Job Description P31600 Confidence 97.45% Date Wed Jan 25 15:20:48 GMT 2012 Rank 107 Aligned Residues 464 % Identity 10% Template c3lvhA_ PDB info PDB header:structural protein Chain: A: PDB Molecule:clathrin heavy chain 1; PDBTitle: crystal structure of a clathrin heavy chain and clathrin light chain2 complex Resolution 9.00 Å

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		183	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.			.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260
Predicted Secondary structure																																																																	.	.
Query SS confidence																																																																	.	.
Query Sequence		E	G	K	T	L	R	T	D	L	L	Q	R	A	I	Y	L	K	Q	W	S	Q	A	D	T	L	Y	N	E	A	R	Q	Q	N	T	L	S	A	A	E	R	R	Q	W	F	D	V	L	L	A	G	Q	L	D	D	R	I	L	A	L	Q	S	Q	G	.	.	I	F	T	D	P	Q	S	Y	I	T	Y	A	T	A	L
Query Conservation																																																																	.	.
Alig confidence																															.	.	.	.	.																														.	.
Template Conservation																															.	.	.	.	.
Template Sequence		N	E	P	A	V	W	S	Q	L	A	K	A	Q	L	Q	K	G	M	V	K	E	A	I	D	S	Y	I	K	A	.	.	.	.	.	D	D	P	S	S	Y	M	E	V	V	Q	A	A	N	T	S	G	N	W	E	E	L	V	K	Y	L	Q	M	A	R	K	K	A	R	E	S	Y	V	E	T	E	L	I	F	A	L
Template Known Secondary structure					S		S	S	S					T	T	T	S	S	S		T	T	T	T	T	S	S	S		S	.	.	.	.	.	S					S							T	T	T	S				T	T															T	T	T	T
Template Predicted Secondary structure																															.	.	.	.	.
Template SS confidence
		1103	.	.	.	.	.	.	1110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1130	.						.	.	.	.	.	.	.	.	1140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1170	.	.	.	.	.	.	.
		261	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.									.	.	.	.	.	330	.	.
Predicted Secondary structure																																																																		.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																																		.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		A	Y	R	G	E	K	A	R	L	Q	H	Y	L	I	E	N	K	P	L	F	T	T	D	A	Q	E	K	S	W	L	Y	L	L	S	K	Y	S	A	N	P	V	Q	A	L	A	N	Y	T	V	Q	F	A	D	N	R	Q	Y	V	V	G	A	T	L	P	.	.	.	.	.	.	.	.	V	L	L	K	E	G	Q	Y
Query Conservation																																																																		.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																								.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		A	K	T	N	R	L	A	E	L	E	E	F	I	N	G	P	N	N	A	H	I	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	Q	Q	V	G	D	R	C	Y	D	E	K	M	Y	D	A	A	K	L	L	Y	N	N	V	S	N	F	G	R	L	A	S	T	L	V	H	L	G	E	Y
Template Known Secondary structure			T	T			S	S	T	T	T	S	T	T	T	S		S		S			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.										S			S	T	T	S	S	T	T	G	G	G	S			S	T	T	T	S	S	S	S	S	S		S	G	G
Template Predicted Secondary structure																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		1178	.	1180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1190	.	.	.	.	.	.	.	.																					.	1200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1230	.	.	.	.	.	.	.
		333	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		D	A	A	Q	K	L	L	A	T	L	P	A	N	E	M	L	E	E	R	Y	A	V	S	V	A	T	R	N	K	A	E	A	L	R	L	A	R	L	L	Y	Q	Q	E	P	A	N	L	T	R	L	D	Q	L	T	W	Q	L	M	Q	N	E	Q	S	R	E	A	A	D	L	L	L	Q	R	Y	P	F	Q	G	D	A
Query Conservation
Alig confidence																																										.	.	.	.
Template Conservation																																										.	.	.	.
Template Sequence		Q	A	A	V	D	G	A	R	K	A	N	S	T	R	T	W	K	E	V	C	F	A	C	V	D	G	K	E	F	R	L	A	Q	M	C	G	L	H	I	V	.	.	.	.	V	H	A	D	E	L	E	E	L	I	N	Y	Y	Q	D	R	G	Y	F	E	E	L	I	T	M	L	E	A	A	L	G	L	E	R	A	H
Template Known Secondary structure		G	S	S	T	T	T	G	G	G			S	S		S					T						S		T	T	T	T	T	T								.	.	.	.			S	S			S	G	G	G	S	S	S	T	T	T	T		G	G	G	S	T	T	T					T	T	S	T	T
Template Predicted Secondary structure																																										.	.	.	.
Template SS confidence
		1238	.	1240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1270	.	.	.	.	.	.	.					.	.	1280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1310	.	.	.
