Job Description P05825 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 10:58:57 GMT 2012 Rank 9 Aligned Residues 645 % Identity 15% Template d1kmoa_ SCOP info Transmembrane beta-barrels Porins Ligand-gated protein channel Resolution 2.00

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		35	.	.	.	.	40					.	.	.	.	.				.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100				.	.	.	.
Predicted Secondary structure								.	.	.	.						.	.	.																																																								.	.	.
Query SS confidence								.	.	.	.						.	.	.																																																								.	.	.
Query Sequence		T	I	V	V	T	A	.	.	.	.	A	E	Q	N	L	.	.	.	Q	A	P	G	V	S	T	I	T	A	D	E	I	R	K	N	P	V	A	R	D	V	S	K	I	I	R	T	M	P	G	V	N	L	T	G	N	S	T	S	G	Q	R	G	N	N	R	Q	I	D	I	R	G	M	G	.	.	.	P	E	N	T
Query Conservation								.	.	.	.						.	.	.																																																								.	.	.
Alig confidence								.	.	.	.						.	.	.																																																								.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		A	L	T	V	V	G	D	W	L	G	D	A	R	E	N	D	V	F	E	H	A	G	A	R	D	V	I	R	R	E	D	F	A	K	T	G	A	T	T	M	R	E	V	L	N	R	I	P	G	V	S	A	P	E	N	N	G	T	G	S	H	D	L	A	M	N	F	G	I	R	G	L	N	P	R	L	A	S	R	S
Template Known Secondary structure									S	S	T	T								T		S	S							G	G	G	T	G	G	G	T			S						T	T	S	T	T						S	B	T	T	B		S	T	T	S						T	T	S			G	G	G		S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		81	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160
		105	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		L	I	L	I	D	G	K	P	V	S	S	R	N	S	V	R	Q	G	W	R	G	E	R	D	T	R	G	D	T	S	W	V	P	P	E	M	I	E	R	I	E	V	L	R	G	P	A	A	A	R	Y	G	N	G	A	A	G	G	V	V	N	I	I	T	K	K	G	S	G	E	W	H	G	S	W	D	A	Y	F	N
Query Conservation
Alig confidence																		.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																		.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		T	V	L	M	D	G	I	P	V	P	F	A	P	Y	G	Q	.	.	.	.	.	.	.	.	P	Q	L	S	L	A	P	V	S	L	G	N	M	D	A	I	D	V	V	R	G	G	G	A	V	R	Y	G	P	Q	S	V	G	G	V	V	N	F	V	T	R	A	I	P	Q	D	F	G	I	E	A	G	V	E	G	Q
Template Known Secondary structure						T	T				S	S	S	T	T	T		.	.	.	.	.	.	.	.				S	S					G	G	G									S	S		T	T	T	S		S	S	G	G	G												S	S
Template Predicted Secondary structure																		.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		161	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.									.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.
		185	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		A	P	E	H	K	E	E	G	A	T	K	R	T	N	F	S	L	T	G	P	L	G	D	E	F	S	F	R	L	Y	G	N	L	D	K	T	Q	A	D	A	W	D	I	N	Q	G	H	Q	S	A	R	A	G	T	Y	A	T	T	L	P	A	G	R	E	G	V	I	N	K	D	I	N	G	V	V	R	W	D	F	A
Query Conservation
Alig confidence																																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		L	S	P	T	S	S	Q	N	N	P	K	E	T	H	N	L	M	V	G	G	T	A	D	N	G	F	G	T	A	L	L	Y	S	G	T	R	G	S	D	W	R	E	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	H	S	A	T	R	I	D	D	L	M	L	K	S	K	Y	A	P	D
Template Known Secondary structure				T	T	S	S																	T	T	S															S	S	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S																S	S
Template Predicted Secondary structure																																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		233	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.																					.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.
		265	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		P	L	Q	S	L	E	L	E	A	G	Y	S	R	Q	G	N	L	Y	A	G	D	T	Q	N	T	N	S	D	S	Y	T	R	S	K	Y	G	D	E	T	N	R	L	Y	R	Q	N	Y	A	L	T	W	N	G	G	W	D	N	G	V	T	T	S	N	W	V	Q	Y	E	H	T	R	N	S	R	I	P	E	G	L	A
Query Conservation
Alig confidence																									.
Template Conservation																									.
Template Sequence		E	V	H	T	F	N	S	L	L	Q	Y	Y	D	G	E	A	D	M	P	G	G	L	S	.	R	A	D	Y	D	A	D	R	W	Q	S	T	R	P	Y	D	R	F	W	G	R	R	K	L	A	S	L	G	Y	Q	F	Q	P	D	S	Q	H	K	F	N	I	Q	G	F	Y	T	Q	T	L	R	S	G	Y	L	E	Q
Template Known Secondary structure		S	S																				B		.								S	S			S		T	T																		S	S	T	T
Template Predicted Secondary structure																									.
Template SS confidence
		293	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.		.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.
		345	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		G	G	T	E	G	K	F	N	E	K	A	T	Q	D	F	V	D	I	D	L	D	D	V	M	L	H	S	E	V	N	L	P	I	D	F	L	V	N	Q	T	L	T	L	G	T	E	W	N	Q	Q	R	M	K	D	L	S	S	N	T	Q	A	L	T	G	T	N	T	G	G	A	I	D	G	V	S	T	T	D	R	S
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		G	K	R	I	T	L	S	P	R	N	Y	W	V	R	G	I	E	P	R	Y	S	Q	I	F	M	I	G	P	S	A	H	E	V	G	V	G	Y	R	Y	L	N	E	S	T	H	E	M	R	Y	Y	T	A	T	S	S	G	Q	L	P	S	G	S	S	P	Y	D	R	D	T	R	S	G	T	E	A	H	A	W	Y	L
Template Known Secondary structure		T	T																									T	T																									T	T	S	S	S				T	T	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		372	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.
