Job Description P76655 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 12:25:14 GMT 2012 Rank 3 Aligned Residues 462 % Identity 29% Template c3ohnA_ PDB info PDB header:membrane protein Chain: A: PDB Molecule:outer membrane usher protein fimd; PDBTitle: crystal structure of the fimd translocation domain Resolution 3.01 Å

Show / Hide SS confidence

Show / Hide Conservation and Alignment quality

		156	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		G	A	F	L	D	Y	N	L	Y	A	S	H	Y	A	P	H	Q	G	D	N	S	Q	N	I	S	S	Y	G	Q	A	G	V	N	L	G	A	W	R	L	R	T	D	Y	Q	Y	D	Q	S	F	N	N	G	K	S	Q	A	T	N	L	D	F	P	R	I	Y	L	F	R	P	I	P	A	M	N	A	K	L	T	I	G
Query Conservation
Alig confidence																																																					.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																					.	.	.	.	.	.
Template Sequence		A	G	L	L	N	Y	N	F	S	G	N	S	V	Q	N	R	I	G	G	N	S	H	Y	A	Y	L	N	L	Q	S	G	L	N	I	G	A	W	R	L	R	D	N	T	T	W	S	Y	N	S	S	N	.	.	.	.	.	.	K	W	Q	H	I	N	T	W	L	E	R	D	I	I	P	L	R	S	R	L	T	L	G
Template Known Secondary structure																	S	T	T																S	S	S																.	.	.	.	.	.														T	T	T	T
Template Predicted Secondary structure																																																					.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		139	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.							190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.
		236	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.		.	.	310	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																																										.
Query SS confidence																																																																										.
Query Sequence		Q	Y	D	T	E	S	S	I	F	D	S	F	H	F	S	G	I	S	L	K	S	D	E	N	M	L	P	P	D	L	R	G	Y	A	P	Q	I	T	G	V	A	Q	T	N	A	K	V	T	V	S	Q	N	N	R	I	I	Y	Q	E	N	V	P	P	G	P	F	A	I	T	N	L	F	.	N	T	L	Q	G	Q	L
Query Conservation																																																																										.
Alig confidence																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																							.
Template Conservation																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		D	G	Y	T	Q	G	D	I	F	D	G	I	N	F	R	G	A	Q	L	A	S	D	D	N	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	P	V	I	H	G	I	A	R	G	T	A	Q	V	T	I	K	Q	N	G	Y	D	I	Y	N	S	T	V	P	P	G	P	F	T	I	N	D	I	Y	A	A	G	N	S	G	D	L
Template Known Secondary structure							T	T	S	S																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.								S	S	S								T	T										S											T	T	T	T	S
Template Predicted Secondary structure																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.											.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		315	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		D	V	K	V	E	E	E	D	G	R	V	T	Q	W	Q	V	A	S	N	S	I	P	Y	L	T	R	K	G	Q	I	R	Y	T	T	A	M	G	K	P	T	S	V	G	G	D	S	L	Q	Q	P	F	F	W	T	G	E	F	S	W	G	W	L	N	N	V	S	L	Y	G	G	S	V	L	T	N	R	D	Y	Q	S
Query Conservation
Alig confidence																																												.																																		.
Template Conservation																																												.																																		.
Template Sequence		Q	V	T	I	K	E	A	D	G	S	T	Q	I	F	T	V	P	Y	S	S	V	P	L	L	Q	R	E	G	H	T	R	Y	S	I	T	A	G	E	Y	R	S	G	.	N	A	Q	Q	E	K	P	R	F	F	Q	S	T	L	L	H	G	L	P	A	G	W	T	I	Y	G	G	T	Q	L	A	D	R	.	Y	R	A
Template Known Secondary structure								S	S	S																		T	T															.	S	T	T																G	G	G											S	S	.
Template Predicted Secondary structure																																												.																																		.
Template SS confidence
		300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.		.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.		.	.	.
		395	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.					.	.	.	470
