Job Description P76257 Confidence 99.48% Date Thu Jan 5 12:21:18 GMT 2012 Rank 48 Aligned Residues 415 % Identity 15% Template c1z3iX_ PDB info PDB header:recombination/dna binding Chain: X: PDB Molecule:similar to rad54-like; PDBTitle: structure of the swi2/snf2 chromatin remodeling domain of eukaryotic2 rad54 Resolution 3.00 Å

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		19	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.						.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.				.	.	.	.	.	.	60	.	.	.								.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.
Predicted Secondary structure																			.	.	.	.	.																			.	.	.											.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																			.	.	.	.	.																			.	.	.											.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		K	P	R	E	P	Q	R	Q	M	A	V	A	V	T	Q	A	I	.	.	.	.	.	E	K	G	Q	P	L	V	V	E	A	G	T	G	T	G	K	T	Y	.	.	.	A	Y	L	A	P	A	L	R	A	K	.	.	.	.	.	.	.	K	K	V	I	I	S	T	G	S	K	A	L	Q	D	Q	L	Y	S	R	D
Query Conservation																			.	.	.	.	.																			.	.	.											.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																			.	.	.	.	.																			.	.	.											.	.	.	.	.	.	.									.											.
Template Conservation																																																																						.											.
Template Sequence		V	L	R	P	H	Q	R	E	G	V	K	F	L	W	D	C	V	T	G	R	R	I	E	N	S	Y	G	C	I	M	A	D	E	M	G	L	G	K	T	L	Q	C	I	T	L	I	W	T	L	L	K	Q	S	P	D	C	K	P	E	I	D	K	V	I	V	V	S	P	.	S	S	L	V	R	N	W	Y	N	E	.
Template Known Secondary structure		T																	T	T	S	S	S	T	T										T	T	S																		T	T	S	S		S		S								.											.
Template Predicted Secondary structure																																																																						.											.
Template SS confidence
		146	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.		.	.	.	.	.	.	220	.	.	.
		84	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		L	P	T	V	S	K	A	L	K	Y	T	G	N	V	A	L	L	K	G	R	S	N	Y	L	C	L	E	R	L	E	Q	Q	A	L	A	G	G	D	L	P	V	Q	I	L	S	D	V	I	L	L	R	S	W	S	N	Q	T	V	D	G	D	I	S	T	C	V	S	V	A	E	D	S	Q	A	W	P	L	V	T	S
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.																																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.																																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	V	G	K	W	L	G	G	R	V	Q	P	V	A	I	D	G	G	S	K	D	E	I	D	S	K	L	V	N	F	I	S	Q	Q	G	M	R	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		.	.	.						G	G	G								S	S																	S	S		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure		.	.	.																																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
					224	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		164	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		T	N	D	N	C	L	G	S	D	C	P	M	Y	K	D	C	F	V	V	K	A	R	K	K	A	M	D	A	D	V	V	V	V	N	H	H	L	F	L	A	D	M	V	V	K	E	S	G	F	G	E	L	I	P	E	A	D	V	M	I	F	D	E	A	H	Q	L	P	D	I	A	S	Q	Y	F	G	Q	S	L	S
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																								.	.	.	.	.	.																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																								.	.	.	.	.	.																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	I	P	T	P	I	L	I	I	S	Y	E	T	F	R	L	H	A	E	V	L	H	K	G	.	.	.	.	.	.	K	V	G	L	V	I	C	D	E	G	H	R	L	K	N	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.		S															T	T	T	T	T	T	S	.	.	.	.	.	.								T	T	G	G	G			T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																								.	.	.	.	.	.																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
																											260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.							.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.
		244	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.						.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																																		.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																																		.	.	.	.	.
Query Sequence		S	R	Q	L	L	D	L	A	K	D	I	T	I	A	Y	R	T	E	L	K	D	T	Q	Q	L	Q	K	C	A	D	R	L	A	Q	S	A	Q	D	F	R	L	Q	L	G	E	P	G	Y	R	G	N	L	R	E	L	L	A	N	P	Q	I	Q	R	A	.	.	.	.	.	F	L	L	L	D	D	T	L	E	L	C
Query Conservation																																																																		.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																										.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	D	N	Q	T	Y	L	A	L	N	S	M	N	A	Q	R	R	V	L	I	S	G	T	P	I	Q	N	D	L	L	E	Y	F	S	L	V	H	F	V	N	S	G	I	L	G	T	A	Q	E	F	K	K	R	F	E	I	P
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T														S							S	S		S	G	G	G	G	G	G																							T
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
																									298	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.
