Job Description P77154 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 12:25:42 GMT 2012 Rank 3 Aligned Residues 701 % Identity 15% Template c2eacB_ PDB info PDB header:hydrolase Chain: B: PDB Molecule:alpha-fucosidase; PDBTitle: crystal structure of 1,2-a-l-fucosidase from2 bifidobacterium bifidum in complex with3 deoxyfuconojirimycin Resolution 2.10 Å

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		12	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.			.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.
Predicted Secondary structure																							.	.																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																							.	.																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		F	S	Q	H	T	L	N	K	Y	A	S	L	M	A	Q	G	N	G	Y	L	G	.	.	L	R	A	S	H	E	E	D	Y	T	R	Q	T	R	G	M	Y	L	A	G	L	Y	H	R	A	G	K	G	E	I	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation																							.	.																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																							.	.																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		G	N	P	D	N	N	R	W	Q	Q	T	T	L	P	F	G	N	G	K	I	G	G	T	V	W	G	E	V	S	R	E	R	V	T	F	N	E	E	T	L	W	T	G	G	P	G	S	S	T	S	Y	N	G	G	N	N	E	T	K	G	Q	N	G	A	T	L	R	A	L	N	K	Q	L	A	N	G	A	E	T	V
Template Known Secondary structure			S															S	S	S									S	S									T	T		B			S	T	T	S	S	S	S			T	T							G	G	G												T	T		S	B
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		39	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.
											63	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	N	E	L	V	N	L	P	D	V	V	G	M	E	I	A	I	N	G	E	V	F	S	L	S	H	E	A	W	Q	R	E	L	D	F	A	S	G	E	L	R	R	N	V	V	W	R	T	S	N	G	S	G	Y	T	I	A	S	R	R	F	V	S	A	D	Q	L	P	L	I	A	L
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																.	.	.	.	.														.
Template Conservation																																																										.	.	.	.	.														.
Template Sequence		N	P	G	N	L	T	G	G	E	N	A	A	E	Q	G	N	Y	L	N	W	G	D	I	Y	L	D	Y	G	F	N	D	T	T	V	T	E	Y	R	R	D	L	N	L	S	K	G	K	A	D	V	T	F	K	H	D	G	.	.	.	.	.	V	T	Y	T	R	E	Y	F	A	S	N	P	D	.	N	V	M	V	A
Template Known Secondary structure				T	T	S												B													S													T	T	T	T									T	T	.	.	.	.	.											T	T	T	.	T
Template Predicted Secondary structure																																																										.	.	.	.	.														.
Template SS confidence
		119	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.						.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.		.	.	190	.	.
		134	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		E	I	T	I	T	P	L	D	A	D	A	S	V	L	I	S	T	G	I	D	A	T	Q	T	N	H	G	R	Q	H	L	D	E	T	Q	V	R	V	F	G	Q	H	L	M	Q	G	S	Y	T	T	Q	D	G	R	S	D	V	A	I	S	C	C	C	K	V	S	G	D	V	Q	Q	C	Y	T	A	K	E	R	R	L
Query Conservation
Alig confidence					.	.	.																					.	.	.	.	.																																																.	.
Template Conservation					.	.	.																					.	.	.	.	.																																																.	.
Template Sequence		R	L	T	.	.	.	A	S	K	A	G	K	L	N	F	N	V	S	M	P	T	N	T	N	Y	S	.	.	.	.	.	K	T	G	E	T	T	T	V	K	G	D	T	L	T	V	K	G	A	L	G	N	N	G	L	L	Y	N	S	Q	I	K	V	V	L	D	N	G	T	L	S	E	G	S	D	G	A	S	.	.
Template Known Secondary structure					.	.	.		S	S	T	T										B		T	T	S		.	.	.	.	.										T	T									T	T	T																					T	T	S	S	S	.	.
Template Predicted Secondary structure					.	.	.																					.	.	.	.	.																																																.	.
Template SS confidence
		193	.	.				.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.						.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.
		214	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240						.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																													.	.	.	.	.
Query SS confidence																													.	.	.	.	.
Query Sequence		L	Q	H	T	S	A	Q	L	H	A	G	E	T	M	T	L	Q	K	L	V	W	I	D	W	R	D	D	.	.	.	.	.	R	Q	A	A	L	D	E	W	G	S	A	S	L	R	Q	L	E	M	C	A	Q	Q	S	Y	D	Q	L	L	A	A	S	T	E	N	W	R	Q	W	W	Q	K	R	R	I	T	V	N	G
Query Conservation																													.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.																							.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	L	K	V	S	D	A	K	A	V	T	L	Y	I	A	A	A	T	D	Y	K	Q	K	Y	P	S	Y	R	T	G	E	T	A	A	E	V	N	T	R	V	A	K	V	V	Q	D	A	A	N	K	G	Y	T	A	V	K	K	A	H	I	D	D	H	S	A	I	Y	D	R	V	K	I	D	L	G	Q
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.							S											S	B				T	T	T		B																																								T	T					S	S
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.
Template SS confidence
							265	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		289	290	.																												.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.		.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.
