Job Description P30958 Confidence 99.95% Date Thu Jan 5 11:46:49 GMT 2012 Rank 61 Aligned Residues 446 % Identity 17% Template c3dmqA_ PDB info PDB header:hydrolase Chain: A: PDB Molecule:rna polymerase-associated protein rapa; PDBTitle: crystal structure of rapa, a swi2/snf2 protein that2 recycles rna polymerase during transcription Resolution 3.20 Å

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		437	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		T	V	R	N	L	A	L	I	C	E	S	D	L	L	G	E	R	V	A	R	R	R	Q	D	S	R	R	T	I	N	P	D	T	L	I	R	N	L	A	E	L	H	I	G	Q	P	V	V	H	L	E	H	G	V	G	R	Y	A	G	M	T	T	L	E	A	G	G	I	T	G	E	Y	L	M	L	T	Y	A	N	D
Query Conservation
Alig confidence																																																														.	.
Template Conservation																																																														.	.
Template Sequence		S	E	L	G	L	G	T	V	V	A	V	D	A	R	T	V	T	L	L	F	P	S	T	G	E	N	R	L	Y	A	R	S	D	S	P	V	T	R	V	X	F	N	P	G	D	T	I	T	S	H	D	G	W	Q	X	Q	V	E	E	V	.	.	K	E	E	N	G	L	L	T	Y	I	G	T	R	L	D	T	E	E
Template Known Secondary structure		G	G	G										S	S							T	T	T	T							T	T	T										T	T					B	T	T	S									.	.			S	S	S									T	T	T
Template Predicted Secondary structure																																																														.	.
Template SS confidence
		15	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.			.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.
		517	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		A	K	L	Y	V	P	V	S	S	L	H	L	I	S	R	Y	A	G	G	A	E	E	N	A	P	L	H	K	L	G	G	D	A	W	S	R	A	R	Q	K	A	A	E	K	V	R	D	V	A	A	E	L	L	D	I	Y	A	Q	R	A	A	K	E	G	F	A	F	K	H	D	R	E	Q	Y	Q	L	F	C	D	S
Query Conservation
Alig confidence																										.																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.										.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																										.																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.										.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		S	G	V	A	L	R	E	V	F	L	D	S	K	L	V	F	S	K	P	Q	D	R	L	F	.	A	G	Q	I	D	R	X	D	R	F	A	L	R	Y	R	A	R	K	Y	S	S	E	Q	F	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	R	X	P	Y	S	G	L	R	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure			S					G	G	G	B		S	S										T	T	.		S	S								T	T													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T		S	S		S	S	S		.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																										.																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.										.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		93	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.		.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140														.	.	.	.	.	.	.	.	.
		597	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.			650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.	.	.	.	.	670	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																							.	.
Query SS confidence																																																							.	.
Query Sequence		F	P	F	E	T	T	P	D	Q	A	Q	A	I	N	A	V	L	S	D	M	C	Q	P	L	A	M	D	R	L	V	C	G	D	V	G	F	G	K	T	E	V	A	M	R	A	A	F	L	A	V	D	N	H	.	.	K	Q	V	A	V	L	V	P	T	T	L	L	A	Q	Q	H	Y	D	N	F	R	D	R	F	A
Query Conservation																																																							.	.
Alig confidence																		.	.	.							.																												.	.											.
Template Conservation																		.	.	.							.																																								.
Template Sequence		Q	R	T	S	L	I	P	H	Q	L	N	I	A	H	D	V	.	.	.	G	R	R	H	A	P	.	R	V	L	L	A	D	E	V	G	L	G	K	T	I	E	A	G	X	I	L	H	Q	Q	L	L	S	G	A	A	E	R	V	L	I	I	V	P	E	T	.	L	Q	H	Q	W	L	V	E	X	L	R	R	F	N
Template Known Secondary structure			S	S														.	.	.			S	S	S		.								T	T	S																T	S	S										T	T	.	T												S
Template Predicted Secondary structure																		.	.	.							.																																								.
Template SS confidence
		150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.				.	.	.	.	170	.		.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210		.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.
		675	.	.	.	.	680	.	.	.	.	.	.	.	.	.	690	.	.	.	.	.	.	.	.	.	700	.	.	.	.	.	.	.	.	.	710	.	.	.	.	.	.	.	.	.	720	.							.	.	.	.	.	.	.	.	730	.	.	.	.								.	.	.	.	.	740	.
Predicted Secondary structure																																																	.	.	.	.	.	.														.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																	.	.	.	.	.	.														.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		N	W	P	V	R	I	E	M	I	S	R	F	R	S	A	K	E	Q	T	Q	I	L	A	E	V	A	E	G	K	I	D	I	L	I	G	T	H	K	L	L	Q	S	D	V	K	F	K	.	.	.	.	.	.	D	L	G	L	L	I	V	D	E	E	H	R	F	.	.	.	.	.	.	.	G	V	R	H	K	E	R
Query Conservation																																																	.	.	.	.	.	.														.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence								.	.	.	.	.																																					.	.	.	.	.	.														.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation								.	.	.	.	.
