Job Description P31600 Confidence 99.91% Date Wed Jan 25 15:20:48 GMT 2012 Rank 13 Aligned Residues 545 % Identity 10% Template c1xi4D_ PDB info PDB header:endocytosis/exocytosis Chain: D: PDB Molecule:clathrin heavy chain; PDBTitle: clathrin d6 coat Resolution 7.90 Å

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		56	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.				.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.
Predicted Secondary structure																									.	.	.
Query SS confidence																									.	.	.
Query Sequence		K	A	Q	K	N	N	D	E	A	T	A	I	R	E	F	E	Y	I	H	Q	Q	V	P	.	.	.	D	N	I	P	L	T	L	Y	L	A	E	A	Y	R	H	F	G	H	D	D	R	A	R	L	L	L	E	D	Q	L	K	R	H	P	G	D	A	R	L	E	R	S	L	A	A	I	P	V	E	V	K	S	V	T
Query Conservation																									.	.	.
Alig confidence																									.	.	.																	.																			.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																												.																			.	.	.	.	.	.
Template Sequence		A	F	M	T	A	D	L	P	N	E	L	I	E	L	L	E	K	I	V	L	D	N	S	V	F	S	E	H	R	N	L	Q	N	L	L	I	L	T	A	I	K	A	.	D	R	T	R	V	M	E	Y	I	N	R	L	D	N	Y	D	A	P	.	.	.	.	.	.	D	I	A	N	I	A	I	S	N	E	L	F	E
Template Known Secondary structure					T	T	T		T	T	S									T	T		S	S	S	S																		.														S	S				.	.	.	.	.	.										T
Template Predicted Secondary structure																																												.																			.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		994	.	.	.	.	.	1000	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1010	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1020	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1030	.	.	.	.	.		.	.	.	.	1040	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1050	.	.	.							.	.	.	.	.	.	1060	.	.	.	.	.	.
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Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		T	V	E	E	L	L	A	Q	Q	K	A	C	D	A	A	P	T	L	R	C	R	S	E	V	G	Q	N	A	L	R	L	A	Q	L	P	V	A	R	A	Q	L	N	D	A	T	F	A	A	S	P	E	G	K	T	L	R	T	D	L	L	Q	R	A	I	Y	L	K	Q	W	S	Q	A	D	T	L	Y	N	E	A	R
Query Conservation
Alig confidence										.	.	.	.	.	.	.	.	.																											.	.	.	.	.																																.
Template Conservation										.	.	.	.	.	.	.	.	.																											.	.	.	.	.																																.
Template Sequence		E	A	F	A	I	F	R	K	.	.	.	.	.	.	.	.	.	F	D	V	N	T	S	A	V	Q	V	L	I	E	H	I	G	N	L	D	R	A	Y	E	F	A	E	.	.	.	.	.	R	C	N	E	P	A	V	W	S	Q	L	A	K	A	Q	L	Q	K	G	M	V	K	E	A	I	D	S	Y	I	K	A	.
Template Known Secondary structure										.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	T												S													.	.	.	.	.	T		S		T															S	T	T	T							T	S	.
Template Predicted Secondary structure										.	.	.	.	.	.	.	.	.																											.	.	.	.	.																																.
Template SS confidence
		1067	.	.	1070	.	.	.	.										.	.	.	.	.	1080	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1090	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1100						.	.	.	.	.	.	.	.	.	1110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1130	.
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Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		Q	Q	N	T	L	S	A	A	E	R	R	Q	W	F	D	V	L	L	A	G	Q	L	D	D	R	I	L	A	L	Q	S	Q	G	I	F	T	D	P	Q	S	Y	I	T	Y	A	T	A	L	A	Y	R	G	E	K	A	R	L	Q	H	Y	L	I	E	N	K	P	L	F	T	T	D	A	Q	E	K	S	W	L	Y	L
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.																																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.																																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	D	D	P	S	S	Y	M	E	V	V	Q	A	A	N	T	S	G	N	W	E	E	L	V	K	Y	L	Q	M	A	R	K	K	A	R	E	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		.	.	.	.							T									T	T													T	T	T				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.																																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
						1132	.	.	.	.	.	.	.	1140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1160	.	.	.	.	.	.
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Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		L	S	K	Y	S	A	N	P	V	Q	A	L	A	N	Y	T	V	Q	F	A	D	N	R	Q	Y	V	V	G	A	T	L	P	V	L	L	K	E	G	Q	Y	D	A	A	Q	K	L	L	A	T	L	P	A	N	E	M	L	E	E	R	Y	A	V	S	V	A	T	R	N	K	A	E	A	L	R	L	A	R	L	L	Y
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																											.
Template Conservation		.	.	.	.	.																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																											.
Template Sequence		.	.	.	.	.	S	Y	V	E	T	E	L	I	F	A	L	A	K	T	N	R	L	A	E	L	E	E	F	I	N	G	P	N	N	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	A	H	I	Q	Q	V	G	D	R	C	Y	D	E	K	M	Y	D	A	A	K	L	L	Y	N	N	V	.
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	T	T											S	S	S											S				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S													T											T	T	.
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																											.
Template SS confidence
							1167	.	.	1170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1190	.	.	.	.	.																				.	.	.	.	1200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1220	.
