Job Description P16256 Confidence 98.79% Date Thu Jan 5 11:35:02 GMT 2012 Rank 7 Aligned Residues 400 % Identity 14% Template c3hfxA_ PDB info PDB header:transport protein Chain: A: PDB Molecule:l-carnitine/gamma-butyrobetaine antiporter; PDBTitle: crystal structure of carnitine transporter Resolution 3.15 Å

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		2	.	.	.	.	.	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		Q	L	E	V	I	L	P	L	V	A	Y	L	V	V	V	F	G	I	S	V	Y	A	M	R	K	R	S	T	G	T	F	L	N	E	Y	F	L	G	S	R	S	M	G	G	I	V	L	A	M	T	L	T	A	T	Y	I	S	A	S	S	F	I	G	G	P	G	A	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation																																																																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																																					.	.	.	.	.	.	.																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																					.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		G	W	A	F	E	W	Y	M	V	V	M	L	F	G	W	F	W	L	V	F	G	P	Y	A	K	K	R	L	G	N	E	P	P	E	F	.	.	.	.	.	.	.	S	T	A	S	W	I	F	M	M	F	A	S	C	T	S	A	A	V	L	F	W	G	S	I	E	I	Y	Y	Y	I	S	T	P	P	F	G	L	E
Template Known Secondary structure																						S	S	S	T	T	S		S	S	S	S			S	S	.	.	.	.	.	.	.											T					S																S		S	T	T
Template Predicted Secondary structure																																					.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		52	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.								.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.
							69	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.					.	.					.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.																																																.	.	.	.			.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.																																																.	.	.	.			.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	A	Y	K	Y	G	L	G	W	V	L	L	A	M	I	Q	L	P	A	V	W	L	S	L	G	I	L	G	K	K	F	A	I	L	A	R	R	Y	N	A	V	T	L	N	D	M	L	F	.	.	.	.	A	R	.	.	.	.	Y	Q	S	R	L	L	V	W	L	A	S	L	S	L	L	V	A	F
Query Conservation		.	.	.	.	.																																																.	.	.	.			.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.																																																.	.	.	.			.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		P	N	S	T	G	A	K	E	L	G	L	A	Y	S	L	F	H	W	G	P	L	P	W	A	T	Y	S	F	L	S	V	A	F	A	Y	F	F	F	V	R	K	M	E	V	I	R	P	S	S	T	L	V	P	L	V	G	E	K	H	A	K	G	L	F	G	T	I	V	D	N	F	Y	L	V	A	L	I	F	A	M
Template Known Secondary structure		T	T																T	S																				T	S						S	S	G	G	G	G		T	T	T		S	S		T	T	S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		125	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.
		136	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.			.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.							.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																								.	.																			.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																								.	.																			.	.	.	.	.	.
Query Sequence		V	G	A	M	T	V	Q	F	I	G	G	A	R	L	L	E	T	A	A	G	I	P	.	.	Y	E	T	G	L	L	I	F	G	I	S	I	A	L	Y	T	A	F	.	.	.	.	.	.	G	G	F	R	A	S	V	L	N	D	T	M	Q	G	L	V	M	L	I	G	T	V	V	L	L	I	G	V	V	H	A	A
Query Conservation																								.	.																			.	.	.	.	.	.
Alig confidence																								.	.																			.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		G	T	S	L	G	L	A	T	P	L	V	T	E	C	M	Q	W	L	F	G	I	P	H	T	L	Q	L	D	A	I	I	I	T	C	W	I	I	L	N	A	I	C	V	A	C	G	L	Q	K	G	V	R	I	A	S	D	V	R	S	Y	L	S	F	L	M	L	G	W	V	F	I	V	S	G	A	S	F	I	M	N
Template Known Secondary structure																	T	T	S	T	T				T																				S	S				T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		205	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.
		208	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250		.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																													.
Query SS confidence																																													.
Query Sequence		G	G	L	S	N	A	V	Q	T	L	Q	T	I	D	P	Q	L	V	T	P	Q	G	A	D	D	I	L	S	P	A	F	M	T	S	F	W	V	L	V	C	F	G	V	.	I	G	L	P	H	T	A	V	R	C	I	S	Y	K	D	S	K	A	V	H	R	G	I	I	I	G	T	I	V	V	A	I	L	M	F	G
Query Conservation																																													.
Alig confidence																																													.
Template Conservation
Template Sequence		Y	F	T	D	S	V	G	M	L	L	M	Y	L	P	R	M	L	F	Y	T	D	P	I	A	K	G	G	F	P	Q	G	W	T	V	F	Y	W	A	W	W	V	I	Y	A	I	Q	M	S	I	F	L	A	R	I	S	R	G	R	T	V	R	E	L	C	F	G	M	V	L	G	L	T	A	S	T	W	I	L	W	T
Template Known Secondary structure																			T					S	S								T											T											T		S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		285	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.
		287	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.									.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.		.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																		.	.	.	.	.	.	.	.														.
Query SS confidence																		.	.	.	.	.	.	.	.														.
Query Sequence		M	H	L	A	G	A	L	G	R	A	V	I	P	D	L	T	.	.	.	.	.	.	.	.	V	P	D	L	V	I	P	T	L	M	V	K	V	.	L	P	P	F	A	A	G	I	F	L	A	A	P	M	A	A	I	M	S	T	I	N	A	Q	L	L	Q	S	S	A	T	I	I	K	D	L	Y	L	N	I	R	P
Query Conservation																		.	.	.	.	.	.	.	.														.
Alig confidence																		.	.	.	.	.	.	.	.														.																																.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																																							.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		V	L	G	S	N	T	L	L	L	I	D	K	N	I	I	N	I	P	N	L	I	E	Q	Y	G	V	A	R	A	I	I	E	T	W	A	A	L	P	L	S	T	A	T	M	W	G	F	F	I	L	C	F	I	A	T	V	T	L	V	N	A	C	S	Y	T	L	A	M	S	.	.	.	.	.	.	.	.	T	C	R
Template Known Secondary structure													T	T	S								G	G	G												T	S	S	S	T	T																												T	.	.	.	.	.	.	.	.	T	S
Template Predicted Secondary structure																																																																							.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		365	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.									.	.	.
		358	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		D	Q	M	Q	N	E	T	R	L	K	R	M	S	A	V	I	T	L	V	L	G	A	L	L	L	L	A	A	W	K	P	P	E	M	I	I	W	L	N	L	L	A	F	G	G	L	E	A	V	F	L	W	P	L	V	L	G	L	Y
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		E	V	R	D	G	E	E	P	P	L	L	V	R	I	G	W	S	I	L	V	G	I	I	G	I	V	L	L	A	L	G	G	L	K	P	I	Q	T	A	I	I	A	G	G	C	P	L	F	F	V	N	I	M	V	T	L	S	F	I
Template Known Secondary structure		S	S	S	S	S		S	S		S	T	T																				S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		437	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.