Job Description P21517 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 11:38:27 GMT 2012 Rank 24 Aligned Residues 441 % Identity 23% Template c1cygA_ PDB info PDB header:glycosyltransferase Chain: A: PDB Molecule:cyclodextrin glucanotransferase; PDBTitle: cyclodextrin glucanotransferase (e.c.2.4.1.19) (cgtase) Resolution 2.50 Å

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		117	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.			.	.	190	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																																									.	.
Query SS confidence																																																																									.	.
Query Sequence		P	Q	W	A	A	D	Q	I	F	Y	Q	I	F	P	D	R	F	A	R	S	L	P	R	E	A	E	Q	D	H	V	Y	Y	H	H	A	A	G	Q	E	I	I	L	R	D	W	D	E	P	V	T	A	Q	A	G	G	S	T	F	Y	G	G	D	L	D	G	I	S	E	K	L	P	.	.	Y	L	K	K	L	G	V
Query Conservation																																																																									.	.
Alig confidence																																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																						.	.
Template Conservation																																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		K	V	N	F	T	S	D	V	V	Y	Q	I	V	V	D	R	F	V	D	G	N	T	S	N	N	P	S	G	A	L	F	S	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	C	T	N	L	R	K	Y	C	G	G	D	W	Q	G	I	I	N	K	I	N	D	G	Y	L	T	D	M	G	V
Template Known Secondary structure		T	T			T	T								G	G	G	T			S		G	G	G				G	G	G	B		G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	G		S	T	T	S	B														T	S	T	T	T	T	T	T
Template Predicted Secondary structure																																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		6	.	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.																		.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.
		195	.	.	.	.	200	.	.	.	.												.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.
Predicted Secondary structure												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		T	A	L	Y	L	N	P	V	F	K	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	A	P	S	V	H	K	Y	D	T	E	D	Y	R	H	V	D	P	Q	F	G	G	D	G	A	L	L	R	L	R	H	N	T	Q	Q	L	G	M	R	L	V	L	D	G	V	F	N	H	S	G	D	S	H	A	W	F	D	R	H	N
Query Conservation												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		T	A	I	W	I	S	Q	P	V	E	N	V	F	S	V	M	N	D	A	S	G	S	A	S	Y	H	G	Y	W	A	R	D	F	K	K	P	N	P	F	F	G	T	L	S	D	F	Q	R	L	V	D	A	A	H	A	K	G	I	K	V	I	I	D	F	A	P	N	H	T	S	P	A	S	E	T	N	P	S	Y	M
Template Known Secondary structure																		S	S	S	S				S	T	T	S		S									T	T	T																T	T									T	T							S	S		T	T	S	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		69	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.
		264	.	.	.					.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.							.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.
Predicted Secondary structure						.	.	.	.																						.	.	.	.	.	.
Query SS confidence						.	.	.	.																						.	.	.	.	.	.
Query Sequence		R	G	T	G	.	.	.	.	G	A	C	H	N	P	E	S	P	W	R	D	W	Y	S	F	S	D	D	G	T	.	.	.	.	.	.	A	L	D	W	L	G	Y	A	S	L	P	K	L	D	Y	Q	S	E	S	L	V	N	E	I	Y	R	G	E	D	S	I	V	R	H	W	L	K	A	P	W	N	M	D	G	W
Query Conservation						.	.	.	.																						.	.	.	.	.	.
Alig confidence						.	.	.	.																						.	.	.	.	.	.																												.	.	.	.						.	.
Template Conservation																																																																.	.	.	.						.	.
Template Sequence		E	N	G	R	L	Y	D	N	G	T	L	L	G	G	Y	T	N	D	A	N	M	Y	F	H	H	N	G	G	T	T	F	S	S	L	E	D	G	I	Y	R	N	L	F	D	L	A	D	L	N	H	Q	N	P	V	I	D	R	Y	L	K	D	A	.	.	.	.	V	K	M	W	I	.	.	D	M	G	I	D	G	I
Template Known Secondary structure		T	T	T					T	T						S	T	T		T	T			B			S		B				S	S						S	S	B	S	T	T				B		T	T	S											.	.	.	.						.	.	T	T	T
Template Predicted Secondary structure																																																																.	.	.	.						.	.
Template SS confidence
		149	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210					.	.	.	.	.			.	.	.	.	220	.	.
		334	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.							.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																															.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																															.	.	.	.	.	.
