Job Description P00960 Confidence 96.72% Date Thu Jan 5 10:57:22 GMT 2012 Rank 18 Aligned Residues 174 % Identity 20% Template c1asyA_ PDB info PDB header:complex (aminoacyl-trna synthase/trna) Chain: A: PDB Molecule:aspartyl-trna synthetase; PDBTitle: class ii aminoacyl transfer rna synthetases: crystal2 structure of yeast aspartyl-trna synthetase complexed with3 trna asp Resolution 2.90 Å

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		6	.	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.						.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.																	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																									.	.	.	.	.																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																									.	.	.	.	.																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		T	R	T	F	Q	G	L	I	L	T	L	Q	D	Y	W	A	R	Q	G	C	T	I	V	.	.	.	.	.	Q	P	L	D	M	E	V	G	A	G	T	S	H	P	M	T	C	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	L	R	E	L	G	P	E	P	M	A	A	A	Y	V	Q	P	S	R	R
Query Conservation																									.	.	.	.	.																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																									.	.	.	.	.																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.						.	.
Template Conservation																																																																				.	.
Template Sequence		F	R	I	Q	A	G	V	C	E	L	F	R	E	Y	L	A	T	K	K	F	T	E	V	H	T	P	K	L	L	G	A	P	S	E	G	G	S	S	V	F	E	V	T	Y	F	K	G	K	A	Y	L	A	Q	S	P	Q	F	N	K	Q	Q	L	I	V	A	D	.	.	F	E	R	V	Y	E	I	G	P	V	F	R
Template Known Secondary structure																			T	T								S			S	S		S	T	T	T	T	S			B			B	T	T	B						S		S										T	T	.	.
Template Predicted Secondary structure																																																																				.	.
Template SS confidence
		248	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.			.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.
		65	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.																																																					.	.	90	.	.
Predicted Secondary structure																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		P	T	D	G	R	Y	G	E	N	P	N	R	L	Q	H	Y	Y	Q	F	Q	V	V	I	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	K	P	S	P	D
Query Conservation																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence							.	.	.	.				.	.										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation							.	.	.	.				.	.
Template Sequence		A	E	N	S	N	.	.	.	.	T	H	R	.	.	H	M	T	E	F	T	G	L	D	M	E	M	A	F	E	E	H	Y	H	E	V	L	D	T	L	S	E	L	F	V	F	I	F	S	E	L	P	K	R	F	A	H	E	I	E	L	V	R	K	Q	Y	P	V	E	E	F	K	L	P	K	D	G	K	M	V	R
Template Known Secondary structure			S				.	.	.	.		S	S	.	.			S	S											S	S		T																															T	T	S									S	S	S
Template Predicted Secondary structure							.	.	.	.				.	.
Template SS confidence
		326	.	.	.	330					.	.	.			.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		93	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.																						.	.	.	.	.	.	120								.	.	.	.	.	.	.	.	.	130			.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.
Predicted Secondary structure																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.								.	.	.	.	.	.	.											.	.
Query SS confidence																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.								.	.	.	.	.	.	.											.	.
Query Sequence		N	I	Q	E	L	Y	L	G	S	L	K	E	L	G	M	D	P	T	I	H	D	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	I	R	F	V	E	D	N	.	.	.	.	.	.	.	W	E	N	P	T	L	G	A	W	G	.	.	L	G	W	E	V	W	L	N	G	M	E	V
Query Conservation																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.								.	.	.	.	.	.	.											.	.
Alig confidence																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.								.	.	.	.	.	.	.											.	.
Template Conservation
Template Sequence		L	T	Y	K	E	G	I	E	M	L	R	A	A	G	K	E	I	G	D	F	E	D	L	S	T	E	N	E	K	F	L	G	K	L	V	R	D	K	Y	D	T	D	F	Y	I	L	D	K	F	P	L	E	I	R	P	F	Y	T	M	P	D	P	A	N	P	K	Y	S	N	S	Y	D	F	F	M	R	G	E	E	I
Template Known Secondary structure														T	T					S	S	S																					S								B	T	T	S	S		T	T	B		B		S	S		T	T	B	B	S							T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		143	.	.	.	.												.	.	150	.	.	.	.	.	.	.															.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.		.	.	.	.
Predicted Secondary structure							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																											.
Query SS confidence							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																											.
Query Sequence		T	Q	F	T	Y	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	F	Q	Q	V	G	G	L	E	C	K	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	P	V	T	G	E	I	T	Y	G	L	E	R	L	A	M	Y	I	Q	G	V	D	S	V	Y	D	L	.	V	W	S	D
Query Conservation							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																											.
Alig confidence							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																											.
Template Conservation
Template Sequence		L	S	G	A	Q	R	I	H	D	H	A	L	L	Q	E	R	M	K	A	H	G	L	S	P	E	D	P	G	L	K	D	Y	C	D	G	F	S	Y	G	C	P	P	H	A	G	G	G	I	G	L	E	R	V	V	M	F	Y	L	D	L	K	N	I	R	R	A	S	L	F	P	R
Template Known Secondary structure																					T	T			T	T	S									T	T	T	T																					T		S		G	G	G	G	S	S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550

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Kelley LA and Sternberg MJE. Nature Protocols 4, 363 - 371 (2009) [pdf] [Import into BibTeX]
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