Job Description P42592 Confidence 99.94% Date Thu Jan 5 12:01:39 GMT 2012 Rank 10 Aligned Residues 513 % Identity 17% Template c1lf6A_ PDB info PDB header:hydrolase Chain: A: PDB Molecule:glucoamylase; PDBTitle: crystal structure of bacterial glucoamylase Resolution 2.10 Å

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		113	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.					.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140		.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.							.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.
Predicted Secondary structure																	.	.	.	.														.														.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																	.	.	.	.														.														.	.	.	.	.	.
Query Sequence		Y	S	I	P	G	A	L	V	Q	K	L	T	A	K	D	.	.	.	.	V	Q	V	E	M	T	L	R	F	A	T	P	R	.	T	S	L	L	E	T	K	I	T	S	N	K	P	.	.	.	.	.	.	L	D	L	V	W	D	G	E	L	L	E	K	L	E	A	K	E	G	K	P	L	S	D	K	T	I	A	G
Query Conservation																	.	.	.	.														.														.	.	.	.	.	.
Alig confidence																	.	.	.	.														.														.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		K	F	T	D	K	S	L	G	Y	K	L	V	N	T	D	K	K	G	R	Y	R	I	T	K	D	I	F	T	D	V	K	R	N	S	L	I	M	K	A	K	F	E	A	L	E	G	S	I	H	D	Y	K	L	Y	L	A	Y	D	P	H	I	K	N	Q	G	S	Y	N	E	G	Y	V	I	K	A	N	N	N	E	M
Template Known Secondary structure			S	S	T	T											T	T	S	S											S	S	S	S											S	S	S		G	G	G											T	T	T	B	S	S	S									T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		99	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.
					182	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.			.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.																.	.
Query SS confidence		.	.	.																.	.
Query Sequence		.	.	.	E	Y	P	D	Y	Q	R	K	I	S	A	T	R	D	G	.	.	L	K	V	T	F	G	K	V	R	A	T	W	D	L	L	T	S	G	E	S	E	Y	Q	V	H	K	S	L	P	V	Q	T	E	I	N	G	N	R	F	T	S	K	A	H	I	N	G	S	T	T	L	Y	T	T	Y	S	H	L	L	T
Query Conservation		.	.	.																.	.
Alig confidence		.	.	.																.	.																																		.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																							.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		L	M	A	K	R	D	N	V	Y	T	A	L	S	S	N	I	G	W	K	G	Y	S	I	G	Y	Y	K	V	N	D	I	M	T	D	L	D	E	N	K	Q	M	T	K	H	Y	D	S	A	R	G	N	I	I	.	.	.	.	.	.	.	E	G	A	E	I	D	L	T	K	N	S	E	F	E	I	V	L	S	F	G
Template Known Secondary structure							T	T								T	T			S							T	T	T	T	S									S	S											S			.	.	.	.	.	.	.							T	T	T		S
Template Predicted Secondary structure																																																							.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		179	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.								.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.
		257	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.		.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																															.																		.
Query SS confidence																																																															.																		.
Query Sequence		A	Q	E	V	S	K	E	Q	M	Q	I	R	D	I	L	A	R	P	A	F	Y	L	T	A	S	Q	Q	R	W	E	E	Y	L	K	K	G	L	T	N	P	D	A	T	P	E	Q	T	R	V	A	V	K	A	I	E	T	L	N	G	N	W	.	R	S	P	G	G	A	V	K	F	N	T	V	T	P	S	V	T	.
Query Conservation																																																															.																		.
Alig confidence																																					.	.	.																								.																		.
Template Conservation																																					.	.	.
Template Sequence		Q	S	D	S	E	A	A	K	T	A	L	E	T	L	G	E	D	Y	N	N	L	K	N	N	Y	I	D	E	W	T	K	Y	C	N	T	.	.	.	L	N	N	F	N	G	K	A	N	S	L	Y	Y	N	S	M	M	I	L	K	A	S	E	D	K	T	N	K	G	A	Y	I	A	S	L	S	I	P	W	G	D	G
Template Known Secondary structure		S	S														S																		T	T	.	.	.	S			T	T	T	T														T	T	B		S	S	S	T	T		B		S		S	S		T	T	G	G	G
Template Predicted Secondary structure																																					.	.	.