Predicted Secondary structure					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																						.																							.	.	.	.	.	.
Query SS confidence					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																						.																							.	.	.	.	.	.
Query Sequence		G	E	A	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	H	D	Q	Q	A	L	D	Y	A	L	Y	H	L	R	I	M	T	P	A	H	D	.	E	R	S	S	I	A	A	K	G	L	T	G	E	G	Y	K	G	H	V	F	W	D	.	.	.	.	.	.
Query Conservation					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																						.																							.	.	.	.	.	.
Alig confidence					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																						.						.	.																.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																											.	.
Template Sequence		S	G	H	S	S	D	G	A	V	A	T	D	A	L	L	K	A	Y	Q	R	G	S	A	T	T	A	Q	K	R	E	L	E	T	L	V	Y	K	Y	G	R	Y	L	T	I	G	S	S	R	E	N	S	Q	L	P	S	N	L	.	.	Q	G	I	W	S	V	T	A	G	D	N	A	H	G	N	T	P	W	G	S	D
Template Known Secondary structure				T	T	S	T	T														T																												T	T		S	S			B	T	.	.	T	B	T							S	S	T	T	S	S	S	G	G	G	G
Template Predicted Secondary structure																																																											.	.
Template SS confidence
		340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.			.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.
								335	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.		.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.																																							.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.																																							.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	T	E	V	F	L	L	P	F	H	L	F	S	D	P	T	V	A	R	S	L	L	R	Y	R	W	H	N	L	P	G	A	Q	E	K	A	R	R	N	.	G	W	Q	G	A	L	F	P	W	E	S	A	R	S	G	E	E	E	T	P	E	F	A	A	I	N	I	R	T	G	L	R	Q	K	V
Query Conservation		.	.	.	.	.	.																																							.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.																																							.
Template Conservation
Template Sequence		F	H	M	N	V	N	L	Q	M	N	Y	W	P	T	Y	S	A	N	M	G	E	L	A	E	P	L	I	E	Y	V	E	G	L	V	K	P	G	R	V	T	A	K	V	Y	A	G	A	E	T	T	N	P	E	T	T	P	I	G	E	G	E	G	Y	M	A	H	T	E	N	T	A	Y	G	W	T	A	P	G	Q	S
Template Known Secondary structure				T	T	T						T	S	S	T	T	T	T	T		G	G	G	G										T																	S	S	T	T	T			T	T	S	S	S						S				S	S				S			S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		418	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.
		408	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460						.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.
Predicted Secondary structure																																																							.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																							.	.	.	.	.
Query Sequence		A	S	A	Q	A	E	H	H	L	V	A	D	I	A	W	A	V	I	Q	Y	W	Q	T	T	G	D	E	S	F	I	A	H	E	G	M	A	L	L	L	E	T	A	K	F	W	I	S	R	A	V	R	V	N	.	.	.	.	.	D	R	L	E	I	H	D	V	I	G	P	D	E	Y	T	E	H	V	N	N	N	A
Query Conservation																																																							.	.	.	.	.
Alig confidence																																.																							.	.	.	.	.
Template Conservation																																.
Template Sequence		F	S	W	G	W	S	P	A	A	V	P	W	I	L	Q	N	V	Y	E	A	Y	E	Y	S	G	D	P	A	L	L	.	D	R	V	Y	A	L	L	K	E	E	S	H	F	Y	V	N	Y	M	L	H	K	A	G	S	S	S	G	D	R	L	T	T	G	V	A	Y	S	P	E	Q	G	P	L	G	T	D	G	N	T
Template Known Secondary structure								T	T																							.																		T						G	G	G		S	S									T	T
Template Predicted Secondary structure																																.
Template SS confidence
		498	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.		.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.
		483	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.																									.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		Y	T	S	Y	M	A	R	Y	N	V	Q	Q	A	L	N	I	A	R	Q	F	G	C	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	D	D	A	F	I	H	R	A	E	M	F	L	K	E	L	W	M	P	E	I	Q	P	D	G	V	L	P	Q	D	D	S	F	M
Query Conservation																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		Y	E	S	S	L	V	W	Q	M	L	N	D	A	I	E	A	A	K	A	K	G	D	P	D	G	L	V	G	N	T	T	D	C	S	A	D	N	W	A	K	N	D	S	G	N	F	T	D	A	N	A	N	R	S	W	S	C	A	K	S	L	L	K	P	I	E	V	G	D	S	G	Q	I	K	E	W	Y	F	E	G
Template Known Secondary structure																					T	T		T	T						S	T	T			G	G	G	G		B		T	T	S		B	S		T	T	S																B		T	T	S	S	B		S	S	T	T	B
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		577	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.
		539	540	.	.	.	.	.	.							.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.				.	.	.	.
Predicted Secondary structure										.	.	.	.	.	.																																																												.	.	.
Query SS confidence										.	.	.	.	.	.																																																												.	.	.