Template Sequence		L	R	F	A	L	F	.	.	.	.	.	D	D	E	R	Y	A	E	A	Q	H	D	A	Y	N	P	F	D	T	E	Q	L	V	I	C	S	L	D	F	A	R	R	S	K	Q	R	L	E	H	L	C	E	A	E	W	D	L	L	V	V	D	E	A	H	H	L	V	W	S	E	D	A	P	S	R	E	Y	Q	A	I
Template Known Secondary structure								.	.	.	.	.											T	T		S	S	S	T	T		S											T	S	T	T	T	T					T	S										S	S					B	T	T	B
Template Predicted Secondary structure								.	.	.	.	.
Template SS confidence
		225	.	.	.	.	230						.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		742	.	.	.	.	.	.	.	750	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		I	K	A	M	R	A	N	V	D	I	L	T	L	T	A	T	P	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		E	Q	L	A	E	H	V	P	G	V	L	L	L	T	A	T	P	E	Q	L	G	X	E	S	H	F	A	R	L	R	L	L	D	P	N	R	F	H	D	F	A	Q	F	V	E	E	Q	K	N	Y	C	P	V	A	D	A	V	A	X	L	L	A	G	N	K	L	S	N	D	E	L	N	X	L	G	E	X	I	G	E
Template Known Secondary structure						T	T		S	S				S		S	S		S	S	S		S	S		T									T	T	T		S	S	T																			T	T	T	T	S					G	G	G	T	T	S	S	T	T	T	T		T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.
																				759	760	.	.	.	.	.	.	.	.	.	770	.	.								.	.	.	.	.	.	.	780	.	.	.	.	.	.	.	.	.	790	.	.	.	.	.	.	.	.	.	800	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.															.	.	.	.	.	.	.																																				.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.															.	.	.	.	.	.	.																																				.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	I	P	R	T	L	N	M	A	M	S	G	M	R	D	.	.	.	.	.	.	.	L	S	I	I	A	T	P	P	A	R	R	L	A	V	K	T	F	V	R	E	Y	D	S	M	V	V	R	E	A	I	L	R	E	I	L	.	.	.	.	.	.
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.															.	.	.	.	.	.	.																																				.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.															.	.	.	.	.	.	.																																				.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		Q	D	I	E	P	L	L	Q	A	A	N	S	D	S	E	D	A	Q	S	A	R	Q	E	L	V	S	X	L	X	D	R	H	G	T	S	R	V	L	F	R	N	T	R	N	G	V	K	G	F	P	K	R	E	L	H	T	I	K	L	P	L	P	T	Q	Y	Q	T	A	I	K	V	S	G	I	X	G	A	R	K	S
Template Known Secondary structure		T		S	S	T	T	G	G	G	T				S	S		S	T	T	T									G	G	G		T	T	T	T	T						T	T	T																														T	T			S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.
																																												808	.	810	.	.	.	.	.	.	.	.	.	820	.	.	.	.	.	.	.	.	.	830	.	.	.	.	.	.	.	.	.	840	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	R	G	G	Q	V	Y	Y	L	Y	N	D	V	E	N	I	Q	K	A	A	E	R	L	A	E	L	V	P	E	A	R	I	A	I	G	H	G	Q	M
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																											.
Template Conservation																																																																						.
Template Sequence		A	E	D	R	A	R	D	X	L	Y	P	E	R	I	Y	Q	E	F	E	G	D	N	A	T	W	W	N	F	D	P	R	V	E	W	L	X	G	Y	L	T	S	H	R	S	Q	K	V	L	V	I	C	A	K	A	A	T	A	L	Q	L	E	Q	V	L	R	E	R	E	.	G	I	R	A	A	V	F	H	E	G	X
Template Known Secondary structure		G	G	G	G	T						S	G	G	G	T	T	T	T	T	S	S	S			T	T	T	T	S													T	S	S	S							S	S	T												T	T	T	.									T	T	S
Template Predicted Secondary structure																																																																						.
Template SS confidence
		460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.		.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.
		846	.	.	.	850	.	.	.	.	.	.	.	.	.	860	.			.	.	.	.	.	.	.	.	870	.	.	.	.	.	.	.	.	.	880	.	.	.	.	.	.	.	.	.	890	.	.	.	.	.	.	.	.	.	900	.	.	.	.	.	.	.			.	.	910	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																		.	.																																															.	.
Query SS confidence																		.	.																																															.	.
Query Sequence		R	E	R	E	L	E	R	V	M	N	D	F	H	H	Q	R	.	.	F	N	V	L	V	C	T	T	I	I	E	T	G	I	D	I	P	T	A	N	T	I	I	I	E	R	A	D	H	F	G	L	A	Q	L	H	Q	L	R	G	R	V	G	R	S	H	.	.	H	Q	A	Y	A	W	L	L	T	P	H	P
Query Conservation																		.	.																																															.	.
Alig confidence																		.	.																														.																	.	.
Template Conservation																																																	.
Template Sequence		S	I	I	E	R	D	R	A	A	A	W	F	A	E	E	D	T	G	A	Q	V	L	L	C	S	E	I	G	S	E	G	R	N	F	Q	F	A	S	H	X	V	X	F	D	L	P	F	.	N	P	D	L	L	E	Q	R	I	G	R	L	D	R	I	G	Q	A	H	D	I	Q	I	H	V	P	Y	L	E	K
Template Known Secondary structure			T	T											S	T	T	S	S							S			T	T		S	S			T	T							S	S			S	.	S										T	T	S		S	S	S		S										T	T
Template Predicted Secondary structure																																																	.
Template SS confidence
		539	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.		.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.