Job Description P76257 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 12:21:18 GMT 2012 Rank 2 Aligned Residues 440 % Identity 22% Template c2vl7A_ PDB info PDB header:unknown function Chain: A: PDB Molecule:xpd; PDBTitle: structure of s. tokodaii xpd4 Resolution 2.25 Å

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		21	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		R	E	P	Q	R	Q	M	A	V	A	V	T	Q	A	I	E	K	G	Q	P	L	V	V	E	A	G	T	G	T	G	K	T	Y	A	Y	L	A	P	A	L	R	A	K	K	K	V	I	I	S	T	G	S	K	A	L	Q	D	Q	L	Y	S	R	D	L	P	T	V	S	K	A	L	K	Y	T	G	N	V	A	L	L
Query Conservation
Alig confidence																																																																.	.	.	.	.												.	.
Template Conservation																																																																.	.	.	.	.												.	.
Template Sequence		R	Q	W	Q	A	E	K	L	G	E	A	I	N	A	L	K	H	G	K	T	L	L	L	N	A	K	P	G	L	G	K	T	V	F	V	E	V	L	G	M	Q	L	K	K	K	V	L	I	F	T	R	T	H	S	Q	L	D	S	I	Y	K	N	.	.	.	.	.	A	K	L	L	G	L	K	T	G	F	L	.	.
Template Known Secondary structure																		T	T									T	T	S														T								S												.	.	.	.	.		G	G	G	T							.	.
Template Predicted Secondary structure																																																																.	.	.	.	.												.	.
Template SS confidence
		9	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70						.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.
		101	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		K	G	R	S	N	Y	L	C	L	E	R	L	E	Q	Q	A	L	A	G	G	D	L	P	V	Q	I	L	S	D	V	I	L	L	R	S	W	S	N	Q	T	V	D	G	D	I	S	T	C	V	S	V	A	E	D	S	Q	A	W	P	L	V	T	S	T	N	D	N	C	L	G	S	D	C	P	M	Y	K	D	C	F
Query Conservation
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		181	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.				.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																	.	.	.
Query SS confidence																																	.	.	.
Query Sequence		V	V	K	A	R	K	K	A	M	D	A	D	V	V	V	V	N	H	H	L	F	L	A	D	M	V	V	K	E	S	G	.	.	.	F	G	E	L	I	P	E	A	D	V	M	I	F	D	E	A	H	Q	L	P	D	I	A	S	Q	Y	F	G	Q	S	L	S	S	R	Q	L	L	D	L	A	K	D	I	T	I	A
Query Conservation																																	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.																												.	.	.																						.
Template Conservation		.	.	.	.																																																				.
Template Sequence		.	.	.	.	R	A	N	L	K	D	K	D	V	I	A	M	T	Y	P	Y	L	F	Q	K	P	I	R	N	S	V	F	C	N	K	D	D	C	L	K	L	E	D	Y	L	I	V	I	D	E	A	H	N	L	L	E	.	A	D	K	W	F	T	R	K	I	S	R	K	M	L	E	R	A	L	K	E	I	E	I	V
Template Known Secondary structure		.	.	.	.		T	T	G	G	G		S						T					S								S		S	S	T	T	S			G	G	G						T	T	G	G	G	G	G	G	.	G	G	G	G	G
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.																																																				.
Template SS confidence
						139	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.		190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.
		258	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		Y	R	T	E	L	K	D	T	Q	Q	L	Q	K	C	A	D	R	L	A	Q	S	A	Q	D	F	R	L	Q	L	G	E	P	G	Y	R	G	N	L	R	E	L	L	A	N	P	Q	I	Q	R	A	F	L	L	L	D	D	T	L	E	L	C	Y	D	V	A	K	L	S	L	G	R	S	A	L	L	D	A	A	F	E
Query Conservation
Alig confidence																								.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																								.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		E	R	L	N	R	I	D	A	K	K	V	K	D	Y	I	N	L	L	I	D	Y	M	.	.	.	.	.	.	.	S	K	L	I	K	D	G	R	C	H	E	L	S	L	M	P	L	P	D	R	E	T	N	G	E	L	I	V	V	T	R	A	Y	L	N	I	D	E	G	P	V	K	K	S	S	L	K	S	L	L	K
Template Known Secondary structure				T	T																			.	.	.	.	.	.	.		T	S			S	S	S					S																						T	T			S	S	S
Template Predicted Secondary structure																								.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		214	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.								.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.