Predicted Secondary structure																																																																										.	.	.	.
Query SS confidence																																																																										.	.	.	.
Query Sequence		L	A	A	G	V	G	F	N	L	N	S	L	G	S	L	S	F	D	V	T	R	S	D	A	Q	L	H	N	Q	D	K	E	T	G	Y	S	Y	R	A	N	Y	S	K	R	F	E	S	T	G	S	Q	L	T	F	A	G	Y	R	F	S	D	K	N	F	V	T	M	N	E	Y	I	N	.	.	.	.	D	T	N	H
Query Conservation																																																																										.	.	.	.
Alig confidence																																															.	.	.																									.	.	.	.
Template Conservation																																															.	.	.
Template Sequence		F	N	F	G	I	G	K	N	M	G	A	L	G	A	L	S	V	D	M	T	Q	A	N	S	T	L	P	D	D	S	Q	H	D	G	Q	S	V	R	F	L	Y	N	K	S	L	.	.	.	G	T	N	I	Q	L	V	G	Y	R	Y	S	T	S	G	Y	F	N	F	A	D	T	T	Y	S	R	M	N	G	T	D	Y
Template Known Secondary structure												T	T															T	T																		.	.	.														T	T								S	S		S
Template Predicted Secondary structure																																															.	.	.
Template SS confidence
		378	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.				.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.
		471	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510		.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																										.
Query SS confidence																																										.
Query Sequence		Y	T	N	Y	Q	N	E	K	E	S	Y	I	V	T	F	N	Q	Y	L	E	S	L	R	L	N	T	Y	V	S	L	A	R	N	T	Y	W	D	A	S	S	.	N	V	N	Y	S	L	S	L	S	R	D	F	D	I	G	P	L	K	N	V	S	T	S	L	T	F	S	R	I	N	W	E	E	D	N	Q	D	Q	L
Query Conservation																																										.
Alig confidence																									.																	.															.	.	.
Template Conservation																									.																																.	.	.
Template Sequence		Y	N	L	A	Y	N	K	R	G	K	L	Q	L	T	V	T	Q	Q	L	G	R	T	S	.	T	L	Y	L	S	G	S	H	Q	T	Y	W	G	T	S	N	V	D	E	Q	F	Q	A	G	L	N	T	A	F	E	D	.	.	.	I	N	W	T	L	S	Y	S	L	T	K	N	A	W	Q	K	G	R	D	Q	M	L
Template Known Secondary structure				T	T	S															T	T	T		.												S	S	S																S	S	.	.	.													T	T	T
Template Predicted Secondary structure																									.																																.	.	.
Template SS confidence
		474	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.		.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.				.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		Y	L	N	I	S	I	P	W	G	T	S	R	T	L	S	Y	G	M	Q	R	N	Q	D	N	E	I	S	H	T	A	S	W	Y	D	S	S	D	R	N	N	S	W	S	V	S	A	S	G	D	N	D	E	F	K	D	M	K	A	S	L	R	A	S	Y	Q	H	N	T	E	N	G	R	L	Y	L	S	G	T	S	Q
Query Conservation
Alig confidence													.																																																																	.
Template Conservation													.																																																																	.
Template Sequence		A	L	N	V	N	I	P	F	A	S	A	.	S	Y	S	M	S	H	D	L	N	G	R	M	T	N	L	A	G	V	Y	G	T	L	L	E	D	N	N	L	S	Y	S	V	Q	T	G	Y	A	G	G	G	D	G	N	S	G	S	T	G	Y	A	T	L	N	Y	R	G	G	Y	G	N	A	N	I	G	.	Y	S	H
Template Known Secondary structure													.										T	T													T	T	T	T												T	T	S	S														S	S	S							.
Template Predicted Secondary structure													.																																																																	.
Template SS confidence
		550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560		.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.		.	.	.
		630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		R	D	S	Y	Y	S	L	N	A	S	W	N	G	S	F
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		S	D	D	I	K	Q	L	Y	Y	G	V	S	G	G	V
Template Known Secondary structure			S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		642	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.