Job Description P16659 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 11:35:16 GMT 2012 Rank 12 Aligned Residues 411 % Identity 18% Template c3a32A_ PDB info PDB header:ligase Chain: A: PDB Molecule:probable threonyl-trna synthetase 1; PDBTitle: crystal structure of putative threonyl-trna synthetase2 thrrs-1 from aeropyrum pernix Resolution 2.30 Å

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		17	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.		.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure														.
Query SS confidence														.
Query Sequence		D	A	E	V	I	S	H	Q	L	M	L	R	.	A	G	M	I	R	K	L	A	S	G	L	Y	T	W	L	P	T	G	V	R	V	L	K	K	V	E	N	I	V	R	E	E	M	N	N	A	G	A	I	E	V	S	M	P	V	V	Q	P	A	D	L	W	Q	E	S	G	R	W	E	Q	Y	G	P	E	L	L	R
Query Conservation														.
Alig confidence														.
Template Conservation
Template Sequence		I	T	V	K	P	D	S	R	V	P	V	F	N	R	E	F	A	T	F	T	G	A	G	V	P	L	F	S	L	G	G	G	P	I	R	Y	A	L	A	E	V	L	A	K	F	H	A	R	R	G	Y	Y	V	V	E	T	P	I	I	A	S	T	E	L	F	K	V	S	G	H	I	E	F	Y	R	N	N	M	Y	L
Template Known Secondary structure		S	B			T	T	S	B		T	T	T		S	B	T						T	T				B		T	T																			T	T								S				T						T				T	T	G	G	G	G	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		18	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.
		96	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.				.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.		.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.
Predicted Secondary structure																														.	.	.																								.
Query SS confidence																														.	.	.																								.
Query Sequence		F	V	D	R	G	E	R	P	F	V	L	G	P	T	H	E	E	V	I	T	D	L	I	R	N	E	L	S	.	.	.	S	Y	K	Q	L	P	L	N	F	Y	Q	I	Q	T	K	F	R	D	E	V	R	P	R	.	F	G	V	M	R	S	R	E	F	L	M	K	D	A	Y	S	F	H	T	S	Q	E	S	L	Q
Query Conservation																														.	.	.																								.
Alig confidence			.																											.	.	.																								.
Template Conservation			.
Template Sequence		F	.	D	I	E	G	H	E	F	A	V	K	P	M	N	C	P	Y	H	I	L	L	F	L	N	E	V	A	K	H	R	S	K	L	P	L	P	F	K	V	F	E	F	G	R	V	H	R	Y	E	P	S	G	S	I	Y	G	L	L	R	V	R	G	F	T	Q	D	D	A	H	I	I	V	P	G	G	R	V	I	D
Template Known Secondary structure			.			T	T							S		S																G	G	G	S		S	S															G	G	G		B	T	T	T	B		S													G	G	G
Template Predicted Secondary structure			.
Template SS confidence
		98		.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.
		172	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		E	T	Y	D	A	M	Y	A	A	Y	S	K	I	F	S	R	M	G	L	D	F	R	A	V	Q	A	D	T	G	S	I	G	G	S	A	S	H	E	F	Q	V	L	A	Q	S	G	E	D	D	V	V	F	S	D	T	S	D	Y	A	A	N	I	E	L	A	E	A	I	A	P	K	E	P	R	A	A	A	T	Q	E
Query Conservation
Alig confidence		.																		.	.	.	.	.	.																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.																		.	.	.	.	.	.																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	V	V	Y	D	V	F	E	E	M	K	L	V	L	E	R	L	F	.	.	.	.	.	.	K	L	G	V	S	S	E	T	F	K	V	R	L	S	M	S	D	K	S	L	I	G	K	E	F	M	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		.																T	S	.	.	.	.	.	.					S	T	T	T										G	G	G	B	T	T	T	B		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure		.																		.	.	.	.	.	.																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
			177	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.							.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		252	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		M	T	L	V	D	T	P	N	A	K	T	I	A	E	L	V	E	Q	F	N	L	P	I	E	K	T	V	K	T	L	L	V	K	A	V	E	G	S	S	F	P	Q	V	A	L	L	V	R	G	D	H	E	L	N	E	V	K	A	E	K	L	P	Q	V	A	S	P	L	T	F	A	T	E	E	E	I	R	A	V	V
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	S	K	E	E	W	E	G	A	E	E	A	L	R	E	A	A	S	R	I	N	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
																																																		220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240
		332	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.		370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410
Predicted Secondary structure																																								.