		373	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		Q	Q	E	P	A	N	L	T	R	L	D	Q	L	T	W	Q	L	M	Q	N	E	Q	S	R	E	A	A	D	L	L	L	Q	R	Y	P	F	Q	G	D	A	R	V	S	Q	T	L	M	A	R	L	A	S	L	L	E	S	H	P	Y	L	A	T	P	A	K	V	A	I	L	S	K	P	L	P	L	A	E	Q	R	Q
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.																											.	.	.	.	.																														.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.																											.	.	.	.	.																														.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	S	N	F	G	R	L	A	S	T	L	V	H	L	G	E	Y	Q	A	A	V	D	G	A	R	K	A	.	.	.	.	.	N	S	T	R	T	W	K	E	V	C	F	A	C	V	D	G	K	E	F	R	L	A	Q	M	C	G	L	H	I	.	.	V	V	H	A	D	E	L	E	E	L	I
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	T												T	T												T	.	.	.	.	.	T	S	S		T											T	T								T		S			.	.										S	S
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.																											.	.	.	.	.																														.	.
Template SS confidence
									1222	.	.	.	.	.	.	.	1230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1240	.	.	.	.	.	.	.						.	.	1250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1270	.	.	.	.	.	.			.	.	.	1280	.	.	.	.	.	.	.
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Predicted Secondary structure																																									.	.																									.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																									.	.																									.	.	.	.	.	.
Query Sequence		W	Q	S	Q	L	P	G	I	A	D	N	C	P	A	I	V	R	L	L	G	D	M	S	P	S	Y	D	A	A	A	W	N	R	L	A	K	C	Y	R	.	.	D	T	L	P	G	V	A	L	Y	A	W	L	Q	A	E	Q	R	Q	P	S	A	W	Q	H	.	.	.	.	.	.	R	A	V	A	Y	Q	A	Y	Q
Query Conservation																																									.	.																									.	.	.	.	.	.
Alig confidence																																									.	.																									.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		N	Y	Y	Q	D	R	G	Y	F	E	E	L	I	T	M	L	E	A	A	L	G	L	E	R	A	H	M	G	M	F	T	E	L	A	I	L	Y	S	K	F	K	P	Q	K	M	R	E	H	L	E	L	F	W	S	R	V	N	I	P	K	V	L	R	A	A	E	Q	A	H	L	W	A	E	L	V	F	L	Y	D	K
Template Known Secondary structure		S					T	T										T	T	T	T	T	S	S	S																		G	G	G					T	T	S	S	G	G	G	S		S											T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		1288	.	1290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1360	.	.	.	.	.	.	.
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Predicted Secondary structure																																																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		V	E	D	Y	A	T	A	L	A	A	W	Q	K	I	S	L	H	D	M	S	N	E	D	L	L	A	A	A	N	T	A	Q	A	A	G	N	G	A	A	R	D	R	W	L	Q	Q	A	E	K	R	G	L	G	S	N	A	L	Y	W	W	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	L	H	A	Q	R	Y	I	P	G	Q
Query Conservation																																																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																								.	.	.																																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																								.	.	.
Template Sequence		Y	E	E	Y	D	N	A	I	I	T	M	M	N	H	P	T	D	A	W	K	E	G	.	.	.	Q	F	K	D	I	I	T	K	V	A	N	V	E	L	Y	Y	R	A	I	Q	F	Y	L	E	F	K	P	L	L	L	N	D	L	L	M	V	L	S	P	R	L	D	H	T	R	A	V	N	Y	F	S	K	V	K	Q
Template Known Secondary structure		T	T												S							T	T	.	.	.										S	S	T													T		S	T	T								T	S	S	S													T	S
Template Predicted Secondary structure																								.	.	.
Template SS confidence
		1368	.	1370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1380	.	.	.	.	.	.	.	.	.				1390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1440	.	.	.	.
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Predicted Secondary structure																																																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		P	E	L	A	L	N	D	L	T	R	S	I	N	I	A	P	S	A	N	A	Y	V	A	R	A	T	I	Y	R	Q	R	H	N	V	P	A	A	V	S	D	L	R	A	A	L	E	L	E	P	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	N	N	S	N	T	Q	A	A	L	G	Y	A	L	W	D	S	G	D	I	A	Q
Query Conservation																																																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																						.																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																						.
Template Sequence		L	P	L	V	K	P	Y	L	R	S	V	Q	N	H	N	N	K	S	V	N	.	E	S	L	N	N	L	F	I	T	E	E	D	Y	Q	A	L	R	T	S	I	D	A	Y	D	N	F	D	N	I	S	L	A	Q	R	L	E	K	H	E	L	I	E	F	R	R	I	A	A	Y	L	F	K	G	N	N	R	W	K	Q
Template Known Secondary structure		T	T	T	S								G	G	G							.										T	T															S											T		S	S												T	T	S	S
Template Predicted Secondary structure																						.
Template SS confidence
		1445	.	.	.	.	1450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1460	.	.	.	.		.	.	.	.	.	1470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1520	.	.	.
		665	.	.							.	.	670	.	.	.	.	.	.			.	.	.	680	.	.	.	.	.	.	.	.	.	690	.	.	.	.	.	.	.	.	.	700	.	.	.	.	.	.	.	.	.	710
Predicted Secondary structure					.	.	.	.	.	.										.	.
Query SS confidence					.	.	.	.	.	.										.	.
Query Sequence		S	R	E	.	.	.	.	.	.	M	L	E	P	A	H	K	G	L	.	.	P	D	D	P	A	L	I	R	Q	L	A	Y	V	N	Q	R	L	D	D	M	P	A	T	Q	H	Y	A	R	L	V	I	D	D	I
Query Conservation					.	.	.	.	.	.										.	.
Alig confidence					.	.	.	.	.	.										.	.
Template Conservation
Template Sequence		S	V	E	L	C	K	K	D	S	L	Y	K	D	A	M	Q	Y	A	S	E	S	K	D	T	E	L	A	E	E	L	L	Q	W	F	L	Q	E	E	K	R	E	C	F	G	A	C	L	F	T	C	Y	D	L	L
Template Known Secondary structure									T														S															T	T													S			S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		1524	.	.	.	.	.	1530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1570	.	.	.	.	.	.	.