Job Description P02943 Confidence 24.98% Date Thu Jan 5 10:57:48 GMT 2012 Rank 23 Aligned Residues 338 % Identity 17% Template c2o4vA_ PDB info PDB header:membrane protein Chain: A: PDB Molecule:porin p; PDBTitle: an arginine ladder in oprp mediates phosphate specific transfer across2 the outer membrane Resolution 1.94 Å

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		26	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.		.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																															.
Query SS confidence																															.
Query Sequence		V	D	F	H	G	Y	A	R	S	G	I	G	W	T	G	S	G	G	E	Q	Q	C	F	Q	T	T	G	A	Q	.	S	K	Y	R	L	G	N	E	C	E	T	Y	A	E	L	K	L	G	Q	E	V	W	K	E	G	D	K	S	F	Y	F	D	T	N	V	A	Y	S	V	A	Q	Q	N	D	W	E	A	T	D	P
Query Conservation																															.
Alig confidence																															.						.	.	.	.	.	.								.	.	.	.	.	.	.	.													.	.	.
Template Conservation																																					.	.	.	.	.	.								.	.	.	.	.	.	.	.													.	.	.
Template Sequence		F	K	L	G	G	R	L	Q	A	D	Y	G	R	F	D	G	Y	Y	T	N	N	G	N	T	A	D	A	A	Y	F	R	R	A	Y	L	.	.	.	.	.	.	E	F	G	G	T	A	Y	.	.	.	.	.	.	.	.	R	D	W	K	Y	Q	I	N	Y	D	L	S	.	.	.	R	N	V	G	N	D	S	A	G
Template Known Secondary structure																		T	T	B	S	S	S	S													.	.	.	.	.	.							T	.	.	.	.	.	.	.	.	T	T									T	T	.	.	.			S	S	B	T	T	T	B
Template Predicted Secondary structure																																					.	.	.	.	.	.								.	.	.	.	.	.	.	.													.	.	.
Template SS confidence
		29	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.							.	.	.	.	.	.	70									.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.				.	.	.	.	.	.	.	90	.
		105	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.															.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.		.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																			.
Query SS confidence																																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																			.
Query Sequence		A	F	R	E	A	N	V	Q	G	K	N	L	I	E	W	L	P	G	S	T	I	W	A	G	K	R	F	Y	Q	R	H	D	V	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	H	M	I	D	F	Y	Y	W	D	I	S	G	P	G	A	G	L	E	.	N	I	D	V	G	F	G	K	L	S	L	A	A	T
Query Conservation																																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																			.
Alig confidence												.	.	.	.																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																			.
Template Conservation												.	.	.	.
Template Sequence		Y	F	D	E	A	S	V	T	Y	T	.	.	.	.	G	F	N	P	V	N	L	K	F	G	R	F	Y	T	D	F	G	L	E	K	A	T	S	S	K	W	V	T	A	L	E	R	N	L	T	Y	D	I	A	D	W	V	N	D	N	V	G	T	G	I	Q	A	S	S	V	V	G	G	M	A	F	L	S	G	S	V
Template Known Secondary structure												.	.	.	.	T	T	T	T	S																	S		T	T	T		S	S	S	S			G	G	G	G	G	S	G	G	G	G			S											T	T	T
Template Predicted Secondary structure												.	.	.	.
Template SS confidence
		92	.	.	.	.	.	.	.	100	.					.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.
		170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.		.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																												.
Query SS confidence																																												.
Query Sequence		R	S	S	E	A	G	G	S	S	S	F	A	S	N	N	I	Y	D	Y	T	N	E	T	A	N	D	V	F	D	V	R	L	A	Q	M	E	I	N	P	G	G	T	.	L	E	L	G	V	D	Y	G	R	A	N	L	R	D	N	Y	R	L	V	D	G	A	S	K	D	G	W	L	F	T	A	E	H	T	Q	S	V
Query Conservation																																												.
Alig confidence								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																									.																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		F	S	E	N	N	N	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	D	T	D	G	D	S	V	K	R	Y	N	L	R	G	V	F	A	P	L	H	E	P	G	N	V	V	H	L	G	L	Q	Y	A	Y	R	D	L	E	D	S	A	V	D	T	R	I	R	P	R	M	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	B	T	T	S																		T	T															T	T	B						B				T	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		168	.	170	.	.	.													.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.
		249	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.		320	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																																									.
Query SS confidence																																																																									.
Query Sequence		L	K	G	F	N	K	F	V	V	Q	Y	A	T	D	S	M	T	S	Q	G	K	G	L	S	Q	G	S	G	V	A	F	D	N	E	K	F	A	Y	N	I	N	N	N	G	H	M	L	R	I	L	D	H	G	A	I	S	M	G	D	N	W	D	M	M	Y	V	G	M	Y	Q	D	.	I	N	W	D	N	D	N	G
Query Conservation																																																																									.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																															.													.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																															.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	M	R	G	V	S	T	N	G	G	N	D	A	G	S	N	G	N	R	G	L	F	G	G	S	S	A	V	E	G	L	W	K	D	D	S	V	W	G	L	E	G	A	W	A	L	G	.	A	F	S	A	Q	A	E	Y	L	R	R	T	V	K	A	E	R	D	R	E	D
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.		G	G	G	S		S	S	B				G	G	G	B						B						T	T	S																T	.	T																T	T
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																															.
Template SS confidence
														225	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270		.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.
		328	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.																						.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370					.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.
Predicted Secondary structure																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																											.	.	.	.
Query SS confidence																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																											.	.	.	.
Query Sequence		T	K	W	W	T	V	G	I	R	P	M	Y	K	W	T	P	I	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	M	S	T	V	M	E	I	G	Y	D	N	V	E	S	Q	R	T	G	D	K	N	N	Q	Y	K	I	.	.	.	.	T	L	A	Q	Q	W	Q	A	G	D	S	I
Query Conservation																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																											.	.	.	.
Alig confidence																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																											.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		L	K	A	S	G	Y	Y	A	Q	L	A	Y	T	L	T	G	E	P	R	L	Y	K	L	D	G	A	K	F	D	T	I	K	P	E	N	K	E	I	G	A	W	E	L	F	Y	R	Y	D	S	I	K	V	E	D	D	N	I	V	V	D	S	A	T	R	E	V	G	D	A	K	G	K	T	H	T	L	G	V	N	W
Template Known Secondary structure															T	T								T	T	T	T								S		T	T	T																	T	T			S			S	S	B		S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		292	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.
		383	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		W	S	R	P	A	I	R	V	F	A	T	Y	A	K	W	D	E	K	W	G	Y	D	Y	T	G	N	A	D	N	N	A	N	F	G	K	A	V	P	A	D	F	N	G	G	S	F	G	R	G	D	S	D	E	W	T	F	G	A	Q	M
Query Conservation
Alig confidence																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		Y	A	N	E	A	V	K	V	S	A	N	Y	V	K	A	K	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	D	K	I	S	N	A	N	G	D	D	S	G	D	G	L	V	M	R	L	Q	Y
Template Known Secondary structure				S	S	S												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.			S	B			T	T
Template Predicted Secondary structure																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		372	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.																							.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.