		319	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		Y	D	V	A	K	L	S	L	G	R	S	A	L	L	D	A	A	F	E	R	A	T	L	Y	R	T	R	L	K	R	L	K	E	I	N	Q	P	G	Y	S	Y	W	Y	E	C	T	S	R	H	F	T	L	A	L	T	P	L	S	V	A	D	K	F	K	E	L	M	A	Q	K	P	G	S	W	I	F	T	S	A	T
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		I	L	K	G	R	D	A	D	A	S	D	K	D	R	A	A	G	E	Q	K	L	Q	E	L	I	S	I	V	N	R	C	L	I	R	R	T	S	D	I	L	S	K	Y	L	P	V	K	I	E	Q	V	V	C	C	N	L	T	P	L	Q	K	E	L	Y	K	L	F	L	K	Q	A	K	P	V	E	S	L	Q	T	G
Template Known Secondary structure							S	T	T			S																										G	G	G	G	G	G	T	S																													G	G	G	S	S		T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		355	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.
		399	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.
Predicted Secondary structure														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		L	S	V	N	D	D	L	H	H	F	T	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	R	L	G	I	E	Q	A	E	S	L	L	L	P	S	P	F	D	Y	S	R	Q	A	L	L	C	V	L	R	N	L	P	Q	T	N	Q	P	G	S	A	R	Q
Query Conservation														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		K	I	S	V	S	S	L	S	S	I	T	S	L	K	K	L	C	N	H	P	A	L	I	Y	E	K	C	L	T	G	E	E	G	F	D	G	A	L	D	L	F	P	Q	N	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	Y	S	T	K	A	V	E	P	Q	L	S	G	K	M	L	V
Template Known Secondary structure																					T										T		T	T		T	T	G	G	G	T	S		S	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.			S	S	S			G	G	G	S
Template Predicted Secondary structure																																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		435	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.																					.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.
		452	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.				.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.				.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																	.	.	.																.	.	.
Query SS confidence																																																	.	.	.																.	.	.
Query Sequence		L	A	A	M	L	R	P	I	I	E	A	N	N	G	R	C	F	M	L	C	T	S	H	A	M	M	R	D	L	A	E	Q	F	R	A	T	M	T	L	P	V	L	L	Q	G	E	T	.	.	.	S	K	G	Q	L	L	Q	Q	F	V	S	A	G	N	A	.	.	.	L	L	V	A	T	S	S	F	W	E	G	V
Query Conservation																																																	.	.	.																.	.	.
Alig confidence																																																	.	.	.																.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		L	D	Y	I	L	A	M	T	R	T	T	T	S	D	K	V	V	L	V	S	N	Y	T	Q	T	L	D	L	F	E	K	L	C	R	N	R	R	Y	L	Y	V	R	L	D	G	T	M	S	I	K	K	R	A	K	I	V	E	R	F	N	N	P	S	S	P	E	F	I	F	M	L	S	S	K	A	G	G	C	G	L
Template Known Secondary structure																						S																T								S	S															S	T	T										G	G	G	S		T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		495	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.
		526	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		D	V	R	G	D	T	L	S	L	V	I	I	D	K	L	P	F	T	S	P	D	D	P	L	L	K	A	R	M	E	D	C	R	L	R	G	G	D	P	F	D	E	V	Q	L	P	D	A	V	I	T	L	K	Q	G	V	G	R	L	I	R	D	A	D	D	R	G	V	L	V	I
Query Conservation
Alig confidence						.	.																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation						.	.																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		N	L	I	G	.	.	A	N	R	L	V	M	F	D	P	D	W	N	P	A	N	D	E	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	Q	A	M	A	R	V	W	R	D	G	Q	K	K	T	C	Y	I	Y
Template Known Secondary structure				T	T	.	.								S			S	S						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.				T	T	S	S	S	T	T			S
Template Predicted Secondary structure						.	.																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		575	.	.	.			.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.																															.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.