Job Description P16659 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 11:35:16 GMT 2012 Rank 4 Aligned Residues 374 % Identity 26% Template c3ialB_ PDB info PDB header:ligase Chain: B: PDB Molecule:prolyl-trna synthetase; PDBTitle: giardia lamblia prolyl-trna synthetase in complex with prolyl-2 adenylate Resolution 2.20 Å

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		10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.			.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.			.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.		.	.
Predicted Secondary structure															.	.															.	.																																															.
Query SS confidence															.	.															.	.																																															.
Query Sequence		T	L	K	E	T	P	A	D	A	E	V	I	S	.	.	H	Q	L	M	L	R	A	G	M	I	R	K	L	A	.	.	S	G	L	Y	T	W	L	P	T	G	V	R	V	L	K	K	V	E	N	I	V	R	E	E	M	N	N	A	G	A	I	E	V	S	M	P	V	V	Q	P	A	D	L	W	Q	E	.	S	G
Query Conservation															.	.															.	.																																															.
Alig confidence															.	.															.	.																																															.
Template Conservation
Template Sequence		T	F	S	L	T	K	T	R	D	T	F	A	D	W	F	D	A	I	M	D	A	A	E	L	V	D	R	R	Y	P	V	K	G	C	V	V	F	R	P	Y	G	F	F	M	E	N	A	I	M	R	L	C	E	E	E	Y	A	K	V	G	I	S	Q	I	L	F	P	T	V	I	P	E	S	F	L	K	K	E	S	D
Template Known Secondary structure									T	T	T												T	T				T	T	S	S	S	T	T																										T	T								S								T	S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		38	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.
		85	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.					.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160
Predicted Secondary structure																					.	.	.	.
Query SS confidence																					.	.	.	.
Query Sequence		R	W	E	Q	Y	G	P	E	L	L	R	F	V	D	R	G	E	R	P	.	.	.	.	F	V	L	G	P	T	H	E	E	V	I	T	D	L	I	R	N	E	L	S	S	Y	K	Q	L	P	L	N	F	Y	Q	I	Q	T	K	F	R	D	E	V	R	P	R	F	G	V	M	R	S	R	E	F	L	M	K	D	A
Query Conservation																					.	.	.	.
Alig confidence																					.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		H	I	K	G	F	E	A	E	C	F	W	V	E	K	G	G	L	Q	P	L	E	E	R	L	A	L	R	P	T	S	E	T	A	I	Y	S	M	F	S	K	W	V	R	S	Y	K	D	L	P	L	K	I	H	Q	T	C	T	I	F	R	H	E	T	K	N	T	K	P	L	I	R	V	R	E	I	H	W	N	E	A
Template Known Secondary structure							G	G	G								T	T											S	S	S													S	B	G	G	G														T	T			S		B	T	T	T	B		S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		118	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.
		161	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.		.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																													.
Query SS confidence																													.
Query Sequence		Y	S	F	H	T	S	Q	E	S	L	Q	E	T	Y	D	A	M	Y	A	A	Y	S	K	I	F	S	R	.	M	G	L	D	F	R	A	V	Q	A	D	T	G	S	I	G	G	S	A	S	H	E	F	Q	V	L	A	Q	S	G	E	D	D	V	V	F	S	D	T	S	D	Y	A	A	N	I	E	L	A	E	A	I
Query Conservation																													.
Alig confidence																													.																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		H	C	C	H	A	T	A	E	D	A	V	S	Q	L	S	D	Y	W	K	V	I	D	T	I	F	S	D	E	L	C	F	K	G	Q	K	L	R	R	V	C	W	D	R	F	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure						S	S																				T	T	T	T											G	G	G			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		198	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.
		240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		A	P	K	E	P	R	A	A	A	T	Q	E	M	T	L	V	D	T	P	N	A	K	T	I	A	E	L	V	E	Q	F	N	L	P	I	E	K	T	V	K	T	L	L	V	K	A	V	E	G	S	S	F	P	Q	V	A	L	L	V	R	G	D	H	E	L	N	E	V	K	A	E	K	L	P	Q	V	A	S	P	L
Query Conservation
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		T	F	A	T	E	E	E	I	R	A	V	V	K	A	G	P	G	S	L	G	P	V	N	M	P	I	P	V	V	I	D	R	T	V	A	A	M	S	D	F	A	A	G	A	N	I	D	G	K	H	Y	F	G	I	N	W	D	R	D	V	A	T	P	E	V	A	D	I	R	N	V	V	A	G	D	P	S	P	D	G
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	P	G	A	D	Y	S	E	V	S
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	T		S
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
																																																																									242	.	.	.	.	.	.	.	250
		400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		Q	G	R	L	L	I	K	R	G	I	E	V	G	H	I	F	Q	L	G	T	K	Y	S	E	A	L	K	A	S	V	Q	G	E	D	G	R	N	Q	I	L	T	M	G	C	Y	G	I	G	V	T	R	V	V	A	A	A	I	E	Q	N	Y	D	E	R	G	I	V	W	P	D	A	I	A	P	F	Q	V	A	I	L
Query Conservation
Alig confidence																																																		.
Template Conservation																																																		.
Template Sequence		D	V	V	M	P	C	G	R	V	L	Q	T	A	G	I	H	N	L	G	Q	R	F	S	S	T	F	D	I	L	Y	A	N	K	A	N	E	S	V	H	P	Y	L	T	C	A	G	I	S	.	T	R	V	L	A	C	A	L	S	I	H	G	D	S	G	G	L	V	L	P	P	L	I	A	P	I	H	V	V	I	I
Template Known Secondary structure						T	T	S													T						T	T						T	T															.	T												B	T	T	B					G	G	G		S		S
Template Predicted Secondary structure																																																		.
Template SS confidence
		251	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.		.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		480	.	.	.	.	.							.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.		.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.		.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.
Predicted Secondary structure								.	.	.	.	.	.																	.														.
Query SS confidence								.	.	.	.	.	.																	.														.
Query Sequence		P	M	N	M	H	K	.	.	.	.	.	.	S	F	R	V	Q	E	L	A	E	K	L	Y	S	E	L	R	.	A	Q	G	I	E	V	L	L	D	D	R	K	E	.	R	P	G	V	M	F	A	D	M	E	L	I	G	I	P	H	T	I	V	L	G	D	R	N	L	D	N	D	D	I	E	Y	K	Y	R	R	N
Query Conservation								.	.	.	.	.	.																	.														.
Alig confidence								.	.	.	.	.	.																	.														.
Template Conservation
Template Sequence		P	I	G	C	G	K	K	N	N	Q	E	S	D	Q	Q	V	L	G	K	V	N	E	I	A	D	T	L	K	S	K	L	G	L	R	V	S	I	D	D	D	F	S	K	S	M	G	D	K	L	Y	Y	Y	E	L	K	G	V	P	L	R	I	E	V	G	Q	R	D	L	A	N	G	Q	C	I	V	V	P	R	D	V
Template Known Secondary structure				S		S		T	T																						T	T										T	T	S												T	T		S												T	T							T	T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		552	.			.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.																.	.	.	.	.	570	.
Predicted Secondary structure				.	.												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence				.	.												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		G	E	.	.	K	Q	L	I	K	T	G	D	I	V	E	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	Y	L	V	K	Q	I	K
Query Conservation				.	.												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence				.	.												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		G	K	D	Q	K	R	V	I	P	I	T	E	V	M	K	V	S	S	H	T	T	E	N	H	E	L	V	V	K	N	V	I	K	D	E	L	D
Template Known Secondary structure			G	G	G																		T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.