	E	S	G	E	M	L
Query Conservation																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		C	S	D	D	H	L	W	L	I	P	T	I	C	K	Y	V	M	E	T	G	E	T	S	F	F	D	Q	M	I	P	Y	A	D	G	G	E	A	S	V	Y	E	H	M	K	A	A	L	D	F	S	A	E	Y	V	G	Q	T	G	I	C	K	G	L	R	A	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		B	S	S	G	G	G	G															G	G	G	G	G						T	T	S																			S	B		T	T	S		B				T		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																																																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		424	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.
		480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		F	T	V	K	K	G	D	K	E	E	T	Q	S	G	L	N	N	Y	A	R	V	V	E	K	G	Q	Y	D	S	L	E	I	P	A	Q	V	A	A	S	W	E	S	G	R	D	D	A	A	V	F	G	F	I	D	K	E	Q	L	D	K	Y	V	A	N	G	G	K	R	S	D	W	T	V	K	F	A	E	N	R	S
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	D	W	N	D	C	L	N	L	G	G	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	S	S	T	T							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
																																								489	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		Q	D	G	T	L	L	G	Y	S	L	L	Q	E	S	V	D	Q	A	S	Y	M	Y	S	D	N	H	Y	L	A	E	M	A	T	I	L	G	K	P	E	E	A	K	R	Y	R	Q	L	A	Q	Q	L	A	D	Y	I	N	T	C	M	F	D	P	T	T	Q	F	Y	Y	D	V	R	I	E	D	K	P	L	A	N	G
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	E	S	S	M	V	S	F	L	H	F	W	A	L	Q	E	F	I	D	L	A	K	F	L	G	K	D	Q	D	V	N	T	Y	T	E	M	A	A	N	V	R	E	A	C	E	T	H	L	W	D	D	E	G	G	W	Y	I	R	G	L	T	K	N	G	D	K	I	G	T
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																								T																							S			T	T	T	T								T	T	S				S
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
														500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.
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Predicted Secondary structure																																																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		C	A	G	K	P	I	V	E	R	G	K	G	P	E	G	W	S	P	L	F	N	G	A	A	T	Q	A	N	A	D	A	V	V	K	V	M	L	D	P	K	E	F	N	T	F	V	P	L	G	T	A	A	L	T	N	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	P	A	F	G	A	D	I	Y	W	R	G	R	V	W	V
Query Conservation																																																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence								.	.																														.	.																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation								.	.																														.	.
Template Sequence		A	Q	Q	Q	E	G	.	.	R	V	H	L	E	S	N	T	L	A	V	L	S	G	L	A	S	Q	E	R	G	E	Q	A	M	D	A	V	D	.	.	E	H	L	F	S	P	Y	G	L	H	L	N	A	P	S	F	S	T	P	N	D	D	I	G	F	V	T	R	V	Y	Q	G	V	K	E	N	G	A	I	F	S
Template Known Secondary structure		T	T		S	S		.	.													T	T		S														.	.						T	T				S			S				S			T	T	T		G	G	G	G	S		T	T	B	T	T	B	T	S			S
Template Predicted Secondary structure								.	.																														.	.
Template SS confidence
		568	.	570	.	.	.			.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.			.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.
		710	.	.	.	.	.	.	.	.	.	720	.	.	.	.	.	.	.	.	.	730	.	.	.	.	.	.	.							.	.	740	.	.	.	.	.	.	.	.	.	750	.	.	.	.	.	.	.	.	.	760	.	.	.	.	.	.	.					.	.	770	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																														.	.	.	.	.	.																															.	.	.	.
Query SS confidence																														.	.	.	.	.	.																															.	.	.	.
Query Sequence		D	Q	F	W	F	G	L	K	G	M	E	R	Y	G	Y	R	D	D	A	L	K	L	A	D	T	F	F	R	.	.	.	.	.	.	H	A	K	G	L	T	A	D	G	P	I	Q	E	N	Y	N	P	L	T	G	A	Q	Q	G	A	P	N	F	S	W	.	.	.	.	S	A	A	H	L	Y	M	L	Y	N	D	F
Query Conservation																														.	.	.	.	.	.																															.	.	.	.
Alig confidence																														.	.	.	.	.	.																															.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		H	P	N	P	W	A	W	V	A	E	T	K	L	G	R	G	D	R	A	M	K	F	Y	D	A	L	N	P	Y	N	Q	N	D	I	I	E	K	R	I	A	E	P	Y	S	Y	V	Q	F	I	M	G	R	D	H	Q	D	H	G	R	A	N	H	P	W	L	T	G	T	S	G	W	A	Y	F	A	V	T	N	Y	I
Template Known Secondary structure		T	T											T	T														G	G	G	G	T	T							S		T	T	S								T	T	S	T	T	T	T						S	S		T												T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		644	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.	.	.	.	.	670	.	.	.	.	.	.	.	.	.	680	.	.	.	.	.	.	.	.	.	690	.	.	.	.	.	.	.	.	.	700	.	.	.	.	.	.	.	.	.	710	.	.	.	.	.	.	.	.	.	720	.	.	.
		780	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		F	R
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		L	G
Template Known Secondary structure		S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		724	.