		413	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		R	V	S	Q	T	L	M	A	R	L	A	S	L	L	E	S	H	P	Y	L	A	T	P	A	K	V	A	I	L	S	K	P	L	P	L	A	E	Q	R	Q	W	Q	S	Q	L	P	G	I	A	D	N	C	P	A	I	V	R	L	L	G	D	M	S	P	S	Y	D	A	A	A	W	N	R	L	A	K	C	Y	R	D
Query Conservation
Alig confidence																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		M	G	M	F	T	E	L	A	I	L	Y	S	K	F	K	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	P	Q	K	M	R	E	H	L	E	L	F	W	S	R	V	N	I	P	K	V	L	R	A	A	E	Q	A	H	L	W	A	E	L
Template Known Secondary structure														S	S		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	T							T	T	S	S	S	S	S		S	T	T	T					T	T	T	T
Template Predicted Secondary structure																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		1314	.	.	.	.	.	1320	.	.	.	.	.	.	.	.																																	.	1330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1360	.
		493	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.			.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570
Predicted Secondary structure																																																						.	.
Query SS confidence																																																						.	.
Query Sequence		T	L	P	G	V	A	L	Y	A	W	L	Q	A	E	Q	R	Q	P	S	A	W	Q	H	R	A	V	A	Y	Q	A	Y	Q	V	E	D	Y	A	T	A	L	A	A	W	Q	K	I	S	L	H	D	M	S	.	.	N	E	D	L	L	A	A	A	N	T	A	Q	A	A	G	N	G	A	A	R	D	R	W	L	Q	Q
Query Conservation																																																						.	.
Alig confidence																																																						.	.
Template Conservation
Template Sequence		V	F	L	Y	D	K	Y	E	E	Y	D	N	A	I	I	T	M	M	N	H	P	T	D	A	W	K	E	G	Q	F	K	D	I	I	T	K	V	A	N	V	E	L	Y	Y	R	A	I	Q	F	Y	L	E	F	K	P	L	L	L	N	D	L	L	M	V	L	S	P	R	L	D	H	T	R	A	V	N	Y	F	S	K
Template Known Secondary structure									T								T	T	T	S								G	G	G	G	T	T	T	G	G	G		S		S											T	T	S			T	T	S									T	T			S	T	T	T						T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		1362	.	.	.	.	.	.	.	1370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1440	.
		571	.	.												.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.												.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		A	E	K	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	R	G	L	G	S	N	A	L	Y	W	W	L	H	A	Q	R	Y	I	P	G	Q	P	E	L	A	L	N	D	L	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	R	S	I	N	I	A	P	S	A	N	A	Y	V	A	R	A	T	I	Y	R	Q	R	H	N	V
Query Conservation					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		V	K	Q	L	P	L	V	K	P	Y	L	R	S	V	Q	N	H	N	N	K	S	V	N	E	S	L	N	N	L	F	I	T	E	E	D	Y	Q	A	L	R	T	S	I	D	A	Y	D	N	F	D	N	I	S	L	A	Q	R	L	E	K	H	E	L	I	E	F	R	R	I	A	A	Y	L	F	K	G	N	N	R	W
Template Known Secondary structure		T	T		G	G	G	G	T	G	G	G	T	S				S																T	T								T	T	S	S				S		T	T								T		S	S													T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		1442	.	.	.	.	.	.	.	1450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1520	.
		629	630	.	.	.	.	.							.	.	.	.	640	.			.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.	.	.	.	.	670	.	.	.	.	.	.	.	.	.	680	.	.	.	.	.	.	.	.	.	690
Predicted Secondary structure									.	.	.	.	.	.							.	.																																																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence									.	.	.	.	.	.							.	.																																																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		P	A	A	V	S	D	L	.	.	.	.	.	.	R	A	A	L	E	L	.	.	E	P	N	N	S	N	T	Q	A	A	L	G	Y	A	L	W	D	S	G	D	I	A	Q	S	R	E	M	L	E	P	A	H	K	G	L	P	D	D	P	A	L	I	R	Q	L	A	Y	V	N	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation									.	.	.	.	.	.							.	.																																																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence									.	.	.	.	.	.							.	.																																					.	.												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																											.	.
Template Sequence		K	Q	S	V	E	L	C	K	K	D	S	L	Y	K	D	A	M	Q	Y	A	S	E	S	K	D	T	E	L	A	E	E	L	L	Q	W	F	L	Q	E	E	K	R	E	C	F	G	A	C	L	F	T	C	Y	D	L	L	R	.	.	P	D	V	V	L	E	T	A	W	R	H	N	I	M	D	F	A	M	P	Y	F
Template Known Secondary structure					S	S		S	S	T	T			T	T	G	G	G	T	T	T	T	T				T	T														S	T											S	S	S	S	S	.	.											T	T		T	T					S	S
Template Predicted Secondary structure																																																											.	.
Template SS confidence
		1522	.	.	.	.	.	.	.	1530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1570	.	.	.	.	.	.	.	.			.	1580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1590	.	.	.	.	.	.	.	.	.
			691	.	.	.	.	.	.	.	.	700	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.
Query SS confidence		.
Query Sequence		.	Q	R	L	D	D	M	P	A	T	Q	H	Y	A	R	L	V	I	D	D
Query Conservation		.
Alig confidence		.
Template Conservation
Template Sequence		I	Q	V	M	K	E	Y	L	T	K	V	D	K	L	D	A	S	E	S	L
Template Known Secondary structure		T	T	T	T	T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		1600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1610	.	.	.	.	.	.	.	.	.