Job Description P76257 Confidence 99.80% Date Thu Jan 5 12:21:18 GMT 2012 Rank 19 Aligned Residues 332 % Identity 25% Template c2p6uA_ PDB info PDB header:dna binding protein Chain: A: PDB Molecule:afuhel308 helicase; PDBTitle: apo structure of the hel308 superfamily 2 helicase Resolution 3.14 Å

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Show / Hide Conservation and Alignment quality

		19	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.				.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																														.	.	.
Query SS confidence																																														.	.	.
Query Sequence		K	P	R	E	P	Q	R	Q	M	A	V	A	V	T	Q	A	I	E	K	G	Q	P	L	V	V	E	A	G	T	G	T	G	K	T	Y	A	Y	L	A	P	A	L	R	A	.	.	.	K	K	K	V	I	I	S	T	G	S	K	A	L	Q	D	Q	L	Y	S	R	D	L	P	T	V	S	K	A	L	K	Y	T	G
Query Conservation																																														.	.	.
Alig confidence										.	.	.	.																																	.	.	.																					.	.	.	.
Template Conservation										.	.	.	.																																																								.	.	.	.
Template Sequence		I	L	F	P	P	Q	A	E	.	.	.	.	A	V	E	K	V	F	S	G	K	N	L	L	L	A	M	P	T	A	A	G	K	T	L	L	A	E	M	A	M	V	R	E	A	I	K	G	G	K	S	L	Y	V	V	P	L	R	A	L	A	G	E	K	Y	E	S	.	.	.	.	F	K	K	W	E	K	I	G	L
Template Known Secondary structure						S	S	T		.	.	.	.						T	T		S							S	S																			T								S	S											.	.	.	.		G	G	G	G	T	T	T
Template Predicted Secondary structure										.	.	.	.																																																								.	.	.	.
Template SS confidence
		17	.	.	20	.	.	.	.					.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.					80	.	.	.	.	.	.	.	.
		96	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		N	V	A	L	L	K	G	R	S	N	Y	L	C	L	E	R	L	E	Q	Q	A	L	A	G	G	D	L	P	V	Q	I	L	S	D	V	I	L	L	R	S	W	S	N	Q	T	V	D	G	D	I	S	T	C	V	S	V	A	E	D	S	Q	A	W	P	L	V	T	S	T	N	D	N	C	L	G	S	D	C	P	M
Query Conservation
Alig confidence										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		R	I	G	I	S	T	G	D	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure								S		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		97	.	.	100	.	.	.	.
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Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		Y	K	D	C	F	V	V	K	A	R	K	K	A	M	D	A	D	V	V	V	V	N	H	H	L	F	L	A	D	M	V	V	K	E	S	G	F	G	E	L	I	P	E	A	D	V	M	I	F	D	E	A	H	Q	L	P	D	I	A	S	Q	Y	F	G	Q	S	L	S	S	R	Q	L	L	D	L	A	K	D	I	T
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.																														.	.	.	.																									.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.																														.	.	.	.																									.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	Y	E	S	R	D	E	H	L	G	D	C	D	I	I	V	T	T	S	E	K	A	D	S	L	I	R	N	R	A	.	.	.	.	S	W	I	K	A	V	S	C	L	V	V	D	E	I	H	L	L	D	S	E	K	R	G	A	.	.	.	.	.	.	.	.	T	L	E	I	L	V	T	K	M	R
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.		S				T	T	G	G	G		S															T	T		.	.	.	.	S	S	G	G	G							T	T	G	G	G	G	G		T	T	T			.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.																														.	.	.	.																									.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
							105	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.					.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.									.	.	160	.	.	.	.	.	.	.
		256	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		I	A	Y	R	T	E	L	K	D	T	Q	Q	L	Q	K	C	A	D	R	L	A	Q	S	A	Q	D	F	R	L	Q	L	G	E	P	G	Y	R	G	N	L	R	E	L	L	A	N	P	Q	I	Q	R	A	F	L	L	L	D	D	T	L	E	L	C	Y	D	V	A	K	L	S	L	G	R	S	A	L	L	D	A	A
Query Conservation
Alig confidence			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		R	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		168
		336	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		F	E	R	A	T	L	Y	R	T	R	L	K	R	L	K	E	I	N	Q	P	G	Y	S	Y	W	Y	E	C	T	S	R	H	F	T	L	A	L	T	P	L	S	V	A	D	K	F	K	E	L	M	A	Q	K	P	G	S	W	I	F	T	S	A	T	L	S	V	N	D	D	L	H	H	F	T	S	R	L	G	I	E
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	M	N	K	A	L	R	V	I	G	L	S	A	T	A	P	.	.	.	N	V	T	E	I	A	E	W	L	D	A	D
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.			T	T											T	.	.	.	T									T
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																.	.	.
