Job Description P0AA82 Confidence 99.24% Date Thu Jan 5 11:12:10 GMT 2012 Rank 4 Aligned Residues 391 % Identity 16% Template c3dh4A_ PDB info PDB header:transport protein Chain: A: PDB Molecule:sodium/glucose cotransporter; PDBTitle: crystal structure of sodium/sugar symporter with bound galactose from2 vibrio parahaemolyticus Resolution 2.70 Å

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		16	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.		.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																																				.
Query SS confidence																																																																				.
Query Sequence		A	R	K	G	V	L	A	L	T	F	V	M	L	G	L	T	F	F	S	A	S	M	W	T	G	G	T	L	G	T	G	L	S	Y	H	D	F	F	L	A	V	L	I	G	N	L	L	L	G	I	Y	T	S	F	L	G	Y	I	G	A	K	T	G	L	T	T	.	H	L	L	A	R	F	S	F	G	V	K	G	S
Query Conservation																																																																				.
Alig confidence																																				.																																.
Template Conservation																																				.
Template Sequence		K	S	L	P	W	W	A	V	G	A	S	L	I	A	A	N	I	S	A	E	Q	F	I	G	M	S	G	S	G	Y	S	I	G	L	.	A	I	A	S	Y	E	W	M	S	A	I	T	L	I	I	V	G	K	Y	F	L	P	I	F	I	E	K	G	I	Y	T	I	P	E	F	V	E	K	R	F	N	K	K	L	K
Template Known Secondary structure		S																	S					T									T		G	.	G	G																		T							T	T			S									T
Template Predicted Secondary structure																																				.
Template SS confidence
		49	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.		.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.
		95	.	.	.	.	100	.	.	.	.		.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.		.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.
Predicted Secondary structure												.																																												.
Query SS confidence												.																																												.
Query Sequence		W	L	P	S	L	L	L	G	G	T	.	Q	V	G	W	F	G	V	G	V	A	M	F	A	I	P	V	G	K	A	T	G	L	D	I	N	L	L	I	A	V	S	G	L	L	M	T	V	T	V	F	F	G	I	.	S	A	L	T	V	L	S	V	I	A	V	P	A	I	A	C	L	G	G	Y	S	V	W	L	A
Query Conservation												.																																												.
Alig confidence												.																																												.
Template Conservation
Template Sequence		T	I	L	A	V	F	W	I	S	L	Y	I	F	V	N	L	T	S	V	L	Y	L	G	G	L	A	L	E	T	I	L	G	I	P	L	M	Y	S	I	L	G	L	A	L	F	A	L	V	Y	S	I	V	V	W	T	D	V	I	Q	V	F	F	L	V	L	G	G	F	M	T	T	Y	M	A	V	S	F	I	G	G
Template Known Secondary structure															T																	T	T																	T	T				S																										T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		128	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.
		173	.	.	.	.	.																	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.			.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.
Predicted Secondary structure								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																								.	.
Query SS confidence								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																								.	.
Query Sequence		V	N	G	M	G	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	L	D	A	L	K	A	V	V	P	A	Q	P	L	D	F	N	V	A	L	A	L	V	V	G	S	F	I	S	A	G	T	L	T	A	D	F	V	R	F	.	.	G	R	N	A	K	L	A	V	L	V	A	M	V	A	F	F	L
Query Conservation								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																								.	.
Alig confidence								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																								.	.
Template Conservation
Template Sequence		T	D	G	W	F	A	G	V	S	K	M	V	D	A	A	P	G	H	F	E	M	I	L	D	Q	S	N	P	Q	Y	M	N	L	P	G	I	A	V	L	I	G	G	L	W	V	A	N	L	Y	Y	W	G	F	N	Q	Y	I	I	Q	R	T	L	A	A	K	S	V	S	E	A	Q	K	G	I	V	F	A	A	F	L
Template Known Secondary structure		T	S														G	G	G	G		S	S			S	S	S	S	G	G	G	G	S		T	T					S	T									T	T	T	T									S	S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		214	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.
		235	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.																								250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.					.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.														.	.	.	.
Query SS confidence																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.														.	.	.	.
Query Sequence		G	N	S	L	M	F	I	F	G	A	A	G	A	A	A	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	L	G	M	A	D	I	S	D	V	M	I	A	Q	.	.	.	.	G	L	L	L	P	A	I	V	V	L	G	L	N	I	W	T	T	N	D	N	A	L	Y	A	S
Query Conservation																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.														.	.	.	.
Alig confidence																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.														.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		K	L	I	V	P	F	L	V	V	L	P	G	I	A	A	Y	V	I	T	S	D	P	Q	L	M	A	S	L	G	D	I	A	A	T	N	L	P	S	A	A	N	A	D	K	A	Y	P	W	L	T	Q	F	L	P	V	G	V	K	G	V	V	F	A	A	L	A	A	A	I	V	S	S	L	A	S	M	L	N	S	T
Template Known Secondary structure					G	G	G	T	T																						T	T			S					S	S	S	G	G	G							T	T			T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		294	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.
		288	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.															.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.				320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350
Predicted Secondary structure													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																						.	.	.
Query SS confidence													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																						.	.	.
Query Sequence		G	L	G	F	A	N	I	T	G	M	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	K	T	L	S	V	I	N	G	I	I	G	T	V	C	A	L	W	L	Y	N	.	.	.	N	F	V	G	W	L	T	F	L	S	A	A	I	P	P	V	G	G	V	I	I	A	D	Y	L	M	N	R	R	R	Y
Query Conservation													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																						.	.	.
Alig confidence													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																						.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		A	T	I	F	T	M	D	I	Y	K	E	Y	I	S	P	D	S	G	D	H	K	L	V	N	V	G	R	T	A	A	V	V	A	L	I	I	A	C	L	I	A	P	M	L	G	G	I	G	Q	A	F	Q	Y	I	Q	E	Y	T	G	L	V	S	P	G	I	L	A	V	F	L	L	G	L	F	W	K	K	T	T	S
Template Known Secondary structure									T							S		S		S	S																					G	G	G	G	G	G		S											T	T	T															T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		374	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.
		351	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.									.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																				.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																				.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		E	H	F	A	T	T	R	M	M	S	V	N	W	V	A	I	L	A	V	A	L	G	I	A	A	G	H	W	L	P	G	I	V	P	.	.	.	.	.	.	.	.	V	N	A	V	L	G	G	A	L	S	Y	L	I	L	N	P	I	L	N	R	K	T	T	A	A	M	T	H	V	E	A	N	S	V	E
Query Conservation																																				.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																						.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		K	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	A	I	I	G	V	V	A	S	I	P	F	A	L	F	L	K	F	M	P	L	S	M	P	F	M	D	Q	M	L	Y	T	L	L	F	T	M	V	V	I	A	F	T	S	L	S	T	S	I	N	D	D	D	P	K	G	I	S	V	T	S	S	M	F
Template Known Secondary structure			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																		T	S	S	S																									T	T		S	S	S	S		T	T							S
Template Predicted Secondary structure			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		454													.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.