Job Description P76257 Confidence 99.85% Date Thu Jan 5 12:21:18 GMT 2012 Rank 13 Aligned Residues 413 % Identity 19% Template c3tmiA_ PDB info PDB header:hydrolase/rna Chain: A: PDB Molecule:atp-dependent rna helicase ddx58; PDBTitle: structural basis for rna recognition and activation of rig-i Resolution 2.90 Å

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		16	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.									.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		P	G	F	K	P	R	E	P	Q	R	Q	M	A	V	A	V	T	Q	A	I	E	K	G	Q	P	L	V	V	E	A	G	T	G	T	G	K	T	Y	A	Y	L	A	P	A	L	R	A	.	.	.	.	.	.	.	.	K	K	K	V	I	I	S	T	G	S	K	A	L	Q	D	Q	L	Y	S	R	D	L	P	T	V
Query Conservation																																																	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence			.																	.	.	.	.																										.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation			.																	.	.	.	.
Template Sequence		P	.	F	K	P	R	N	Y	Q	L	E	L	A	L	P	A	M	K	.	.	.	.	G	K	N	T	I	I	C	A	P	T	G	C	G	K	T	F	V	S	L	L	I	C	E	H	H	L	K	K	F	P	Q	G	Q	K	G	K	V	V	F	F	A	N	Q	I	P	V	Y	E	Q	Q	K	S	V	F	S	K	Y	F
Template Known Secondary structure			.										T	T					T	.	.	.	.	T									T	T	S																T	S		T	T										S	S
Template Predicted Secondary structure			.																	.	.	.	.
Template SS confidence
		240		.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.					.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.
		88	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		S	K	A	L	K	Y	T	G	N	V	A	L	L	K	G	R	S	N	Y	L	C	L	E	R	L	E	Q	Q	A	L	A	G	G	D	L	P	V	Q	I	L	S	D	V	I	L	L	R	S	W	S	N	Q	T	V	D	G	D	I	S	T	C	V	S	V	A	E	D	S	Q	A	W	P	L	V	T	S	T	N	D	N
Query Conservation
Alig confidence				.	.	.															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation				.	.	.															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		E	R	.	.	.	H	G	Y	R	V	T	G	I	S	G	A	T	A	E	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		T	T	.	.	.	T	T								T	T	T		S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure				.	.	.															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		315	.				.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330
		168	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																																																	.
Query SS confidence																																																																																	.
Query Sequence		C	L	G	S	D	C	P	M	Y	K	D	C	F	V	V	K	A	R	K	K	A	M	D	A	D	V	V	V	V	N	H	H	L	F	L	A	D	M	V	V	K	E	S	G	F	G	E	L	I	P	E	A	D	V	M	I	F	D	E	A	H	Q	L	P	D	I	A	S	Q	Y	F	G	Q	S	L	S	S	R	Q	.
Query Conservation																																																																																	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																			.	.	.																														.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																			.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	N	V	P	V	E	Q	I	V	E	N	N	D	I	I	I	L	T	P	Q	I	L	V	N	N	L	K	K	G	T	I	P	S	L	S	.	.	.	I	F	T	L	M	I	F	D	E	C	H	N	T	S	K	Q	H	P	Y	N	M	I	M	F	N	Y	L	D	Q	K
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	S								T		S															T	T	S	S			G	G	.	.	.	G		S						T	G	G	G	S	S	S	S	S													T
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																			.	.	.
Template SS confidence
															331	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.				.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.
																											247	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.																															.	.	.	.	.	.	.	.	270	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	L	L	D	L	A	K	D	I	T	I	A	Y	R	T	E	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	L	K	D	T	Q	Q	L	Q	K	C
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		L	G	G	S	S	G	P	L	P	Q	V	I	G	L	T	A	S	V	G	V	G	D	A	K	N	T	D	E	A	L	D	Y	I	C	K	L	C	A	S	L	D	A	S	V	I	A	T	V	K	H	N	L	E	E	L	E	Q	V	V	Y	K	P	Q	K	F	F	R	K	V	E	S	R	I	S	D	K	F	K	Y	I
Template Known Secondary structure		T	S	S			S										S					T	T		S	S															T	T		S							S							T	T	S														S			T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		395	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.
