Job Description P76257 Confidence 98.06% Date Thu Jan 5 12:21:18 GMT 2012 Rank 122 Aligned Residues 395 % Identity 18% Template c2ipcB_ PDB info PDB header:transport protein Chain: B: PDB Molecule:preprotein translocase seca subunit; PDBTitle: crystal structure of the translocation atpase seca from thermus2 thermophilus reveals a parallel, head-to-head dimer Resolution 2.80 Å

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		21	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60				.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																										.	.	.
Query SS confidence																																										.	.	.
Query Sequence		R	E	P	Q	R	Q	M	A	V	A	V	T	Q	A	I	E	K	G	Q	P	L	V	V	E	A	G	T	G	T	G	K	T	Y	A	Y	L	A	P	A	L	.	.	.	R	A	K	K	K	V	I	I	S	T	G	S	K	A	L	Q	D	Q	L	Y	S	R	D	L	P	T	V	S	K	A	L	K	Y	T	G	N	V
Query Conservation																																										.	.	.
Alig confidence													.	.							.	.																				.	.	.																					.
Template Conservation													.	.							.	.																																											.
Template Sequence		R	H	F	D	V	Q	L	I	G	G	A	.	.	V	L	H	E	G	K	.	.	I	A	E	M	K	T	G	E	G	K	T	L	V	A	T	L	A	V	A	L	N	A	L	T	G	K	G	V	H	V	V	T	V	N	D	Y	L	A	R	R	D	A	.	E	W	M	G	P	V	Y	R	G	L	G	L	S	V	G	V
Template Known Secondary structure													.	.				T	T	S	.	.						S	T																T	T		S							S	S									.									T	T	T
Template Predicted Secondary structure													.	.							.	.																																											.
Template SS confidence
		79	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.			90	.	.	.	.	.			.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.		.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.
		98	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		A	L	L	K	G	R	S	N	Y	L	C	L	E	R	L	E	Q	Q	A	L	A	G	G	D	L	P	V	Q	I	L	S	D	V	I	L	L	R	S	W	S	N	Q	T	V	D	G	D	I	S	T	C	V	S	V	A	E	D	S	Q	A	W	P	L	V	T	S	T	N	D	N	C	L	G	S	D	C	P	M	Y	K
Query Conservation
Alig confidence			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		I	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	Q	H
Template Known Secondary structure			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.		T
Template Predicted Secondary structure			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		154																																																																														.	.
		178	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.							.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.		.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250
Predicted Secondary structure																																										.	.	.	.	.	.												.
Query SS confidence																																										.	.	.	.	.	.												.
Query Sequence		D	C	F	V	V	K	A	R	K	K	A	M	D	A	D	V	V	V	V	N	H	H	L	F	L	A	D	M	V	V	K	E	S	G	F	G	E	L	I	P	.	.	.	.	.	.	E	A	D	V	M	I	F	D	E	A	H	.	Q	L	P	D	I	A	S	Q	Y	F	G	Q	S	L	S	S	R	Q	L	L	D	L
Query Conservation																																										.	.	.	.	.	.												.
Alig confidence														.																												.	.	.	.	.	.												.
Template Conservation														.
Template Sequence		A	S	T	P	A	E	R	R	K	A	Y	L	.	A	D	V	T	Y	V	T	N	S	E	L	G	F	D	Y	L	R	D	N	M	A	I	S	P	D	Q	L	V	L	R	H	D	H	P	L	H	Y	A	I	I	D	E	V	D	S	I	L	I	D	E	A	R	T	P	L	I	I	S	G	P	A	E	K	A	T	D	L
Template Known Secondary structure		T											T	.	S	S																	T	T		S	S	T	T	T			S		S	S	S	S	S						T	T					T	T	S	S	T	T	S							S		S	S
Template Predicted Secondary structure														.
Template SS confidence
		157	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.		.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.
		251	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.					.	.	.
Predicted Secondary structure																																																																											.	.	.	.
Query SS confidence																																																																											.	.	.	.
Query Sequence		A	K	D	I	T	I	A	Y	R	T	E	L	K	D	T	Q	Q	L	Q	K	C	A	D	R	L	A	Q	S	A	Q	D	F	R	L	Q	L	G	E	P	G	Y	R	G	N	L	R	E	L	L	A	N	P	Q	I	Q	R	A	F	L	L	L	D	D	T	L	E	L	C	Y	D	V	A	K	.	.	.	.	L	S	L
Query Conservation																																																																											.	.	.	.