Template SS confidence
		252	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.				.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.
										335	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.		.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.																									.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.																									.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	G	R	W	F	S	G	N	Q	T	W	P	W	D	T	W	K	Q	A	F	A	M	A	H	F	.	N	P	D	I	A	K	E	N	I	R	A	V	F	S	W	Q	I	Q	P	G	D	S	V	R	P	Q	D	V	G	F	V	P	D	L	I	A	W	N	L	S	P	E	R	G	G	D	G
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.																									.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.					.	.	.	.	.																.																				.	.	.	.	.	.	.	.	.											.	.	.	.	.	.
Template Conservation														.	.	.	.	.																																				.	.	.	.	.	.	.	.	.											.	.	.	.	.	.
Template Sequence		Q	R	D	D	N	T	G	G	Y	H	L	V	.	.	.	.	.	W	S	R	D	L	Y	H	V	A	N	A	F	I	A	A	G	D	V	D	S	A	N	R	S	L	D	Y	L	A	K	V	V	K	D	N	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	M	I	P	Q	N	T	W	I	S	.	.	.	.	.	.	G	K	P
Template Known Secondary structure		S	B	S	B	S			G	G	G	S	B	.	.	.	.	.																T																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	S			S		B		T	T	.	.	.	.	.	.	S		B
Template Predicted Secondary structure														.	.	.	.	.																																				.	.	.	.	.	.	.	.	.											.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		329	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340						.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.										.	.	.	.	380	.	.	.	.	.							.	.	.
		406	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		G	N	W	N	E	R	N	T	K	P	S	L	A	A	W	S	V	M	E	V	Y	N	V	T	Q	D	K	T	W	V	A	E	M	Y	P	K	L	V	A	Y	H	D	W	W	L	R	N	R	D	H	N	G	N	G	V	P	E	Y	G	A	T	R	D	K	A	H	N	T	E	S	G	E	M	L	F	T	V	K	K	G
Query Conservation
Alig confidence																																										.	.	.	.	.	.	.												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																										.	.	.	.	.	.	.												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		Y	W	T	G	I	Q	L	D	E	Q	A	D	P	I	I	L	S	Y	R	L	K	R	Y	D	L	Y	D	S	L	V	K	P	L	A	D	F	I	I	K	I	.	.	.	.	.	.	.	G	P	K	T	G	Q	E	R	W	E	E	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure																					T	T		G	G	G	T	T	T	T												.	.	.	.	.	.	.		S	S	B	S	S		T	T	S	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																										.	.	.	.	.	.	.												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		389	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.								.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		486	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		D	K	E	E	T	Q	S	G	L	N	N	Y	A	R	V	V	E	K	G	Q	Y	D	S	L	E	I	P	A	Q	V	A	A	S	W	E	S	G	R	D	D	A	A	V	F	G	F	I	D	K	E	Q	L	D	K	Y	V	A	N	G	G	K	R	S	D	W	T	V	K	F	A	E	N	R	S	Q	D	G	T	L	L
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	I	G	G	Y	S	P	A	T	M	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.			B	B						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
																																				440	.	.	.	.	.	.	.	.
		566	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.				.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.
Predicted Secondary structure																																																															.	.	.
Query SS confidence																																																															.	.	.