		338	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		R	A	T	L	Y	R	T	R	L	K	R	L	K	E	I	N	Q	P	G	Y	S	Y	W	Y	E	C	T	S	R	H	F	T	L	A	L	T	P	L	S	V	A	D	K	F	K	E	L	M	A	Q	K	P	G	S	W	I	F	T	S	A	T	L	S	V	N	D	D	L	H	H	F	T	S	R	L	G	I	E	Q	A
Query Conservation
Alig confidence						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																									.																	.	.	.
Template Conservation						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																									.																	.	.	.
Template Sequence		F	V	E	M	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	K	G	D	L	Y	N	C	N	G	S	L	V	K	V	P	S	D	V	N	Q	L	I	E	D	.	A	L	N	V	K	T	F	K	V	L	M	S	G	T	L	P	.	.	.	E	S	L	T	L	T	N	S	Y	K	I	V	V	N
Template Known Secondary structure					S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.								T	T							S									.		T			S	S							S	S			.	.	.	T	T				T	T
Template Predicted Secondary structure						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																									.																	.	.	.
Template SS confidence
		287	.	.	290																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.		.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330				.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.
		418	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		E	S	L	L	L	P	S	P	F	D	Y	S	R	Q	A	L	L	C	V	L	R	N	L	P	Q	T	N	Q	P	G	S	A	R	Q	L	A	A	M	L	R	P	I	I	E	A	N	N	G	R	C	F	M	L	C	T	S	H	A	M	M	R	D	L	A	E	Q	F	R	A	T	M	T	L	P	V	L	L	Q	G	E
Query Conservation
Alig confidence														.	.	.	.	.	.	.	.																																																	.	.	.
Template Conservation														.	.	.	.	.	.	.	.																																																	.	.	.
Template Sequence		E	S	G	R	G	E	Y	Y	Y	C	P	N	.	.	.	.	.	.	.	.	V	T	S	E	L	R	K	R	N	S	N	I	P	I	Y	S	I	L	L	K	R	I	Y	E	N	S	S	K	S	V	L	V	F	F	P	S	Y	E	M	L	E	S	V	R	I	H	L	S	.	.	.	G	I	P	V	I	E	E	N	K
Template Known Secondary structure												T	T	.	.	.	.	.	.	.	.					G	G	G																		T		S	S							S										T	T		T	.	.	.	T	S					S	T	T
Template Predicted Secondary structure														.	.	.	.	.	.	.	.																																																	.	.	.
Template SS confidence
		345	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.									.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.				.	.	.	.	.	410	.	.	.
		498	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		T	S	K	G	Q	L	L	Q	Q	F	V	S	A	G	N	A	L	L	V	A	T	S	S	F	W	E	G	V	D	V	R	G	D	T	L	S	L	V	I	I	D	K	L	P	F	T	S	P	D	D	P	L	L	K	A	R	M	E	D	C	R	L	R	G	G	D	P	F	D	E	V	Q	L	P	D	A	V	I	T	L
Query Conservation
Alig confidence																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		K	T	R	H	E	E	V	L	E	L	M	K	T	G	K	Y	L	V	M	L	V	M	L	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	F	E	S	L	V	L	A	G	L	P	Y	P	N	V	S	D	D	M	V	R	K	R	I	E	R	L	S	K	L	T	G	K	D	E	D	S	I	I	H	D	L	T	A	I	V	I
Template Known Secondary structure		T												T	S										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.								S						T	T	S															T
Template Predicted Secondary structure																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		415	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.												.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.
		578	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		K	Q	G	V	G	R	L	I	R	D	A	D	D	R	G	V	L	V	I	C	D	N	R	L	V	M
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		K	Q	T	I	G	R	A	F	R	D	P	N	D	Y	V	K	I	Y	L	C	D	S	R	Y	R	E
Template Known Secondary structure											S	T	T									S	G	G	G	G	G
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		499	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.