Job Description P77154 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 12:25:42 GMT 2012 Rank 2 Aligned Residues 679 % Identity 14% Template c2rdyB_ PDB info PDB header:hydrolase Chain: B: PDB Molecule:bh0842 protein; PDBTitle: crystal structure of a putative glycoside hydrolase family2 protein from bacillus halodurans Resolution 2.03 Å

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		12	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.			.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																							.	.																																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																							.	.																																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		F	S	Q	H	T	L	N	K	Y	A	S	L	M	A	Q	G	N	G	Y	L	G	.	.	L	R	A	S	H	E	E	D	Y	T	R	Q	T	R	G	M	Y	L	A	G	L	Y	H	R	A	G	K	G	E	I	N	E	L	V	N	L	P	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation																							.	.																																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence														.									.	.																																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation														.
Template Sequence		F	D	F	P	A	S	F	W	T	E	A	L	.	P	I	G	N	G	N	L	G	A	X	V	F	G	K	V	E	K	E	R	I	A	L	N	E	D	T	L	W	S	G	Y	P	K	D	W	N	N	P	K	A	K	E	V	L	P	K	V	R	E	L	I	A	Q	E	K	Y	E	E	A	D	Q	L	S	R	D	X	X
Template Known Secondary structure			S	S			S	S	G	G	G	S		.					S	S									S	S									T	T		B	S	S		S																					T	T									G	G	G	S
Template Predicted Secondary structure														.
Template SS confidence
		7	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.		.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.
										70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	D	V	V	G	M	E	I	A	I	N	G	E	V	F	S	L	S	H	E	A	W	Q	R	E	L	D	F	A	S	G	E	L	R	R	N	V	V	W	R	T	S	N	G	S	G	Y	T	I	A	S	R	R	F	V	S	A	D	Q	L	P	L	I	A	L	E	I	T	I	T	P	L	D
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.															.	.																									.	.	.	.	.														.									.	.	.
Template Conservation																								.	.																									.	.	.	.	.														.									.	.	.
Template Sequence		G	P	Y	T	Q	S	Y	L	P	F	G	D	L	N	I	F	X	D	H	G	Q	V	.	.	V	A	P	H	Y	H	R	E	L	D	L	S	T	G	I	V	T	V	T	Y	T	I	G	G	.	.	.	.	.	V	Q	Y	T	R	E	L	F	V	T	Y	P	D	.	R	A	I	V	V	R	L	T	.	.	.	A	S
Template Known Secondary structure		B						B											S	S		S		.	.			S								T	T	T	T									T	T	.	.	.	.	.											T	T	T	.	T								.	.	.		S
Template Predicted Secondary structure																								.	.																									.	.	.	.	.														.									.	.	.
Template SS confidence
		86	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.			.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.						.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.		.	.	.	.	.	150	.	.				.	.
		142	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.										.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.
Predicted Secondary structure																											.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																											.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		A	D	A	S	V	L	I	S	T	G	I	D	A	T	Q	T	N	H	G	R	Q	H	L	D	E	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	Q	V	R	V	F	G	Q	H	L	M	Q	G	S	Y	T	T	Q	D	G	R	S	D	V	A	I	S	C	C	C	K	V	S	G	D	V	Q	Q	C	Y	T	A	K	E	R	R
Query Conservation																											.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																											.	.	.	.	.	.	.	.	.																																											.	.	.	.
Template Conservation																																																																														.	.	.	.
Template Sequence		K	E	G	F	L	S	F	R	A	K	L	D	S	L	L	R	H	V	S	S	V	E	H	Y	T	I	S	G	T	A	P	E	H	V	S	P	S	Y	Y	D	E	E	N	P	V	R	Y	G	H	P	D	X	S	Q	G	X	T	F	H	G	R	L	A	A	V	N	E	G	G	S	L	K	V	D	A	D	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		S	T	T											S	S																	S					T	T				S	S							T	T	T			S													S	S						T	T	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																																																														.	.	.	.
Template SS confidence
		155	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230
		213	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.			.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290
Predicted Secondary structure																																.	.
Query SS confidence																																.	.
Query Sequence		L	L	Q	H	T	S	A	Q	L	H	A	G	E	T	M	T	L	Q	K	L	V	W	I	D	W	R	D	D	R	Q	.	.	A	A	L	D	E	W	G	S	A	S	L	R	Q	L	E	M	C	A	Q	Q	S	Y	D	Q	L	L	A	A	S	T	E	N	W	R	Q	W	W	Q	K	R	R	I	T	V	N	G	G	E
Query Conservation																																.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.																										.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	G	L	H	V	X	G	A	T	C	A	T	L	Y	F	S	A	S	T	S	F	D	P	S	T	G	A	S	C	L	E	R	D	P	S	L	R	T	I	E	T	I	K	A	I	C	K	R	G	Y	K	E	I	V	N	R	H	L	E	D	Y	T	K	L	F	N	R	V	S	L	H	L	G	E	S	I
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.								S											S			T	T	T	T				T	T																T	S																		T	T						S
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.