Template SS confidence
																																																				169	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.				.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.
		416	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.				.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.
Predicted Secondary structure																			.	.	.																																																												.
Query SS confidence																			.	.	.																																																												.
Query Sequence		Q	A	E	S	L	L	L	P	S	P	F	D	Y	S	R	Q	A	.	.	.	L	L	C	V	L	R	N	L	P	Q	T	N	Q	P	G	S	A	R	Q	L	A	A	M	L	R	P	I	I	E	A	N	N	G	R	C	F	M	L	C	T	S	H	A	M	M	R	D	L	A	E	Q	F	R	A	T	M	T	L	P	.
Query Conservation																			.	.	.																																																												.
Alig confidence																			.	.	.																											.	.	.	.	.																													.
Template Conservation																																																.	.	.	.	.
Template Sequence		Y	Y	V	S	D	W	R	P	V	P	L	V	E	G	V	L	C	E	G	T	L	E	L	F	D	G	A	F	S	T	S	R	R	V	K	F	E	E	L	V	E	E	C	V	A	E	.	.	.	.	.	N	G	G	V	L	V	F	E	S	T	R	R	G	A	E	K	T	A	V	K	L	S	A	I	T	A	K	Y	V
Template Known Secondary structure									S	S									T	T							T	T						B														.	.	.	.	.	T	S							S	S																	T	T
Template Predicted Secondary structure																																																.	.	.	.	.
Template SS confidence
		196	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.						.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270
																														492	.	.	.	.	.	.					.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.								.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.								.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	V	L	L	Q	G	E	T	.	.	.	.	S	K	G	Q	L	L	Q	Q	F	V	S	A	G	N	A	L	L	V	A	T	S	S	F	W	E	G	V	D	V	R	G	D	T	L	S	L	V	I	I	D	K
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.								.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.								.	.	.	.																								.	.	.					.	.	.
Template Conservation																																																																.	.	.					.	.	.
Template Sequence		E	N	E	G	L	E	K	A	I	L	E	E	N	E	G	E	M	S	R	K	L	A	E	C	V	R	K	G	A	A	F	H	H	A	G	L	L	N	G	Q	R	R	V	V	E	D	A	F	R	R	G	N	I	K	V	V	V	A	T	P	T	L	.	.	.	V	N	L	P	.	.	.	A	R	R	V	I	V	R	S
Template Known Secondary structure												T	T			S												T	S						T	T	S															T	S								T	T		.	.	.					.	.	.		S
Template Predicted Secondary structure																																																																.	.	.					.	.	.
Template SS confidence
		271	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.				.	.	.	.				.	.	.	340	.	.	.	.
		540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.		.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																		.
Query SS confidence																																																		.
Query Sequence		L	P	F	T	S	P	D	D	P	L	L	K	A	R	M	E	D	C	R	L	R	G	G	D	P	F	D	E	V	Q	L	P	D	A	V	I	T	L	K	Q	G	V	G	R	L	I	R	D	.	A	D	D	R	G	V	L	V	I	C	D	N	R	L	V	M	R	P	Y	G	A	T	F	L	A	S	L	P	P
Query Conservation																																																		.
Alig confidence											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.														.
Template Conservation											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		L	Y	R	F	K	R	I	K	V	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	E	Y	K	Q	M	A	G	R	A	G	R	P	G	M	D	E	R	G	E	A	I	I	I	V	G	K	R	D	R	E	I	A	V	K	R	Y	I	F	G	E	P	E
Template Known Secondary structure		S	S								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.								T	T				T	T	T		S	S									S	S		T						T	T	T	S
Template Predicted Secondary structure											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		348	.	350	.	.	.	.	.	.																											.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.