Query SS confidence																																								.
Query Sequence		K	A	G	P	G	S	L	G	P	V	N	M	P	I	P	V	V	I	D	R	T	V	A	A	M	S	D	F	A	A	G	A	N	I	D	G	K	H	.	Y	F	G	I	N	W	D	R	D	V	A	T	P	E	V	A	D	I	R	N	V	V	A	G	D	P	S	P	D	G	Q	G	R	L	L	I	K	R	G	I	E
Query Conservation																																								.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																										.														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	E	K	Y	G	I	D	I	V	E	L	E	G	E	A	A	F	Y	G	P	K	L	D	F	I	M	M	V	E	E	S	G	V	S	K	E	W	Q	M	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.											T	T		S	B	T	T	B											S	S	S									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
															241	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.																												280
		411	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.			.	.	.
Predicted Secondary structure																																																																													.	.
Query SS confidence																																																																													.	.
Query Sequence		V	G	H	I	F	Q	L	G	T	K	Y	S	E	A	L	K	A	S	V	Q	G	E	D	G	R	N	Q	I	L	T	M	G	C	Y	G	I	G	V	T	R	V	V	A	A	A	I	E	Q	N	Y	D	E	R	G	I	V	W	P	D	A	I	A	P	F	Q	V	A	I	L	P	M	N	M	H	K	.	.	S	F	R
Query Conservation																																																																													.	.
Alig confidence																																					.																	.	.	.	.																				.	.
Template Conservation																																					.																	.	.	.	.
Template Sequence		I	Q	F	D	F	N	L	P	R	R	F	R	L	Y	D	V	V	R	E	E	F	G	I	E	E	V	Y	I	I	H	R	A	L	L	G	.	S	I	E	R	F	L	G	V	Y	L	E	H	R	R	G	R	.	.	.	.	M	P	F	T	L	A	P	I	Q	F	A	V	I	A	V	K	T	G	G	E	V	D	R	E
Template Known Secondary structure						S	S					T	T												S												.													T	T	T		.	.	.	.			G	G	G		S		S									S	S	T	T
Template Predicted Secondary structure																																					.																	.	.	.	.
Template SS confidence
		281	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.		.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.					.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.
		489	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.		.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.		530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.					.	.	.	.	.	.	560	.	.
Predicted Secondary structure																										.																		.																									.	.	.	.
Query SS confidence																										.																		.																									.	.	.	.
Query Sequence		V	Q	E	L	A	E	K	L	Y	S	E	L	R	A	Q	G	I	E	V	L	L	D	D	R	.	K	E	R	P	G	V	M	F	A	D	M	E	L	I	G	I	P	.	H	T	I	V	L	G	D	R	N	L	D	N	D	D	I	E	Y	K	Y	R	R	N	G	E	.	.	.	.	K	Q	L	I	K	T	G	D	I
Query Conservation																										.																		.																									.	.	.	.
Alig confidence																										.																		.																									.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		I	E	D	L	A	S	S	I	A	K	G	L	L	D	K	G	F	R	V	A	V	K	G	S	S	K	T	G	L	S	S	D	V	R	H	I	E	S	T	A	K	P	A	V	N	V	F	I	G	A	K	E	V	R	E	K	V	L	D	V	R	V	F	D	L	E	S	M	K	R	R	R	L	A	I	A	Y	G	D	A
Template Known Secondary structure																T	T										T	T	T											T	T			S													T									T	T	T	T										S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		356	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.
		563	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		V	E	Y	L	V	K	Q
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		A	D	A	V	E	N	L
Template Known Secondary structure
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		436	.	.	.	440	.	.