Template SS confidence
							233	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.
		291																				.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.					.	.	.	330	.	.	.	.			.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																				.	.	.	.									.	.
Query SS confidence			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																				.	.	.	.									.	.
Query Sequence		A	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	H	D	Q	Q	A	L	D	Y	A	L	Y	H	L	R	I	M	T	P	A	H	D	E	R	S	S	I	A	A	K	G	L	T	G	E	G	.	.	.	.	Y	K	G	H	V	F	W	D	.	.	T	E	V	F	L	L	P	F	H	L	F
Query Conservation			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																				.	.	.	.									.	.
Alig confidence			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																											.	.								.	.	.	.									.	.
Template Conservation																																																.	.
Template Sequence		A	P	A	D	X	S	T	D	Q	R	I	K	E	Y	G	S	R	D	L	G	L	V	E	L	L	F	Q	Y	G	R	Y	L	X	I	A	S	S	R	P	G	T	Q	P	A	N	L	.	.	Q	G	I	W	N	E	E	T	R	A	P	W	S	S	N	Y	T	L	N	I	N	A	E	X	N	Y	W	P	A	E	T	C
Template Known Secondary structure		S		T	T											G	G	G	S																					T	T	S				B	T	.	.	T	B	T					T	T		G	G	G	G				T	T	T						T	T	T	T	T	T	T
Template Predicted Secondary structure																																																.	.
Template SS confidence
		308	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.			.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.
		346	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.		.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																													.
Query SS confidence																													.
Query Sequence		S	D	P	T	V	A	R	S	L	L	R	Y	R	W	H	N	L	P	G	A	Q	E	K	A	R	R	N	.	G	W	Q	G	A	L	F	P	W	E	S	A	R	S	G	E	E	E	T	P	E	F	A	A	I	N	I	R	T	G	L	R	Q	K	V	A	S	A	Q	A	E	H	H	L	V	A	D	I	A	W	A	V
Query Conservation																													.
Alig confidence																													.													.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																										.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		N	L	A	E	L	H	K	P	L	I	H	F	I	E	R	L	A	A	N	G	K	K	T	A	E	I	N	Y	G	A	R	G	W	V	A	H	H	N	A	D	.	.	.	.	.	.	.	.	L	W	G	Q	T	A	P	V	G	D	F	G	H	G	D	P	V	W	A	F	W	P	X	G	G	V	W	L	T	Q	H	L
Template Known Secondary structure		T		G	G	G	G																									S	S					S				.	.	.	.	.	.	.	.	T	T				S			B	T	T	T	T	S								T	T
Template Predicted Secondary structure																																										.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		386	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.									.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.
		425	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.		460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.								480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																					.																					.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																					.																					.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		I	Q	Y	W	Q	T	T	G	D	E	S	F	I	A	H	E	G	M	A	L	L	L	E	T	A	K	F	W	I	S	R	A	V	R	V	.	N	D	R	L	E	I	H	D	V	I	G	P	D	E	Y	T	E	H	V	N	.	.	.	.	.	.	.	N	N	A	Y	T	S	Y	M	A	R	Y	N	V	Q	Q	A	L
Query Conservation																																					.																					.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																																					.																					.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		W	E	H	Y	T	F	G	E	D	E	A	Y	L	R	D	T	A	Y	P	I	X	K	E	A	A	L	F	C	L	D	W	L	I	E	N	E	A	G	Y	L	V	T	S	P	S	T	S	P	E	Q	R	F	R	I	G	E	K	G	Y	A	V	S	S	A	T	T	X	D	L	S	L	I	A	E	C	F	D	N	C	I
Template Known Secondary structure																	T																				T	T	S					S	S	B		B	T	T	B					T	T						B	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		458	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.
