Job Description P16659 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 11:35:16 GMT 2012 Rank 33 Aligned Residues 283 % Identity 21% Template c1wleB_ PDB info PDB header:ligase Chain: B: PDB Molecule:seryl-trna synthetase; PDBTitle: crystal structure of mammalian mitochondrial seryl-trna2 synthetase complexed with seryl-adenylate Resolution 1.65 Å

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		17	.	.	20	.	.	.		.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.							.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure									.														.	.	.	.	.	.
Query SS confidence									.														.	.	.	.	.	.
Query Sequence		D	A	E	V	I	S	H	.	Q	L	M	L	R	A	G	M	I	R	K	L	A	.	.	.	.	.	.	S	G	L	Y	T	W	L	P	T	G	V	R	V	L	K	K	V	E	N	I	V	R	E	E	M	N	N	A	G	A	I	E	V	S	M	P	V	V	Q	P	A	D	L	W	Q	E	S	G	R	W	E	Q	Y
Query Conservation									.														.	.	.	.	.	.
Alig confidence									.														.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		S	F	Q	P	R	G	H	L	E	I	A	E	K	L	D	I	I	R	Q	K	R	L	S	H	V	S	G	H	R	S	Y	Y	L	R	G	A	G	A	L	L	Q	H	G	L	V	N	F	T	L	N	K	L	I	H	R	G	F	T	P	M	T	V	P	D	L	L	R	G	V	V	F	E	G	C	G	M	T	P	N	A
Template Known Secondary structure		S	S												T	T					T	T		T	T	T	T		T	T						T																				T	T								S											T			T	T	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		182	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.
		90	.	.		.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.				.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure					.																																																				.	.	.
Query SS confidence					.																																																				.	.	.
Query Sequence		G	P	E	.	L	L	R	F	V	D	R	G	E	R	P	F	V	L	G	P	T	H	E	E	V	I	T	D	L	I	R	N	E	L	S	S	Y	K	Q	L	P	L	N	F	Y	Q	I	Q	T	K	F	R	D	E	V	.	.	.	R	P	R	F	G	V	M	R	S	R	E	F	L	M	K	D	A	Y	S	F	H	T
Query Conservation					.																																																				.	.	.
Alig confidence					.																																																				.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		K	P	S	Q	I	Y	N	I	D	P	S	R	F	E	D	L	N	L	A	G	T	A	E	V	G	L	A	G	Y	F	M	D	H	S	V	A	F	R	D	L	P	I	R	M	V	C	S	S	T	C	Y	R	A	E	T	D	T	G	K	E	P	W	G	L	Y	R	V	H	H	F	T	K	V	E	M	F	G	V	T	G
Template Known Secondary structure		S	S		S	S		B			T	T	T	S	S	S					S	S										T	T					G	G	G		S															S	S					S	S	S	T	T		S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		262	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.
			166	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.
Query SS confidence		.
Query Sequence		.	S	Q	E	S	L	Q	E	T	Y	D	A	M	Y	A	A	Y	S	K	I	F	S	R	M	G	L	D	F	R	A	V	Q	A	D	T	G	S	I	G	G	S	A	S	H	E	F	Q	V	L	A	Q	S	G	E	D	D	V	V	F	S	D	T	S	D	Y	A	A	N	I	E	L	A	E	A	I	A	P	K	E	P
Query Conservation		.
Alig confidence		.																																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		P	G	L	E	Q	S	S	E	L	L	E	E	F	L	S	L	Q	M	E	I	L	T	E	L	G	L	H	F	R	V	L	D	M	P	T	Q	E	L	G	L	P	A	Y	R	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		S	S																						T	T										G	G	G	S	T	T	T		S		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		342	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.
		245	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		R	A	A	A	T	Q	E	M	T	L	V	D	T	P	N	A	K	T	I	A	E	L	V	E	Q	F	N	L	P	I	E	K	T	V	K	T	L	L	V	K	A	V	E	G	S	S	F	P	Q	V	A	L	L	V	R	G	D	H	E	L	N	E	V	K	A	E	K	L	P	Q	V	A	S	P	L	T	F	A	T	E
Query Conservation
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		325	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		E	E	I	R	A	V	V	K	A	G	P	G	S	L	G	P	V	N	M	P	I	P	V	V	I	D	R	T	V	A	A	M	S	D	F	A	A	G	A	N	I	D	G	K	H	Y	F	G	I	N	W	D	R	D	V	A	T	P	E	V	A	D	I	R	N	V	V	A	G	D	P	S	P	D	G	Q	G	R	L	L
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	K	F	D	I	E	A	W	M	P	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.									T	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
																																																													386	.	.	.	390	.	.	.	.	.
		405	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.		.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.		.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.
Predicted Secondary structure																																							.																								.
Query SS confidence																																							.																								.
Query Sequence		I	K	R	G	I	E	V	G	H	I	F	Q	L	G	T	K	Y	S	E	A	L	K	A	S	V	Q	G	E	D	G	R	N	Q	I	L	T	M	.	G	C	Y	G	I	G	V	T	R	V	V	A	A	A	I	E	Q	N	Y	D	E	R	G	.	I	V	W	P	D	A	I	A	P	F	Q	V	A	I	L	P	M	N
Query Conservation																																							.																								.
Alig confidence																																							.																								.
Template Conservation
Template Sequence		R	G	R	F	G	E	V	T	S	A	S	N	C	T	D	F	Q	S	R	R	L	H	I	M	F	Q	T	E	A	G	E	L	Q	F	A	H	T	V	N	A	T	G	C	A	V	P	R	L	L	I	A	L	L	E	S	Y	Q	Q	K	D	G	S	V	L	V	P	P	A	L	Q	P	Y	L	G	T	D	R	I	T	T
Template Known Secondary structure		T	T												T	T							T						T	T																												B		T	T	S						G	G	G					S	S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		396	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.
		483	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		M	H	K
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		P	T	H
Template Known Secondary structure			S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		476	.	.