Alig confidence																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																						.	.	.	.
Template Conservation																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		Y	Y	K	M	A	E	I	A	K	K	L	E	R	G	L	P	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	A	E	P	G	V	R	K	E	P	T	G	D	Y	T	V	E	E	K	N	R	S	V	H	L	T	L	Q	G	I	A	K	A	E	K	L	L	G	I	E	G	L	F	S	P
Template Known Secondary structure												S						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.			S	S	S				S	S						T	T	S																			S						T	T
Template Predicted Secondary structure																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		236	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.																					.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.
		327	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.																					.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		G	R	S	A	L	L	D	A	A	F	E	R	A	T	L	Y	R	T	R	L	K	R	L	K	E	I	N	Q	P	G	Y	S	Y	W	Y	E	C	T	S	R	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	H	F	T	L	A	L	T	P	L	S	V	A	D	K	F	K	E	L	M	A
Query Conservation																																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		E	N	M	E	L	A	H	M	L	I	Q	A	I	R	A	K	E	L	Y	H	R	D	R	D	Y	I	V	Q	D	G	Q	V	I	I	V	D	E	F	T	G	R	L	M	P	G	R	R	Y	G	E	G	L	H	Q	A	I	E	A	K	E	G	V	R	I	E	R	E	N	Q	T	L	A	T	I	T	Y	Q	N	F	F
Template Known Secondary structure		T																		S										S	S							T	T	T	T				T	T				G	G	G									T	T						S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		296	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.
		387	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		Q	K	P	G	S	W	I	F	T	S	A	T	L	S	V	N	D	D	L	H	H	F	T	S	R	L	G	I	E	Q	A	E	S	L	L	L	P	S	P	F	D	Y	S	R	Q	A	L	L	C	V	L	R	N	L	P	Q	T	N	Q	P	G	S	A	R	Q	L	A	A	M	L	R	P	I	I	E	A	N	N	G	R
Query Conservation
Alig confidence																.	.														.	.	.																			.	.	.	.																									.
Template Conservation																.	.														.	.	.																			.	.	.	.																									.
Template Sequence		R	L	Y	E	K	R	A	G	M	T	G	T	A	K	.	.	T	E	E	K	E	F	Q	E	I	Y	G	M	D	.	.	.	V	V	V	V	P	T	N	R	P	V	I	R	K	D	F	P	D	V	.	.	.	.	V	Y	R	T	E	K	G	K	F	Y	A	V	V	E	E	I	A	E	K	Y	E	R	G	Q	.	P
Template Known Secondary structure		T	T	S	S							S	S		G	.	.	G	G												.	.	.							S	S											.	.	.	.			S	S																			T		.
Template Predicted Secondary structure																.	.														.	.	.																			.	.	.	.																									.
Template SS confidence
		376	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.			390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.				.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420					.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.		.
		467	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		C	F	M	L	C	T	S	H	A	M	M	R	D	L	A	E	Q	F	R	A	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		V	L	V	G	T	I	S	I	E	K	S	E	R	L	S	Q	M	L	K	E	P	R	L	Y	L	P	R	L	E	M	R	L	E	L	F	K	K	A	S	Q	K	Q	Q	G	P	E	W	E	R	L	R	K	L	L	E	R	P	A	Q	L	K	D	E	D	L	A	P	F	E	G	L	I	P	P	K	G	N	L	R	T
Template Known Secondary structure							S	S													S	S	T	T	S																T	T			S										T	S	S	S	T	T		S					S	G	G	G	G	G			S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		446	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.
																			487	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	M	T	L	P	V	L	L	Q	G	E	T	S	K	G	Q	L	L	Q	Q	F	V	S	A	G	N	A	L	L	V	A	T	S	S	F	W	E	G	V	D	V	R
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		A	W	E	G	L	K	R	A	V	H	T	L	A	V	L	R	Q	G	I	P	H	Q	V	L	N	A	K	H	H	A	R	E	A	E	I	V	A	Q	A	G	R	S	K	T	V	T	I	A	T	N	M	A	G	R	G	T	D	I	K
Template Known Secondary structure																		T									S	S	S										T	T	T	S	T	T							S	S	T	T	T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		526	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.