		497	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		N	I	A	R	Q	F	G	C	S	D	D	A	F	I	H	R	A	E	M	F	L	K	E	L	W	M	P	E	I	Q	P	D	G	V	L	P	Q	D	D	S	F	M	A	K	P	A	I	N	L	A	K	Y	K	A	A	A	G	K	Q	T	I	L	L	D	Y	S	R	A	E	V	N	E	M	Q	I	L	K	Q	A	D
Query Conservation
Alig confidence										.																																.	.	.	.	.	.	.																									.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation										.																																.	.	.	.	.	.	.																									.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		Q	A	A	K	R	L	S	I	.	D	E	D	F	V	K	A	L	S	D	A	K	Q	R	L	L	P	L	Q	I	G	K	R	G	Q	L	Q	E	W	S	N	.	.	.	.	.	.	.	D	F	E	D	E	D	V	H	H	R	H	V	S	H	L	V	G	I	Y	P	G	R	L	I	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure								T		.															B					B		T	T	S	S	B		S	S	S	S	.	.	.	.	.	.	.					S		T	T		S			G	G	G	T	T	T	T	T			S		.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure										.																																.	.	.	.	.	.	.																									.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		538	.	540	.	.	.	.	.		.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.								.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600
		577	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.																.	.	.	640	.
Predicted Secondary structure																																																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		V	V	M	L	N	Y	M	L	P	E	Q	F	S	A	A	S	C	L	A	N	L	Q	F	Y	E	P	R	T	I	H	D	S	S	L	S	K	A	I	H	G	I	V	A	A	R	C	G	L	L	T	Q	S	Y	Q	F	W	R	E	G	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	E	I	D	L	G
Query Conservation																																																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.																																																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	T	E	Q	S	A	P	N	L	F	E	A	A	K	T	S	L	E	I	R	G	D	E	G	T	G	W	S	L	G	W	K	I	S	L	W	A	R	F	K	D	G	N	R	C	E	R	L	L	S	N	X	L	T	L	I	K	E	D	E	S	X	Q	H	R	G	G	V	Y	A	N	L	F
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.		T	T	T																	S																	T	T													S	S	B			T	T				T	T						T	T
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
										601	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.	.	.	.	.	670	.	.
		642	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.	.	.	.	.	670	.	.	.	.	.	.	.	.	.	680	.	.	.	.	.	.	.	.	.	690	.	.	.		.	.	.	.	.	.	700		.	.	.	.	.	.	.	.	.	710	.				.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																						.								.												.	.	.
Query SS confidence																																																						.								.												.	.	.
Query Sequence		A	D	P	H	S	C	D	D	G	I	H	A	A	A	T	G	A	I	W	L	G	A	I	Q	G	F	A	G	V	S	V	R	D	G	E	L	H	L	N	P	A	L	P	E	Q	W	Q	Q	L	S	F	P	.	L	F	W	Q	G	C	E	.	L	Q	V	T	L	D	A	Q	R	I	A	.	.	.	I	R	T	S	A
Query Conservation																																																						.								.												.	.	.
Alig confidence																								.	.	.	.	.	.																									.								.												.	.	.
Template Conservation																								.	.	.	.	.	.
Template Sequence		G	A	H	P	P	F	Q	I	D	G	N	F	S	A	T	A	G	I	A	E	X	L	.	.	.	.	.	.	L	Q	S	H	Q	G	Y	L	E	F	L	P	A	L	P	D	S	W	K	D	G	Y	V	K	G	L	R	G	R	G	G	Y	E	V	D	L	A	W	T	N	G	A	L	V	K	V	E	I	V	S	T	K
Template Known Secondary structure				S	S	S	B		T															.	.	.	.	.	.				S	S	S	S				S	T	T			T	T			S									T	T	T									T	T										S	S
Template Predicted Secondary structure																								.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		673	.	.	.	.	.	.	680	.	.	.	.	.	.	.	.	.	690	.	.	.	.							.	.	.	.	.	700	.	.	.	.	.	.	.	.	.	710	.	.	.	.	.	.	.	.	.	720	.	.	.	.	.	.	.	.	.	730	.	.	.	.	.	.	.	.	.	740	.	.	.	.	.	.
		717	.	.	720	.	.				.	.	.	.	.	.	.	730	.	.	.	.	.			.	.	.	.	740	.	.	.	.	.	.	.	.	.	750	.	.
Predicted Secondary structure								.	.	.														.	.
Query SS confidence								.	.	.														.	.
Query Sequence		P	V	S	L	R	L	.	.	.	N	G	Q	L	I	T	V	A	E	E	S	V	F	.	.	C	L	G	D	F	I	L	P	F	N	G	T	A	T	K	H	Q
Query Conservation								.	.	.														.	.
Alig confidence								.	.	.														.	.
Template Conservation
Template Sequence		T	Q	T	C	E	V	L	T	R	I	S	X	R	I	T	E	S	G	E	E	V	E	G	D	V	L	D	S	G	R	X	S	F	Q	V	E	K	G	K	R	Y
Template Known Secondary structure										S	S							T	T									S	S	S								T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		747	.	.	750	.	.	.	.	.	.	.	.	.	760	.	.	.	.	.	.	.	.	.	770	.	.	.	.	.	.	.	.	.	780	.	.	.	.	.	.	.