Job Description P16659 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 11:35:16 GMT 2012 Rank 18 Aligned Residues 421 % Identity 19% Template c1wu7A_ PDB info PDB header:ligase Chain: A: PDB Molecule:histidyl-trna synthetase; PDBTitle: crystal structure of histidyl-trna synthetase from2 thermoplasma acidophilum Resolution 2.40 Å

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		31	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		M	I	R	K	L	A	S	G	L	Y	T	W	L	P	T	G	V	R	V	L	K	K	V	E	N	I	V	R	E	E	M	N	N	A	G	A	I	E	V	S	M	P	V	V	Q	P	A	D	L	W	Q	E	S	G	R	W	E	Q	Y	G	P	E	L	L	R	F	V	D	R	G	E	R	P	F	V	L	G	P	T	H
Query Conservation
Alig confidence																																																									.
Template Conservation																																																									.
Template Sequence		L	Q	I	E	K	I	R	G	F	R	D	F	Y	P	E	D	X	D	V	E	K	F	I	F	K	T	A	E	E	A	A	E	A	F	G	F	R	R	I	D	F	P	S	L	E	Y	L	D	L	Y	R	I	K	S	G	.	E	E	L	L	Q	Q	T	Y	S	F	V	D	K	G	G	R	E	V	T	L	I	P	E	A
Template Known Secondary structure								T	T																										T	T								S				T					T	T	S		.	T	T	G	G	G	G	S						T	T	S							S		S
Template Predicted Secondary structure																																																									.
Template SS confidence
		4	.	.	.	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.		.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.
		111	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		E	E	V	I	T	D	L	I	R	N	E	L	S	S	Y	K	Q	L	P	L	N	F	Y	Q	I	Q	T	K	F	R	D	E	V	R	P	R	F	G	V	M	R	S	R	E	F	L	M	K	D	A	Y	S	F	H	T	S	Q	E	S	L	Q	E	T	Y	D	A	M	Y	A	A	Y	S	K	I	F	S	R	M	G	L
Query Conservation
Alig confidence													.	.																				.						.	.																								.	.	.
Template Conservation													.	.																				.						.	.																								.	.	.
Template Sequence		T	P	S	T	V	R	X	V	T	S	R	.	.	K	D	L	Q	R	P	L	R	W	Y	S	F	P	K	V	W	R	Y	E	.	E	P	Q	A	G	.	.	R	Y	R	E	H	Y	Q	F	N	A	D	I	F	G	S	D	S	P	E	A	D	A	E	.	.	.	V	I	A	L	A	S	S	I	L	D	R	L	G	L
Template Known Secondary structure										T	T		.	.	T	T			S	S														.		S		S	S	.	.			S											S			S							.	.	.												T	T	T
Template Predicted Secondary structure													.	.																				.						.	.																								.	.	.
Template SS confidence
		83	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.			.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.		.	.	.	.	.			.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140				.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.
		191	.		.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure				.
Query SS confidence				.
Query Sequence		D	F	.	R	A	V	Q	A	D	T	G	S	I	G	G	S	A	S	H	E	F	Q	V	L	A	Q	S	G	E	D	D	V	V	F	S	D	T	S	D	Y	A	A	N	I	E	L	A	E	A	I	A	P	K	E	P	R	A	A	A	T	Q	E	M	T	L	V	D	T	P	N	A	K	T	I	A	E	L	V	E	Q
Query Conservation				.
Alig confidence				.								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		Q	D	I	Y	E	I	R	I	N	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	R	K	I	X	E	E	I	I	G	G	X	T	S	S	D	P	F	S	V	F	S	I	I	D	R	Y	H	K	I	S	R	E	E	F	V	D	Q	L	R	S
Template Known Secondary structure		T	T	S								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.										T	T		S	S											T	T	T	T	S
Template Predicted Secondary structure												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		155	.	.	.	.	160	.	.	.	.																															.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.
		270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		F	N	L	P	I	E	K	T	V	K	T	L	L	V	K	A	V	E	G	S	S	F	P	Q	V	A	L	L	V	R	G	D	H	E	L	N	E	V	K	A	E	K	L	P	Q	V	A	S	P	L	T	F	A	T	E	E	E	I	R	A	V	V	K	A	G	P	G	S	L	G	P	V	N	M	P	I	P	V	V	I
Query Conservation
Alig confidence																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																	.
Template Conservation																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																	.
Template Sequence		A	G	I	G	E	D	G	V	S	X	I	A	D	L	C	S	G	T	R	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	I	D	E	X	A	R	I	T	G	K	S	S	E	E	I	A	R	X	A	A	V	E	D	L	L	A	S	Y	G	V	K	N	.	V	R	Y
Template Known Secondary structure		T	T															S		B		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.								T	T																			T	T				.
Template Predicted Secondary structure																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																	.
Template SS confidence
		205	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.																									.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.		.	.	.
		350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		D	R	T	V	A	A	M	S	D	F	A	A	G	A	N	I	D	G	K	H	Y	F	G	I	N	W	D	R	D	V	A	T	P	E	V	A	D	I	R	N	V	V	A	G	D	P	S	P	D	G	Q	G	R	L	L	I	K	R	G	I	E	V	G	H	I	F	Q	L	G	T	K	Y	S	E	A	L	K	A	S	V
Query Conservation
Alig confidence																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		D	F	S	I	V	R	G	L	S	Y	Y	T	G	I	V	F	E	A	Y	D	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	R	S	G	Q	F	R	A	I	L	G	G	G	R	Y	D	N	L	A	S	L	X	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure			T	T			T	T	T	T	T		S	S								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	T	S	S		S		S	S						T	T							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.																						280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.
		430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		Q	G	E	D	G	R	N	Q	I	L	T	M	G	C	Y	G	I	G	V	T	R	V	V	A	A	A	I	E	Q	N	Y	D	E	R	G	I	V	W	P	D	A	I	A	P	F	Q	V	A	I	L	P	M	N	M	H	K	S	F	R	V	Q	E	L	A	E	K	L	Y	S	E	L	R	A	Q	G	I	E	V	L	L
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.								.	.																		.	.	.	.	.	.	.																.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.								.	.																		.	.	.	.	.	.	.																.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	G	E	S	V	P	A	V	.	.	G	F	G	X	G	D	A	V	I	S	L	L	L	K	R	E	N	.	.	.	.	.	.	.	V	Q	I	P	R	E	K	K	S	V	Y	I	C	R	V	.	.	.	.	G	K	I	N	S	S	I	X	N	E	Y	S	R	K	L	R	E	R	G	X	N	V	T	V
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	S							.	.																T	T	.	.	.	.	.	.	.						S	S									.	.	.	.	S	S															T	T	T
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.								.	.																		.	.	.	.	.	.	.																.	.	.	.
Template SS confidence
						302	.	.	.	.	.	.			.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.								.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340					.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.
		510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		D	D	R	K	E	R	P	G	V	M	F	A	D	M	E	L	I	G	I	P	H	T	I	V	L	G	D	R	N	L	D	N	D	D	I	E	Y	K	Y	R	R	N	G	E	K	Q	L	I	K	T	G	D	I	V	E	Y	L	V	K	Q	I
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		E	I	X	E	R	G	L	S	A	Q	L	K	Y	A	S	A	I	G	A	D	F	A	V	I	F	G	E	R	D	L	E	R	G	V	V	T	I	R	N	X	Y	T	G	S	Q	E	N	V	G	L	D	S	V	V	E	H	L	I	S	Q	A
Template Known Secondary structure				S														T	T		S												T	T							T	T	T								G	G	G
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		365	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.