Job Description P0A853 Confidence 99.82% Date Thu Jan 5 11:06:55 GMT 2012 Rank 201 Aligned Residues 361 % Identity 10% Template c2douA_ PDB info PDB header:transferase Chain: A: PDB Molecule:probable n-succinyldiaminopimelate aminotransferase; PDBTitle: probable n-succinyldiaminopimelate aminotransferase (ttha0342) from2 thermus thermophilus hb8 Resolution 2.30 Å

Show / Hide SS confidence

Show / Hide Conservation and Alignment quality

		7	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.		.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																																					.
Query SS confidence																																																																					.
Query Sequence		L	P	E	P	F	R	I	R	V	I	E	P	V	K	R	T	T	R	A	Y	R	E	E	A	I	I	K	S	G	M	N	P	F	L	L	D	S	E	D	V	F	I	D	L	L	T	D	S	G	T	G	A	V	T	Q	S	M	Q	A	A	M	M	R	G	D	E	A	.	Y	S	G	S	R	S	Y	Y	A	L	A	E
Query Conservation																																																																					.
Alig confidence									.	.	.	.	.	.	.	.																										.	.	.	.	.																							.
Template Conservation									.	.	.	.	.	.	.	.																										.	.	.	.	.
Template Sequence		V	P	E	P	S	V	F	.	.	.	.	.	.	.	.	L	V	V	D	E	A	K	R	K	A	R	E	R	G	V	G	L	I	D	L	S	I	G	S	T	.	.	.	.	.	D	L	P	P	P	E	A	P	L	K	A	L	A	E	A	L	N	D	P	T	T	Y	G	Y	C	L	K	S	C	T	L	P	F	L	E
Template Known Secondary structure					T				.	.	.	.	.	.	.	.													T	T							S	S				.	.	.	.	.																T	T		G	G	G	S	S
Template Predicted Secondary structure									.	.	.	.	.	.	.	.																										.	.	.	.	.
Template SS confidence
		4	.	.	.	.	.	10									.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.						.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70
		86	.	.	.	90	.										.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure								.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence								.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		S	V	K	N	I	F	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	Y	Q	Y	T	I	P	T	H	Q	G	R	G	A	E	Q	I	Y	I	P	V	L	I	K	K	R	E	Q	E	K	G	L	D	R	S	K	M	V	A	F	S	N	Y	F	F	D	T	T	Q	G	H	S	Q	I	N	G	C	T	V	R	N	V	Y	I	K
Query Conservation								.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence								.	.	.	.	.	.	.	.	.																																			.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																			.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		E	A	A	R	W	Y	E	G	R	Y	G	V	G	L	D	P	R	R	E	A	L	A	L	I	G	S	Q	E	G	L	A	H	L	L	L	A	L	T	E	P	E	D	L	L	L	L	P	E	V	.	.	.	.	.	.	.	.	.	A	Y	P	S	Y	F	G	A	A	R	V	A	S	L	R	T	F	L	I	P	L	R
Template Known Secondary structure												S					T	T	T	S					S	S															T	T							S	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.												T	T								B
Template Predicted Secondary structure																																																			.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		71	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.										120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.
		157	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		E	A	F	D	T	G	V	R	Y	D	F	K	G	N	F	D	L	E	G	L	E	R	G	I	E	E	V	G	P	N	N	V	P	Y	I	V	A	T	I	T	S	N	S	A	G	G	Q	P	V	S	L	A	N	L	K	A	M	Y	S	I	A	K	K	Y	D	I	P	V	V	M	D	S	A	R	F	A	E	N	A	Y
Query Conservation
Alig confidence			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																.	.	.	.															.																															.	.	.	.	.
Template Conservation			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																.	.	.	.															.																															.	.	.	.	.
Template Sequence		E	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	D	G	L	A	D	L	K	A	V	P	E	G	V	W	R	.	.	.	.	E	A	K	V	L	L	L	N	Y	P	N	N	P	T	.	G	A	V	A	D	W	G	Y	F	E	E	A	L	G	L	A	R	K	H	G	L	W	L	I	H	D	N	P	Y	V	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	S	S	B		G	G	G	S							.	.	.	.									S	S		T	T	T	.																			T	T								T	T	G	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																.	.	.	.															.																															.	.	.	.	.
Template SS confidence
		142											.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.					.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.		.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.
		237	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		F	I	K	Q	R	E	A	E	Y	K	D	W	T	I	E	Q	I	T	R	E	T	Y	K	Y	A	D	M	L	A	M	S	A	K	K	D	A	M	V	P	M	G	G	L	L	C	M	K	D	D	S	F	F	D	V	Y	T	E	C	R	T	L	C	V	V	Q	E	G	F	P	T	Y	G	G	L	E	G	G	A	M	E
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.																																																												.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.																																																												.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	D	Q	V	Y	E	G	E	A	P	S	P	L	A	L	P	G	A	K	E	R	V	V	E	L	F	S	L	S	K	S	Y	N	L	A	G	F	R	L	G	F	A	L	G	S	E	E	A	L	A	R	L	E	R	V	K	G	V	I	D	.	.	.	.	.	.	.	F	N	Q	Y	A	G	V	L	R	M	G
Template Known Secondary structure		.	.	.	G	G	B	S	S	S					G	G	G	S	T	T	G	G	G	T												T		G	G	G																								.	.	.	.	.	.	.			S
Template Predicted Secondary structure		.	.	.																																																												.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
					202	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260								.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.
		317	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		R	L	A	V	G	L	Y	D	G	M	N	L	D	W	L	A	Y	R	I	A	Q	V	Q	Y	L	V	D	G	L	E	E	I	G	V	V	C	Q	Q	A	G	G	H	A	A	F	V	D	A	G	K	L	L	P	H	I	P	A	D	Q	F	P	A	Q	A	L	A	C	E	L	Y	K	V	A	G	I	R	A	V	E	I
Query Conservation
Alig confidence																																																					.	.	.	.	.	.	.	.												.
Template Conservation																																																					.	.	.	.	.	.	.	.												.
Template Sequence		V	E	A	L	K	T	P	K	E	V	V	R	G	Y	A	R	V	Y	R	E	R	A	L	G	M	A	E	A	L	K	G	V	L	S	L	L	P	P	R	A	T	M	Y	L	W	G	R	L	P	E	G	.	.	.	.	.	.	.	.	V	D	D	L	E	F	G	L	R	L	V	.	E	R	G	V	A	L	A	P	G
Template Known Secondary structure						T	S																								T	T	T	S							B	S	S								T	T	.	.	.	.	.	.	.	.												.		T	T						G
Template Predicted Secondary structure																																																					.	.	.	.	.	.	.	.												.
Template SS confidence
		272	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.									.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.		.	.	.	.	.	.	340	.	.
		397	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		G	S	F	L	L	G	R	D	P	K	T	G	K	Q	L	P	C	P	A	E	L	L	R	L	T	I	P	R	A	T	Y	T	Q	T	H	M	D	F	I	I	E	A	F	K	H	V
Query Conservation
Alig confidence								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.												.	.	.
Template Conservation								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.												.	.	.
Template Sequence		R	G	F	G	P	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	K	G	F	V	R	I	A	L	V	R	.	.	.	P	L	E	E	L	L	E	A	A	K	R	I	R	E	A
Template Known Secondary structure		G	G	G		G	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	T	T								S	.	.	.															T
Template Predicted Secondary structure								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.												.	.	.
Template SS confidence
		343	.	.	.	.	.												.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.				360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.