Job Description P76257 Confidence 99.91% Date Thu Jan 5 12:21:18 GMT 2012 Rank 5 Aligned Residues 322 % Identity 20% Template c1oywA_ PDB info PDB header:hydrolase Chain: A: PDB Molecule:atp-dependent dna helicase; PDBTitle: structure of the recq catalytic core Resolution 1.80 Å

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		11	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		L	A	K	A	I	P	G	F	K	P	R	E	P	Q	R	Q	M	A	V	A	V	T	Q	A	I	E	K	G	Q	P	L	V	V	E	A	G	T	G	T	G	K	T	Y	A	Y	L	A	P	A	L	R	A	K	K	K	V	I	I	S	T	G	S	K	A	L	Q	D	Q	L	Y	S	R	D	L	P	T	V	S	K	A
Query Conservation
Alig confidence																									.	.	.	.																																												.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																									.	.	.	.																																												.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		L	Q	E	T	F	G	Y	Q	Q	F	R	P	G	Q	E	E	I	I	D	T	V	L	S	.	.	.	.	G	R	D	C	L	V	V	X	P	T	G	G	G	K	S	L	C	Y	Q	I	P	A	L	L	L	N	G	L	T	V	V	V	S	P	L	I	S	L	X	K	D	Q	V	.	.	.	.	.	.	.	D	Q	L
Template Known Secondary structure					T	T			S	S			T	T										T	.	.	.	.	T								S																S	S	S							S										.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																									.	.	.	.																																												.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		17	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.					40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.								.	.	.
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Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		L	K	Y	T	G	N	V	A	L	L	K	G	R	S	N	Y	L	C	L	E	R	L	E	Q	Q	A	L	A	G	G	D	L	P	V	Q	I	L	S	D	V	I	L	L	R	S	W	S	N	Q	T	V	D	G	D	I	S	T	C	V	S	V	A	E	D	S	Q	A	W	P	L	V	T	S	T	N	D	N	C	L	G
Query Conservation
Alig confidence																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		Q	A	N	G	V	A	A	A	C	L	N	S	T	Q	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure				T	T								T	T	S		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
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Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		S	D	C	P	M	Y	K	D	C	F	V	V	K	A	R	K	K	A	M	D	A	D	V	V	V	V	N	H	H	L	F	L	A	D	M	V	V	K	E	S	G	F	G	E	L	I	P	E	A	D	V	M	I	F	D	E	A	H	Q	L	P	D	I	A	S	Q	Y	F	G	Q	S	L	S	S	R	Q	L	L	D	L
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.																																				.	.	.	.																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.																																				.	.	.	.																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	R	E	Q	Q	L	E	V	X	T	G	C	R	T	G	Q	I	R	L	L	Y	I	A	P	E	R	L	X	L	D	N	F	L	E	H	L	.	.	.	.	A	H	W	N	P	V	L	L	A	V	D	E	A	H	C	I	S	Q	W	G	H	D	F	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.														T			S										T	S	T	T						.	.	.	.	T	T	S								S	S	G	G	G	G		T	T	S	S			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.																																				.	.	.	.																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
							101	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.					.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.
		251	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		A	K	D	I	T	I	A	Y	R	T	E	L	K	D	T	Q	Q	L	Q	K	C	A	D	R	L	A	Q	S	A	Q	D	F	R	L	Q	L	G	E	P	G	Y	R	G	N	L	R	E	L	L	A	N	P	Q	I	Q	R	A	F	L	L	L	D	D	T	L	E	L	C	Y	D	V	A	K	L	S	L	G	R	S	A
Query Conservation
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		331	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		L	L	D	A	A	F	E	R	A	T	L	Y	R	T	R	L	K	R	L	K	E	I	N	Q	P	G	Y	S	Y	W	Y	E	C	T	S	R	H	F	T	L	A	L	T	P	L	S	V	A	D	K	F	K	E	L	M	A	Q	K	P	G	S	W	I	F	T	S	A	T	L	S	V	N	D	D	L	H	H	F	T	S
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																														.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																														.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	R	P	E	Y	A	A	L	G	Q	L	R	Q	R	F	P	T	L	P	F	X	A	L	T	A	T	A	D	D	T	.	.	.	T	R	Q	D	I	V	R
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.						G	G	G	G						T	T	S							S						.	.	.
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																														.	.	.
Template SS confidence
																																											159	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.				.	.	190	.	.	.	.
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Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		R	L	G	I	E	Q	A	E	S	L	L	L	P	S	P	F	D	Y	S	R	Q	A	L	L	C	V	L	R	N	L	P	Q	T	N	Q	P	G	S	A	R	Q	L	A	A	M	L	R	P	I	I	E	A	N	N	G	R	C	F	M	L	C	T	S	H	A	M	M	R	D	L	A	E	Q	F	R	A	T	M	T	L
Query Conservation
Alig confidence														.	.																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation														.	.																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		L	L	G	L	N	D	P	L	I	Q	I	S	.	.	S	F	D	R	P	N	I	R	Y	X	L	X	E	K	F	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	K	P	L	D	Q	L	X	R	Y	V	Q	E	Q	R	G	K	S	G	I	I	Y	C	N	S	R	A	K	V	E	D	T	A	A	R	L	Q	S	K	G	I	S
Template Known Secondary structure				T			S							.	.					T	T									S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S												T	T	T								S	S														T	T
Template Predicted Secondary structure														.	.																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		195	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.			.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.											.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.
		491	.	.	.	.	.	.	.				.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure										.	.	.
Query SS confidence										.	.	.
Query Sequence		P	V	L	L	Q	G	E	T	.	.	.	S	K	G	Q	L	L	Q	Q	F	V	S	A	G	N	A	L	L	V	A	T	S	S	F	W	E	G	V	D	V	R	G	D	T	L	S	L	V	I	I	D	K	L	P	F	T	S	P	D	D	P	L	L	K	A	R	M	E	D	C	R	L	R	G	G	D	P	F	D	E
Query Conservation										.	.	.
Alig confidence										.	.	.																																.	.												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																												.	.												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		A	A	A	Y	H	A	G	L	E	N	N	V	R	A	D	V	Q	E	K	F	Q	R	D	D	L	Q	I	V	V	A	T	V	A	F	G	X	G	I	N	K	P	N	.	.	V	R	F	V	V	H	F	D	I	P	R	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure							T	T	S														T	T	S		S						T	T	S		T	T	T			T	T	.	.							S	S			S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																												.	.												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		263	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.			.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.
		568	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		V	Q	L	P	D	A	V	I	T	L	K	Q	G	V	G	R	L	I	R	D	A	D	D	R	G	V	L	V	I	C	D
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	N	I	E	S	Y	Y	Q	E	T	G	R	A	G	R	D	G	L	P	A	E	A	X	L	F	Y	D
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	S									T	T	S		T	T	S	S
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.
Template SS confidence
							316	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.