Query Sequence		R	L	D	V	V	H	M	L	G	E	A	G	G	A	R	N	N	M	Q	H	V	A	G	I	T	E	A	A	K	E	T	Q	P	E	A	Y	I	V	G	E	H	F	G	D	A	.	.	.	.	.	.	R	Q	W	L	Q	A	D	V	E	D	A	A	M	N	Y	R	G	F	T	F	P	L	W	G	F	L	A	N	T
Query Conservation																																															.	.	.	.	.	.
Alig confidence												.	.	.	.	.	.	.	.																.												.	.	.	.	.	.																	.												.
Template Conservation												.	.	.	.	.	.	.	.																.																																		.												.
Template Sequence		R	M	D	A	V	K	H	M	P	F	.	.	.	.	.	.	.	.	G	W	Q	K	S	L	M	D	E	I	D	N	Y	R	P	.	V	F	T	F	G	E	W	F	L	S	E	N	E	V	D	A	N	N	H	Y	F	A	N	E	S	G	M	S	L	L	D	F	R	.	F	G	Q	K	L	R	Q	V	L	R	N	.
Template Known Secondary structure				S		G	G	G	S		S	.	.	.	.	.	.	.	.																.											T	T													S	S				B				.										T	T	.
Template Predicted Secondary structure												.	.	.	.	.	.	.	.																.																																		.												.
Template SS confidence
		223	.	.	.	.	.	.	230	.	.									.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.		.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280		.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.
		408	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		D	I	S	Y	D	P	Q	Q	I	D	A	Q	T	C	M	A	W	M	D	N	Y	R	A	G	L	S	H	Q	Q	Q	L	R	M	F	N	Q	L	D	S	H	D	T	A	R	F	K	T	L	L	G	R	D	I	A	R	L	P	L	A	V	V	W	L	F	T	W	P	G	V	P	C	I	Y	Y	G	D	E	V	G	L
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.																				.	.																									.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.																				.	.																									.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	N	S	D	N	W	Y	G	F	N	Q	M	I	Q	D	T	A	S	A	Y	.	.	D	E	V	L	D	Q	V	T	F	I	D	N	H	D	M	D	R	F	M	I	D	G	G	D	.	P	R	K	V	D	M	A	L	A	V	L	L	T	S	R	G	V	P	N	I	Y	Y	G	T	E	Q	Y	M
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.		S																		.	.	T	T	G	G	G					S			T	T	S			S			T	T			.	T													S	S	S						T	T	G	G	G	T
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.																				.	.																									.
Template SS confidence
								292	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310			.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.		.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.
		488	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																																																	.
Query SS confidence																																																																																	.
Query Sequence		D	G	K	N	D	P	F	C	R	K	P	F	P	W	Q	V	E	K	Q	D	T	A	L	F	A	L	Y	Q	R	M	I	A	L	R	K	K	S	Q	A	L	R	H	G	G	C	Q	V	L	Y	A	E	D	N	V	V	V	F	V	R	V	L	N	Q	Q	R	V	L	V	A	I	N	R	G	E	A	C	E	V	V	.
Query Conservation																																																																																	.
Alig confidence																	.	.																																																															.
Template Conservation																	.	.
Template Sequence		T	G	N	G	D	P	N	N	R	K	M	M	S	S	F	.	.	N	K	N	T	R	A	Y	Q	V	I	Q	K	L	S	S	L	R	R	N	N	P	A	L	A	Y	G	D	T	E	Q	R	W	I	N	G	D	V	Y	V	Y	E	R	Q	F	G	K	D	V	V	L	V	A	V	N	R	S	S	S	S	N	Y	S	I
Template Known Secondary structure					S	T	T	G	G	G							.	.		S		S																															S	S									T	T											S	S
Template Predicted Secondary structure																	.	.
Template SS confidence
		363	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.			.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440
								567	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.					.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.																							.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.																							.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	L	P	A	S	P	F	L	N	A	V	Q	W	Q	C	K	E	G	H	G	Q	L	T	.	.	.	.	D	G	I	L	A	L	P	A	I	S	A	T	V	W
Query Conservation		.	.	.	.	.	.																							.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.																							.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		T	G	L	F	T	A	L	P	A	G	T	Y	T	D	Q	L	G	G	L	L	D	G	N	T	I	Q	V	G	S	N	G	S	V	N	A	F	D	L	G	P	G	E	V	G	V	W
Template Known Secondary structure			S		B		S	S		S						T	T	T	T	T	T									G	G	G	B	B							T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		441	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.