		425	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		P	Y	S	K	A	E	I	F	S	L	F	A	E	N	N	M	E	L	T	D	S	T	I	V	T	P	G	L	R	F	D	H	H	S	I	V	G	N	N	W	S	P	A	L	N	I	S	Q	G	L	G	D	D	F	T	L	K	M	G	I	A	R	A	Y	K	A	P	S	L	Y	Q	T	N	P	N	Y	I	L	Y	S
Query Conservation
Alig confidence																																																																															.	.	.
Template Conservation																																																																															.	.	.
Template Sequence		D	D	K	I	D	I	G	N	W	T	I	T	P	G	M	R	F	E	H	I	E	S	Y	Q	N	N	A	I	T	G	T	H	E	E	V	S	Y	N	A	P	L	P	A	L	N	V	L	Y	H	L	T	D	S	W	N	L	Y	A	N	T	E	G	S	F	G	T	V	Q	Y	S	Q	I	G	K	A	V	Q	.	.	.
Template Known Secondary structure								T	T																			T	T	T																							T	T																G	G	G							.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																																																															.	.	.
Template SS confidence
		452	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.
		505	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		K	G	Q	G	C	Y	A	S	A	G	G	C	Y	L	Q	G	N	D	D	L	K	A	E	T	S	I	N	K	E	I	G	L	E	F	K	R	D	G	W	L	A	G	V	T	W	F	R	N	D	Y	R	N	K	I	E	A	G	Y	V	A	V	G	Q	N	A	V	G	T	D	L	Y	Q	W	D	N	V	P	K	A	V
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																													.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																													.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	G	N	V	E	P	E	K	A	R	T	W	E	L	G	T	R	Y	D	D	G	A	L	T	A	E	M	G	L	F	L	I	N	F	N	N	Q	Y	D	S	N	Q	T	N	.	.	.	.	D	T	V	T	A	R	G	K	T	R	H	T	G	L	E	T
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	S																			S	S																S	S			S	S	S	.	.	.	.			T	T
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																													.	.	.	.
Template SS confidence
																		529	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.					.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.
		585	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.				.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.
Predicted Secondary structure																																			.	.	.
Query SS confidence																																			.	.	.
Query Sequence		V	E	G	L	E	G	S	L	N	V	P	V	S	E	T	V	M	W	T	N	N	I	T	Y	M	L	K	S	E	N	K	T	T	.	.	.	G	D	R	L	S	I	I	P	E	Y	T	L	N	S	T	L	S	W	Q	A	R	E	D	L	S	M	Q	T	T	F	T	W	Y	G	K	Q	Q	P	K	K	Y	N	Y	K
Query Conservation																																			.	.	.
Alig confidence																																			.	.	.																				.
Template Conservation																																																									.
Template Sequence		Q	A	R	Y	D	L	G	T	L	T	P	T	L	D	N	V	S	I	Y	A	S	Y	A	Y	V	N	A	E	I	R	E	K	G	D	T	Y	G	N	L	V	P	F	S	P	K	H	K	G	T	L	G	V	D	Y	K	.	P	G	N	W	T	F	N	L	N	S	D	F	Q	S	S	Q	F	A	D	N	A	N	T	V
Template Known Secondary structure							G	G	G	T		G	G	G	T	T																S	S	S	T	T	T	T		B		T	T			S											.		T	T													B		S	S	T	T
Template Predicted Secondary structure																																																									.
Template SS confidence
		589	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.		.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.	.	.
		662	.	.	.	.	.	.	.	670	.	.	.	.	.	.	.	.	.	680	.	.	.	.	.	.	.	.				.	690	.	.	.	.	.	.	.	.	.	700	.	.	.	.	.	.	.	.	.	710	.	.	.	.	.	.	.	.	.	720	.	.	.	.	.	.	.	.	.	730	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																													.	.	.
Query SS confidence																													.	.	.
Query Sequence		G	Q	P	A	V	G	P	E	T	K	E	I	S	P	Y	S	I	V	G	L	S	A	T	W	D	V	T	.	.	.	K	N	V	S	L	T	G	G	V	D	N	L	F	D	K	R	L	W	R	A	G	N	A	Q	T	T	G	D	L	A	G	A	N	Y	I	A	G	A	G	A	Y	T	Y	N	E	P	G	R	T	W
Query Conservation																													.	.	.
Alig confidence												.																	.	.	.																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation												.																																																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		K	E	S	A	D	G	S	T	G	R	.	I	P	G	F	M	L	W	G	A	R	V	A	Y	D	F	G	P	Q	M	A	D	L	N	L	A	F	G	V	K	N	I	F	D	Q	D	Y	F	I	R	S	Y	D	D	N	N	K	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	I	Y	A	G	Q	P	R	T	L
Template Known Secondary structure		S			T	T	S	S	S	S		.	B																T	T	T	T										S	T	T										S	S	T	T			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.							S
Template Predicted Secondary structure												.																																																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		668	.	670	.	.	.	.	.	.	.		.	.	680	.	.	.	.	.	.	.	.	.	690	.	.	.	.	.	.	.	.	.	700	.	.	.	.	.	.	.	.	.	710	.	.	.	.	.	.	.	.	.	720	.	.	.	.														.	.	.	.	.	730	.	.	.
		739	740	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		Y	M	S	V	N	T	H	F
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		Y	M	Q	G	S	L	K	F
Template Known Secondary structure
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		734	.	.	.	.	.	740	.