Query Sequence		G	Y	S	L	L	Q	E	S	V	D	Q	A	S	Y	M	Y	S	D	N	H	Y	L	A	E	M	A	T	I	L	G	K	P	E	E	A	K	R	Y	R	Q	L	A	Q	Q	L	A	D	Y	I	N	T	C	M	F	D	P	T	T	Q	F	Y	.	.	.	Y	D	V	R	I	E	D	K	P	L	A	N	G	C	A	G
Query Conservation																																																															.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																		.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	A	A	E	V	A	G	L	T	C	A	A	Y	I	A	E	Q	N	K	D	Y	E	S	A	Q	K	Y	Q	E	K	A	D	N	W	Q	K	L	I	D	N	L	T	Y	T	E	N	G	P	L	G	N	G	Q	Y	Y	I	R	I	A	G	L	S	D	P	D	A	D	F	M
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																	T	T																										S	S		S	S	T	T	S					S		B	S	S	S		T	T	S
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
														449	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.
		643	.	.	.	.	.	.									650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.			.	.	.	.	670	.	.	.	.	.	.	.	.	.	680	.	.	.	.	.	.	.	.	.	690	.	.	.	.	.	.	.	.	.	700	.	.
Predicted Secondary structure									.	.	.	.	.	.	.	.																	.	.																																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence									.	.	.	.	.	.	.	.																	.	.																																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		K	P	I	V	E	R	G	.	.	.	.	.	.	.	.	K	G	P	E	G	W	S	P	L	F	N	G	A	A	T	Q	.	.	A	N	A	D	A	V	V	K	V	M	L	D	P	K	E	F	N	T	F	V	P	L	G	T	A	A	L	T	N	P	A	F	G	A	D	I	Y	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation									.	.	.	.	.	.	.	.																	.	.																																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence									.	.	.	.	.	.	.	.																	.	.																									.	.	.	.	.									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																											.	.	.	.	.
Template Sequence		I	N	I	A	N	G	G	G	V	Y	D	Q	K	E	I	V	D	P	S	F	L	E	L	V	R	L	G	V	K	S	A	D	D	P	K	I	L	N	T	L	K	V	V	D	S	T	I	K	V	D	T	P	K	G	P	S	W	.	.	.	.	.	Y	R	Y	N	H	D	G	Y	G	E	P	S	K	T	E	L	Y	H
Template Known Secondary structure					T	T	T	T					G	G	G				G	G	G	G					T	T	S	S		T	T															S					T	T					.	.	.	.	.		S	S	T	T				S		S	B	T	T	B			S
Template Predicted Secondary structure																																																											.	.	.	.	.
Template SS confidence
		517	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.						.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.
				703	.	.	.	.	.	.	710	.	.	.	.	.	.	.	.	.	720	.	.	.	.	.	.	.	.	.	730	.	.	.	.	.	.	.	.	.	740	.	.	.		.	.	.	.	.	.	750	.	.	.	.	.	.	.	.	.	760	.		.	.	.	.	.	.	.	.	770	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.																																										.																			.
Query SS confidence		.	.																																										.																			.
Query Sequence		.	.	W	R	G	R	V	W	V	D	Q	F	W	F	G	L	K	G	M	E	R	Y	G	Y	R	D	D	A	L	K	L	A	D	T	F	F	R	H	A	K	G	L	T	.	A	D	G	P	I	Q	E	N	Y	N	P	L	T	G	A	Q	Q	G	.	A	P	N	F	S	W	S	A	A	H	L	Y	M	L	Y	N	D
Query Conservation		.	.																																										.																			.
Alig confidence		.	.																								.	.	.	.	.	.													.																			.
Template Conservation																											.	.	.	.	.	.
Template Sequence		G	A	G	K	G	R	L	W	P	L	L	T	G	E	R	G	M	Y	E	I	A	A	G	K	D	.	.	.	.	.	.	A	T	P	Y	V	K	A	M	E	K	F	A	N	E	G	G	I	I	S	E	Q	V	W	E	D	T	G	L	P	T	D	S	A	S	P	L	N	W	A	H	A	E	Y	V	I	L	F	A	S
Template Known Secondary structure		S	S	S				B	B														T	T			.	.	.	.	.	.												S		T	T	S				S		B		T	T	T			B		S	S		S	S
Template Predicted Secondary structure																											.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		592	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.							.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.