Job Description P76257 Confidence 99.82% Date Thu Jan 5 12:21:18 GMT 2012 Rank 15 Aligned Residues 380 % Identity 20% Template c1wp9D_ PDB info PDB header:hydrolase Chain: D: PDB Molecule:atp-dependent rna helicase, putative; PDBTitle: crystal structure of pyrococcus furiosus hef helicase domain Resolution 2.90 Å

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		18	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.					.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.
Predicted Secondary structure																																															.	.	.	.
Query SS confidence																																															.	.	.	.
Query Sequence		F	K	P	R	E	P	Q	R	Q	M	A	V	A	V	T	Q	A	I	E	K	G	Q	P	L	V	V	E	A	G	T	G	T	G	K	T	Y	A	Y	L	A	P	A	L	R	A	.	.	.	.	K	K	K	V	I	I	S	T	G	S	K	A	L	Q	D	Q	L	Y	S	R	D	L	P	T	V	S	K	A	L	K	Y
Query Conservation																																															.	.	.	.
Alig confidence																	.	.	.	.	.																										.	.	.	.																			.
Template Conservation																	.	.	.	.	.																																																.
Template Sequence		I	Q	P	R	I	Y	Q	E	V	I	Y	A	K	C	K	.	.	.	.	.	E	T	N	C	L	I	V	L	P	T	G	L	G	K	T	L	I	A	M	M	I	A	E	Y	R	L	T	K	Y	G	G	K	V	L	M	L	A	P	T	K	P	L	V	L	Q	H	A	.	E	S	F	R	R	L	F	N	L	P	P	E
Template Known Secondary structure															G	G	.	.	.	.	.	G	S								T	T	S																	S		S							S	S									.							B		S		G	G
Template Predicted Secondary structure																	.	.	.	.	.																																																.
Template SS confidence
		8	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.						.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.		70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.
		94	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		T	G	N	V	A	L	L	K	G	R	S	N	Y	L	C	L	E	R	L	E	Q	Q	A	L	A	G	G	D	L	P	V	Q	I	L	S	D	V	I	L	L	R	S	W	S	N	Q	T	V	D	G	D	I	S	T	C	V	S	V	A	E	D	S	Q	A	W	P	L	V	T	S	T	N	D	N	C	L	G	S	D	C
Query Conservation
Alig confidence							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		K	I	V	A	L	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		G					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		82	.	.	.	.
		174	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		P	M	Y	K	D	C	F	V	V	K	A	R	K	K	A	M	D	A	D	V	V	V	V	N	H	H	L	F	L	A	D	M	V	V	K	E	S	G	F	G	E	L	I	P	E	A	D	V	M	I	F	D	E	A	H	Q	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation																																																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.																																				.	.	.	.																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.																																				.	.	.	.
Template Sequence		.	.	T	G	E	K	S	P	E	E	R	S	K	A	W	A	R	A	K	V	I	V	A	T	P	Q	T	I	E	N	D	L	L	A	G	R	I	.	.	.	.	S	L	E	D	V	S	L	I	V	F	D	E	A	H	R	A	V	G	N	Y	A	Y	V	F	I	A	R	E	Y	K	R	Q	A	K	N	P	L	V	I
Template Known Secondary structure		.	.		S		S													S															T	T	S		.	.	.	.		T	T	S		S						T	G	G	G		S	T	T															S	S
Template Predicted Secondary structure		.	.																																				.	.	.	.
