Job Description P0A853 Confidence 99.16% Date Thu Jan 5 11:06:55 GMT 2012 Rank 235 Aligned Residues 275 % Identity 13% Template c3bwnF_ PDB info PDB header:transferase Chain: F: PDB Molecule:l-tryptophan aminotransferase; PDBTitle: l-tryptophan aminotransferase Resolution 2.25 Å

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		81	.	.	.	.	.	.	.	.	90									.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.					120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure												.	.	.	.	.	.	.	.																														.	.	.	.
Query SS confidence												.	.	.	.	.	.	.	.																														.	.	.	.
Query Sequence		Y	A	L	A	E	S	V	K	N	I	.	.	.	.	.	.	.	.	F	G	Y	Q	Y	T	I	P	T	H	Q	G	R	G	A	E	Q	I	Y	I	P	V	L	I	K	K	R	E	Q	.	.	.	.	E	K	G	L	D	R	S	K	M	V	A	F	S	N	Y	F	F	D	T	T	Q	G	H	S	Q	I	N	G	C
Query Conservation												.	.	.	.	.	.	.	.																														.	.	.	.
Alig confidence												.	.	.	.	.	.	.	.																														.	.	.	.							.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																											.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		P	E	L	E	D	A	I	K	D	L	H	G	V	V	G	N	A	A	T	E	D	R	Y	I	V	V	G	T	G	S	T	Q	L	C	Q	A	A	V	H	A	L	S	S	L	A	R	S	Q	P	V	S	V	V	A	A	A	P	.	.	.	.	.	.	.	.	.	F	Y	S	T	Y	V	E	E	T	T	Y	V	R	S
Template Known Secondary structure																	S	B			T	T	S																							S	S	S	S	S							S	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.											T	T
Template Predicted Secondary structure																																																											.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		71	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.										.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.
		149	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		T	V	R	N	V	Y	I	K	E	A	F	D	T	G	V	R	Y	D	F	K	G	N	F	D	L	E	G	L	E	R	G	I	E	E	V	G	P	N	N	V	P	Y	I	V	A	T	I	T	S	N	S	A	G	G	Q	P	V	S	L	A	N	L	K	A	M	Y	S	I	A	K	K	Y	D	I	P	V	V	M	D	S
Query Conservation
Alig confidence											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																					.						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																					.						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		G	M	Y	K	W	E	G	D	A	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	W	G	F	D	K	K	G	P	Y	I	E	L	V	T	S	P	N	N	P	D	.	G	T	I	R	E	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	V	V	A	K	V	I	H	D	F
Template Known Secondary structure		T	T							S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	T				S	S								S	S		T	T	T	.						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																					.						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		142	.	.	.	.	.	.	.	150																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170		.	.	.	.	.													.	.	.	.	180	.	.	.	.	.
		229	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.			.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																		.	.
Query SS confidence																																																		.	.
Query Sequence		A	R	F	A	E	N	A	Y	F	I	K	Q	R	E	A	E	Y	K	D	W	T	I	E	Q	I	T	R	E	T	Y	K	Y	A	D	M	L	A	M	S	A	K	K	D	A	M	V	P	M	.	.	G	G	L	L	C	M	K	D	D	S	F	F	D	V	Y	T	E	C	R	T	L	C	V	V	Q	E	G	F	P	T
Query Conservation																																																		.	.
Alig confidence																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																	.	.																						.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																								.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		A	Y	Y	W	P	H	Y	T	P	I	T	R	R	Q	D	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	H	D	I	M	L	F	T	F	S	K	I	T	G	H	A	G	S	R	I	G	W	A	L	V	K	D	K	E	V	A	K	K	M	V	E	Y	I	I	V	.	.	.	.	.	.	.	.	N
Template Known Secondary structure		T	T		S	T	T	T	S				S		B		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.		S													G	G	G																							.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																								.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		193	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.																		.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.									.
		307	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.													.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.					350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370
Predicted Secondary structure																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																								.	.	.	.
Query SS confidence																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																								.	.	.	.
Query Sequence		Y	G	G	L	E	G	G	A	M	E	R	L	A	V	G	L	Y	D	G	M	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	N	L	D	W	L	A	Y	R	I	A	Q	V	Q	Y	L	V	D	G	L	E	E	I	G	.	.	.	.	V	V	C	Q	Q	A	G	G	H	A	A	F	V	D	A	G	K	L	L	P	H
Query Conservation																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																								.	.	.	.
Alig confidence																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																								.	.	.	.																		.
Template Conservation																																																																														.
Template Sequence		S	I	G	V	S	K	E	S	Q	V	R	T	A	K	I	L	N	V	L	K	E	T	C	K	S	E	S	E	S	E	N	F	F	K	Y	G	R	E	M	M	K	N	R	W	E	K	L	R	E	V	V	K	E	S	D	A	F	T	L	P	K	Y	P	E	A	F	C	N	Y	F	G	K	S	L	E	S	.	Y	P	A
Template Known Secondary structure			S	S																					T			S	T	T	T	S																						T	S	S	S												T	T	T	T						.			S
Template Predicted Secondary structure																																																																														.
Template SS confidence
		248	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.		.	.	.
		371	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.		.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.
Predicted Secondary structure																																														.
Query SS confidence																																														.
Query Sequence		I	P	A	D	Q	F	P	A	Q	A	L	A	C	E	L	Y	K	V	A	G	I	R	A	V	E	I	G	S	F	L	L	G	R	D	P	K	T	G	K	Q	L	P	C	P	.	A	E	L	L	R	L	T	I	P	R	A	T	Y	T	Q	T	H	M	D	F	I	I	E	A	F	K	H	V
Query Conservation																																														.
Alig confidence																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.								.											.	.	.
Template Conservation																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																			.	.	.
Template Sequence		F	A	W	L	G	T	K	E	E	T	D	L	V	S	E	L	R	R	H	K	V	M	S	R	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	A	G	E	R	C	G	S	D	K	K	H	V	R	V	S	M	L	S	.	.	.	R	E	D	V	F	N	V	F	L	E	R	L	A	N	M
Template Known Secondary structure								S	S	S									T	T	T					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.		T	G	G	G	T	S		T	T						S		S	.	.	.															T
Template Predicted Secondary structure																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																			.	.	.
Template SS confidence
		327	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350														.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.				.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.

No model constructed - rank, confidence too low

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Kelley LA and Sternberg MJE. Nature Protocols 4, 363 - 371 (2009) [pdf] [Import into BibTeX]
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