		272	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		A	D	R	L	A	Q	S	A	Q	D	F	R	L	Q	L	G	E	P	G	Y	R	G	N	L	R	E	L	L	A	N	P	Q	I	Q	R	A	F	L	L	L	D	D	T	L	E	L	C	Y	D	V	A	K	L	S	L	G	R	S	A	L	L	D	A	A	F	E	R	A	T	L	Y	R	T	R	L	K	R	L	K	E
Query Conservation
Alig confidence																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		I	A	Q	L	M	R	D	T	E	S	L	A	K	R	I	C	K	D	L	E	N	F	G	T	Q	K	Y	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	E	Q	W	I	V	T	V	Q	K	A	C	M	V	D	K	D	E	E	S	R	I	C	K	A	L	F	L	Y	T	S	H	L	R	K	Y	N	D	A	L	I	I
Template Known Secondary structure																		S							S				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.										G	G	G				S	S		T
Template Predicted Secondary structure																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		475	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.													.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.
		352	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		I	N	Q	P	G	Y	S	Y	W	Y	E	C	T	S	R	H	F	T	L	A	L	T	P	L	S	V	A	D	K	F	K	E	L	M	A	Q	K	P	G	S	W	I	F	T	S	A	T	L	S	V	N	D	D	L	H	H	F	T	S	R	L	G	I	E	Q	A	E	S	L	L	L	P	S	P	F	D	Y	S	R	Q
Query Conservation
Alig confidence									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		S	E	H	A	R	M	K	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	D	A	L	D	Y	L	K	D	F	F	S	N	V	R	A	A	G	F	D	E	I	E	Q	D	L	T	Q	R	F	E	E	K	L	Q	E	L	E	S	V	S	R	D	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure					S				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.														T	T	T											T	T	S	S	S							S	S	S	S		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		555	.	.	.	.	560	.																		.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.
		432	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.		.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.																.	.
Predicted Secondary structure																																				.																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																				.																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		A	L	L	C	V	L	R	N	L	P	Q	T	N	Q	P	G	S	A	R	Q	L	A	A	M	L	R	P	I	I	E	A	N	N	G	.	R	C	F	M	L	C	T	S	H	A	M	M	R	D	L	A	E	Q	F	R	A	T	M	T	L	P	V	L	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	L	Q
Query Conservation																																				.																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																									.																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	P	S	N	E	N	P	K	L	E	D	L	C	F	I	L	Q	E	E	Y	H	L	N	P	E	T	I	T	I	L	F	V	K	T	R	A	L	V	D	A	L	K	N	W	I	E	G	N	P	K	L	S	F	L	K	P	G	I	L	T	G	R	G	K	T	N	Q	N	T	G	M
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	S				T	T																T	T								S														S	S	T	T			S									S				S	S	S
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
												604	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.	.	.	.	.	670	.	.	.
		496	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		G	E	T	S	K	G	Q	L	L	Q	Q	F	V	S	A	G	N	A	L	L	V	A	T	S	S	F	W	E	G	V	D	V	R	G	D	T	L	S	L	V	I	I	D	K	L	P	F	T	S	P	D	D	P	L	L	K	A	R	M	E	D	C	R	L	R	G	G	D	P	F	D	E	V	Q	L	P	D	A	V	I
Query Conservation
Alig confidence																	.																			.	.												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																	.																			.	.												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		T	L	P	A	Q	K	C	I	L	D	A	F	K	A	D	.	H	N	I	L	I	A	T	S	V	A	D	E	G	I	D	I	A	Q	.	.	C	N	L	V	I	L	Y	E	Y	V	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	N	V	I
Template Known Secondary structure												T	S				.		S										S							.	.		S						S				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																	.																			.	.												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		674	.	.	.	.	.	680	.	.	.	.	.	.	.	.		.	690	.	.	.	.	.	.	.	.	.	700	.	.	.	.	.	.			.	.	.	710	.	.	.	.	.	.	.																															.	.	720
		576	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		T	L	K	Q	G	V	G	R	L	I	R	D	A	D	D	R	G	V	L	V	I	C	D	N	R
Query Conservation
Alig confidence											.
Template Conservation											.
Template Sequence		K	M	I	Q	T	R	G	R	G	.	R	A	R	G	S	K	C	F	L	L	T	S	N	A	G
Template Known Secondary structure							T	T	S	S	.		S	S									S	S	S
Template Predicted Secondary structure											.
Template SS confidence
		723	.	.	.	.	.	.	730	.		.	.	.	.	.	.	.	.	740	.	.	.	.	.	.