Template SS confidence
				87	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.					.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160
																																																						230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	L	P	D	I	A	S	Q	Y	F	G	Q	S	L	S	S	R	Q	L	L	D	L	A	K	D	I	T	I	A
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		G	L	T	A	S	P	G	S	T	P	E	K	I	M	E	V	I	N	N	L	G	I	E	H	I	E	Y	R	S	E	N	S	P	D	V	R	P	Y	V	K	G	I	R	F	E	W	V	R	V	D	L	P	E	I	Y	K	E	V	R	K	L	L	R	E	M	L	R	D	A	L	K	P	L	A	E	T	G	L	L	E
Template Known Secondary structure					S		S		S	S												T									T	T	S	T	T	T	G	G	G	S																																						T	S	S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		161	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240
		258	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		Y	R	T	E	L	K	D	T	Q	Q	L	Q	K	C	A	D	R	L	A	Q	S	A	Q	D	F	R	L	Q	L	G	E	P	G	Y	R	G	N	L	R	E	L	L	A	N	P	Q	I	Q	R	A	F	L	L	L	D	D	T	L	E	L	C	Y	D	V	A	K	L	S	L	G	R	S	A	L	L	D	A	A	F	E
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		S	S	S	P	D	I	P	K	K	E	V	L	R	A	G	Q	I	I	N	E	E	M	A	K	G	N	H	D	L	R	G	L	L	L	Y	H	A	M	A	L	K	L	H	H	A	I	E	L	L	E	T	Q	G	L	S	A	L	R	A	Y	I	K	K	L	Y	E	E	A	K	A	K	A	S	K	E	I	F	S	D	K
Template Known Secondary structure					T	T	S																	T	T	T			S	T	T	T																					T																										T	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		241	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320
		338	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		R	A	T	L	Y	R	T	R	L	K	R	L	K	E	I	N	Q	P	G	Y	S	Y	W	Y	E	C	T	S	R	H	F	T	L	A	L	T	P	L	S	V	A	D	K	F	K	E	L	M	A	Q	K	P	G	S	W	I	F	T	S	A	T	L	S	V	N	D	D	L	H	H	F	T	S	R	L	G	I	E	Q	A
Query Conservation
Alig confidence																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		R	M	K	K	A	I	S	L	L	V	Q	A	K	E	I	G	L	D	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure																T	T		S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		324	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.
		418	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		E	S	L	L	L	P	S	P	F	D	Y	S	R	Q	A	L	L	C	V	L	R	N	L	P	Q	T	N	Q	P	G	S	A	R	Q	L	A	A	M	L	R	P	I	I	E	A	N	N	G	R	C	F	M	L	C	T	S	H	A	M	M	R	D	L	A	E	Q	F	R	A	T	M	T	L	P	V	L	L	Q	G	E
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	H	P	K	M	D	K	L	K	E	I	I	R	E	Q	L	Q	R	K	Q	N	S	K	I	I	V	F	T	N	Y	R	E	T	A	K	K	I	V	N	E	L	V	K	D	G	I	K	A	K	.	.	.	R	F
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																			T	T								S															T	T					.	.	.
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																	.	.	.
Template SS confidence
																													342	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.				390	.
		498	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		T	S	K	G	Q	L	L	Q	Q	F	V	S	A	G	N	A	L	L	V	A	T	S	S	F	W	E	G	V	D	V	R	G	D	T	L	S	L	V	I	I	D	K	L	P	F	T	S	P	D	D	P	L	L	K	A	R	M	E	D	C	R	L	R	G	G	D	P	F	D	E	V	Q	L	P	D	A	V	I	T	L
Query Conservation
Alig confidence																																		.	.											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																		.	.											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		R	E	Q	K	L	I	L	D	E	F	A	R	G	E	F	N	V	L	V	A	T	S	V	G	E	E	G	L	D	V	P	E	.	.	V	D	L	V	V	F	Y	E	P	V	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	P	S	A	I	R	S
Template Known Secondary structure														T	S		S						G	G	G	G	G	G	G	G	S	T	T	.	.							S	S			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																		.	.											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		406	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.			.	.	440	.	.	.	.	.	.	.																															.	.	450	.	.	.
		578	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		K	Q	G	V	G	R	L	I	R	D	A	D	D	R	G	V	L	V	I	C	D	N	R	L	V	M	R	P	Y	G	A
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		I	Q	R	R	G	R	T	G	R	H	M	P	G	R	V	I	I	L	M	A	K	G	T	R	D	E	A	Y	Y	W	S
Template Known Secondary structure						T	T	S		S				S								T	T	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		454	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.