Query Sequence		A	K	P	A	I	N	L	A	.	.	.	.	.	.	K	Y	K	A	A	A	G	K	Q	T	I	L	L	D	Y	S	R	A	E	V	N	E	M	Q	I	L	K	Q	A	D	V	V	M	L	N	Y	M	L	P	E	Q	F	S	A	A	S	C	L	A	N	L	Q	F	Y	E	P	R	T	I	.	.	.	H	D	S	S
Query Conservation										.	.	.	.	.	.																																																												.	.	.
Alig confidence										.	.	.	.	.	.																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																						.	.	.
Template Conservation																																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		A	L	G	K	K	K	D	G	S	T	I	S	G	Y	Q	A	D	N	Q	H	R	H	M	S	H	L	L	G	L	F	P	G	D	L	I	T	I	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	D	N	S	E	Y	M	D	A	A	K	T	S	L	R	Y	R	C	F	K	G	N	V	L	Q	S	N	T	G
Template Known Secondary structure		S	T	T	B	B	T	T	S		B		T	T			S	S	S			S			G	G	G	T	T	T	T	T	S	S	S	S		S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	S		T	T															T	T
Template Predicted Secondary structure																																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		657	.	.	660	.	.	.	.	.	.	.	.	.	670	.	.	.	.	.	.	.	.	.	680	.	.	.	.	.	.	.	.	.	690	.	.	.																.	.	.	.	.	.	700	.	.	.	.	.	.	.	.	.	710	.	.	.	.	.	.	.	.	.	720	.
		610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.					.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.						.	.	.	.	670	.	.	.	.	.	.	.	.	.	680
Predicted Secondary structure																													.	.	.	.																														.	.	.	.	.
Query SS confidence																													.	.	.	.																														.	.	.	.	.
Query Sequence		L	S	K	A	I	H	G	I	V	A	A	R	C	G	L	L	T	Q	S	Y	Q	F	W	R	E	G	T	.	.	.	.	E	I	D	L	G	A	D	P	H	S	C	D	D	G	I	H	A	A	A	T	G	A	I	W	L	G	A	I	Q	.	.	.	.	.	G	F	A	G	V	S	V	R	D	G	E	L	H	L	N
Query Conservation																													.	.	.	.																														.	.	.	.	.
Alig confidence																													.	.	.	.																														.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		W	A	I	G	Q	R	I	N	S	W	A	R	T	G	D	G	N	T	T	Y	Q	L	V	E	L	Q	L	K	N	A	M	Y	A	N	L	F	D	Y	H	A	P	F	Q	I	D	G	N	F	G	N	T	S	G	V	D	E	M	L	L	Q	S	N	S	T	F	T	D	T	A	G	K	K	Y	V	N	Y	T	N	I	L
Template Known Secondary structure															T																S	B		T	T			B	B	S	S	S	B		T																								T	T						T					S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		722	.	.	.	.	.	.	.	730	.	.	.	.	.	.	.	.	.	740	.	.	.	.	.	.	.	.	.	750	.	.	.	.	.	.	.	.	.	760	.	.	.	.	.	.	.	.	.	770	.	.	.	.	.	.	.	.	.	780	.	.	.	.	.	.	.	.	.	790	.	.	.	.	.	.	.	.	.	800	.
		681	.	.	.	.	.	.	.	.	690	.	.	.		.	.	.	.	.	.	700		.	.	.	.	.	.	.	.	.						710	.	.	.	.	.	.	.	.	.	720	.	.												.	.	.	.	.	.	.	730	.	.	.	.	.	.	.	.	.	740	.	.
Predicted Secondary structure															.								.										.	.	.	.	.														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence															.								.										.	.	.	.	.														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		P	A	L	P	E	Q	W	Q	Q	L	S	F	P	.	L	F	W	Q	G	C	E	.	L	Q	V	T	L	D	A	Q	R	.	.	.	.	.	I	A	I	R	T	S	A	P	V	S	L	R	L	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	N	G	Q	L	I	T	V	A	E	E	S	V	F	C	L	G	D	F	I	L
Query Conservation															.								.										.	.	.	.	.														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence															.								.										.	.	.	.	.														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		P	A	L	P	D	A	W	A	G	G	S	V	S	G	L	V	A	R	G	N	F	T	V	G	T	T	W	K	N	G	K	A	T	E	V	R	L	T	S	N	K	G	K	Q	A	A	V	K	I	T	A	G	G	A	Q	N	Y	E	V	K	N	G	D	T	A	V	N	A	K	V	V	T	N	A	D	G	A	S	L	L
Template Known Secondary structure		T	T			T	T			S									T	T	T									T	T										S	S									T	T	T		G	G	G						T	T											T	T	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		802	.	.	.	.	.	.	.	810	.	.	.	.	.	.	.	.	.	820	.	.	.	.	.	.	.	.	.	830	.	.	.	.	.	.	.	.	.	840	.	.	.	.	.	.	.	.	.	850	.	.	.	.	.	.	.	.	.	860	.	.	.	.	.	.	.	.	.	870	.	.	.	.	.	.	.	.	.	880	.
		743	.	.	.	.	.	.	750	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		P	F	N	G	T	A	T	K	H
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		V	F	D	T	T	A	G	T	T
Template Known Secondary structure							T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		882	.	.	.	.	.	.	.	890