Job Description P16659 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 11:35:16 GMT 2012 Rank 15 Aligned Residues 353 % Identity 22% Template c1g5hA_ PDB info PDB header:dna binding protein Chain: A: PDB Molecule:mitochondrial dna polymerase accessory subunit; PDBTitle: crystal structure of the accessory subunit of murine mitochondrial2 polymerase gamma Resolution 1.95 Å

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		24	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.				.	.							.	.	.	40	.		.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.
Predicted Secondary structure													.	.	.			.	.	.	.	.	.						.																																																			.	.
Query SS confidence													.	.	.			.	.	.	.	.	.						.																																																			.	.
Query Sequence		Q	L	M	L	R	A	G	M	I	R	K	.	.	.	L	A	.	.	.	.	.	.	S	G	L	Y	T	.	W	L	P	T	G	V	R	V	L	K	K	V	E	N	I	V	R	E	E	M	N	N	A	G	A	I	E	V	S	M	P	V	V	Q	P	A	D	L	W	Q	E	S	G	R	W	E	Q	Y	G	P	.	.
Query Conservation													.	.	.			.	.	.	.	.	.						.																																																			.	.
Alig confidence													.	.	.			.	.	.	.	.	.						.																							.																												.	.
Template Conservation																																																				.
Template Sequence		D	L	C	R	R	R	H	F	L	S	G	T	P	Q	Q	L	S	T	A	A	L	L	S	G	C	H	A	R	F	G	P	L	G	V	E	L	R	K	N	L	A	S	Q	W	W	S	S	X	V	V	.	F	R	E	Q	V	F	A	V	D	S	L	H	Q	E	P	G	S	S	Q	P	R	D	S	A	F	R	L	V	S
Template Known Secondary structure							T	T	S	B				G	G	G	G	S									S			B																				T	T	.	T		T	T								S							S	S						B
Template Predicted Secondary structure																																																				.
Template SS confidence
		45	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.		.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.
																	92	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.		.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	E	L	L	R	F	V	D	R	G	E	R	P	F	V	L	G	P	T	H	E	E	V	I	T	D	L	I	R	N	E	L	S	.	S	Y	K	Q	L	P	L	N	F	Y	Q	I	Q	T	K	F	R	D	E	V	R	P	R	F	G	V	M	R	S	R	E	F
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.						.																											.																				.	.	.	.	.	.
Template Conservation																						.																																															.	.	.	.	.	.
Template Sequence		P	E	S	I	R	E	I	L	Q	D	S	K	E	Q	L	V	A	F	L	E	.	N	L	L	K	T	S	G	K	L	R	A	T	L	L	H	G	A	L	E	H	Y	V	N	C	L	D	L	V	N	R	K	L	P	F	G	L	A	Q	I	G	V	C	F	H	P	V	.	.	.	.	.	.	S	T	R	V	G	E	K
Template Known Secondary structure																						.						S					S		S							T								T	T	T	B	S															.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																						.																																															.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		124	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.		.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.							190	.	.	.	.	.	.
		156	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		L	M	K	D	A	Y	S	F	H	T	S	Q	E	S	L	Q	E	T	Y	D	A	M	Y	A	A	Y	S	K	I	F	S	R	M	G	L	D	F	R	A	V	Q	A	D	T	G	S	I	G	G	S	A	S	H	E	F	Q	V	L	A	Q	S	G	E	D	D	V	V	F	S	D	T	S	D	Y	A	A	N	I	E	L
Query Conservation
Alig confidence													.																																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation													.																																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		T	E	A	S	L	V	W	F	T	P	T	.	R	T	S	S	Q	W	L	D	F	W	L	R	H	R	L	L	W	W	R	K	F	A	X	S	P	S	N	F	S	S	A	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure													.																				T	T		S	S	G	G	G					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure													.																																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		209	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.		220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250
		236	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		A	E	A	I	A	P	K	E	P	R	A	A	A	T	Q	E	M	T	L	V	D	T	P	N	A	K	T	I	A	E	L	V	E	Q	F	N	L	P	I	E	K	T	V	K	T	L	L	V	K	A	V	E	G	S	S	F	P	Q	V	A	L	L	V	R	G	D	H	E	L	N	E	V	K	A	E	K	L	P	Q	V
Query Conservation
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		316	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		A	S	P	L	T	F	A	T	E	E	E	I	R	A	V	V	K	A	G	P	G	S	L	G	P	V	N	M	P	I	P	V	V	I	D	R	T	V	A	A	M	S	D	F	A	A	G	A	N	I	D	G	K	H	Y	F	G	I	N	W	D	R	D	V	A	T	P	E	V	A	D	I	R	N	V	V	A	G	D	P
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	D	C	Q	D	E	L	G	R	K	G	S	K	L	Y	Y	S	F	P	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.					T	T	S											T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
																																																			251	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.
		396	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450		.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																									.
Query SS confidence																																																									.
Query Sequence		S	P	D	G	Q	G	R	L	L	I	K	R	G	I	E	V	G	H	I	F	Q	L	G	T	K	Y	S	E	A	L	K	A	S	V	Q	G	E	D	G	R	N	Q	I	L	T	M	G	C	Y	G	I	G	V	T	R	.	V	V	A	A	A	I	E	Q	N	Y	D	E	R	G	I	V	W	P	D	A	I	A	P	F
Query Conservation																																																									.
Alig confidence		.	.	.	.	.																																																			.
Template Conservation		.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	W	G	K	E	P	I	E	T	L	W	N	L	G	D	Q	E	L	L	H	T	Y	P	G	N	V	S	T	I	Q	G	R	D	G	R	K	N	V	V	P	C	V	L	S	V	S	G	D	V	D	L	G	T	L	A	Y	L	Y	D	S	F	Q	L	R	K	V	L	K	L	H	P	C	L	A	P	I
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	T													S							S	T	T		G	G	G	S					T	T																																				T	T	T		S
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.
Template SS confidence
							269	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.
		475	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.				510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.
Predicted Secondary structure																																					.	.	.
Query SS confidence																																					.	.	.
Query Sequence		Q	V	A	I	L	P	M	N	M	H	K	S	F	R	V	Q	E	L	A	E	K	L	Y	S	E	L	R	A	Q	G	I	E	V	L	L	.	.	.	D	D	R	K	E	R	P	G	V	M	F	A	D	M	E	L	I	G	I	P	H	T	I	V	L	G	D	R	N	L	D	N	D	D	I	E	Y	K	Y	R	R	N
Query Conservation																																					.	.	.
Alig confidence									.																												.	.	.
Template Conservation									.
Template Sequence		K	V	A	L	D	V	G	.	K	G	P	T	V	E	L	R	Q	V	C	Q	G	L	L	N	E	L	L	E	N	G	I	S	V	W	P	G	Y	S	E	T	V	H	S	S	L	E	Q	L	H	S	K	Y	D	E	X	S	V	L	F	S	V	L	V	T	E	T	T	L	E	N	G	L	I	Q	L	R	S	R	D	T
Template Known Secondary structure									.	S	S																			T	T						G	G	G	S				S												T	T		S																				T	T	T
Template Predicted Secondary structure									.
Template SS confidence
		356	.	.	.	360	.	.		.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.
		552	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		G	E	K	Q	L	I	K	T	G	D	I	V	E	Y	L	V	K	Q	I
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		T	X	K	E	X	X	H	I	S	K	L	R	D	F	L	V	K	Y	L
Template Known Secondary structure									T	T	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		435	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.