Job Description P26648 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 11:43:06 GMT 2012 Rank 17 Aligned Residues 374 % Identity 18% Template c3cdzA_ PDB info PDB header:blood clotting Chain: A: PDB Molecule:coagulation factor viii heavy chain; PDBTitle: crystal structure of human factor viii Resolution 3.98 Å

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		71	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.										.	.			.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																.	.	.	.	.	.	.	.	.			.	.																				.	.
Query SS confidence																																																.	.	.	.	.	.	.	.	.			.	.																				.	.
Query Sequence		N	G	R	Y	L	G	P	T	I	R	V	W	K	G	D	D	V	K	L	I	Y	S	N	R	L	T	E	N	V	S	M	T	V	A	G	L	Q	V	P	G	P	L	M	G	G	P	.	.	.	.	.	.	.	.	.	A	R	.	.	M	M	S	P	N	A	D	W	A	P	V	L	P	I	R	Q	N	A	A	.	.
Query Conservation																																																.	.	.	.	.	.	.	.	.			.	.																				.	.
Alig confidence																																																.	.	.	.	.	.	.	.	.			.	.																				.	.
Template Conservation
Template Sequence		W	M	G	L	L	G	P	T	I	Q	A	E	V	Y	D	T	V	V	I	T	L	K	N	M	A	S	H	P	V	S	L	H	A	V	G	V	S	Y	W	K	A	S	E	G	A	E	Y	D	D	Q	T	S	Q	R	E	K	E	D	D	K	V	F	P	G	G	S	H	T	Y	V	W	Q	V	L	K	E	N	G	P	M
Template Known Secondary structure		S			S									T	T									B		S	S	S					B		S	S	S	B			T	T	S			B		S										T	T	S				T	T											G	G	G	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		68	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.
									138	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	T	L	W	Y	H	A	N	T	P	N	R	T	A	Q	Q	V	Y	N	G	L	A	G	M	W	L	V	E	D	E	V	S	K	S	L	P	I	P	N	H	Y	G	V	D	D	F	P	V	I	I	Q	D	K	R	L	D	N	F	G	T	P	E	Y	N	E	P	G	S	G	G	F	V	G	D
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.										.	.																													.	.																										.	.	.	.	.	.
Template Conservation																		.	.																													.	.																										.	.	.	.	.	.
Template Sequence		A	S	D	P	L	C	L	T	Y	S	Y	L	S	H	V	D	.	.	L	V	K	D	L	N	S	G	L	I	G	A	L	L	V	C	R	E	G	S	L	A	K	E	K	T	Q	T	.	.	L	H	K	F	I	L	L	F	A	V	F	D	E	G	K	S	W	H	S	S	A	R	A	W	P	.	.	.	.	.	.	K
Template Known Secondary structure		S	S	S		S							B		B	S	S	.	.																	S	S		S	T	T	T	S	S	S			.	.													T	T	S	S	S									.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																		.	.																													.	.																										.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		148	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.			.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.			.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.							.
		211	.	.	.	.	.	.	.	.				220	.	.	.	.	.	.	.	.		.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure											.	.	.										.																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence											.	.	.										.																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		T	L	L	V	N	G	V	Q	S	.	.	.	P	Y	V	E	V	S	R	G	W	.	V	R	L	R	L	L	N	A	S	N	S	R	R	Y	Q	L	Q	M	N	D	G	R	P	L	H	V	I	S	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation											.	.	.										.																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence											.	.	.										.																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		M	H	T	V	N	G	Y	V	N	R	S	L	P	G	L	I	G	C	H	R	K	S	V	Y	W	H	V	I	G	M	G	T	T	P	E	V	H	S	I	F	L	E	G	H	T	F	L	V	R	N	H	R	Q	A	S	L	E	I	S	P	I	T	F	L	T	A	Q	T	L	L	M	D	L	G	Q	F	L	L	F	C
Template Known Secondary structure					G	G	G			T	T									S	S	S											S	S									S	S					S	S	S				S	S					S	S											S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		231	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		H	I	S	S	H	Q	H	D	G	M	E	A	Y	V	K	V	D	S	C	P	E	E	P	K	H	P	K	T	W	V	H	Y	I	A	A	E	E	E	D	W	D	Y	A	P	L	V	L	A	P	D	D	R	S	Y	K	S	Q	Y	L	N	N	G	P	Q	R	I	G	R	K	Y	K	K	V	R	F	M	A	Y	T	D
Template Known Secondary structure								T	T												S	S																					S	S		S					S	S	S	S	T	T	T	T		S		S	S	S			S	S												S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		311	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390
																																																								258	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	D	Q	G	F	L	P	A	P	V	S	V	K	Q	L	S	L	A	P	G	E	R	R	E	I	L	V
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		E	T	F	K	T	R	E	A	I	Q	H	E	S	G	I	L	G	P	L	L	Y	G	E	V	G	D	T	L	L	I	I	F	K	N	Q	A	S	R	P	Y	N	I	Y	P	H	G	I	T	D	V	R	P	L	Y	S	R	R	L	P	K	G	V	K	H	L	K	D	F	P	I	L	P	G	E	I	F	K	Y	K	W
Template Known Secondary structure		S	S	T	T	S	B					T	T	T	T	T									T	T											S	S	S								S		S					S	S		S			S	T	T		S	S	S	S	S	S				S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		434	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.
		284	.	.	.	.	.	290										.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.															.	.	.	.	.	.	.	340
Predicted Secondary structure									.	.	.	.	.	.	.	.	.																																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence									.	.	.	.	.	.	.	.	.																																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		D	M	S	N	G	D	E	.	.	.	.	.	.	.	.	.	V	S	I	T	C	G	E	A	A	S	I	V	D	R	I	R	G	F	F	E	P	S	S	I	L	V	S	T	L	V	L	T	L	R	P	T	G	L	L	P	L	V	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	D	S	L	P	M	R	L
Query Conservation									.	.	.	.	.	.	.	.	.																																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence									.	.	.	.	.	.	.	.	.																																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		T	V	T	V	E	D	G	P	T	K	S	D	P	R	C	L	T	R	Y	Y	S	S	F	V	N	M	E	R	D	L	A	S	G	L	I	G	P	L	L	I	C	Y	K	E	S	V	D	Q	R	G	N	Q	I	M	S	D	K	R	N	V	I	L	F	S	V	F	D	E	N	R	S	W	Y	L	T	E	N	I	Q	R
Template Known Secondary structure					G	G	G	S			S	S	S		S										S	S	S					T	T	T												S	S	S	S	S	S		S	S															G	G	G		T	T	T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		514	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.
		341	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390					.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																				.	.	.	.
Query SS confidence																																																				.	.	.	.
Query Sequence		L	P	T	E	I	M	A	G	S	P	I	R	S	R	D	I	S	L	G	D	D	P	G	I	N	G	Q	L	W	D	V	N	R	I	D	V	T	A	Q	Q	G	T	W	E	R	W	T	V	R	A	.	.	.	.	D	E	P	Q	A	F	H	I	E	G	V	M	F	Q	I	R	N	V	N	G	A	M	P	F	P	E
Query Conservation																																																				.	.	.	.
Alig confidence																																.	.																			.	.	.	.																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																.	.																																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		F	L	P	N	P	A	G	V	Q	L	E	D	P	E	F	Q	A	S	N	I	M	H	S	I	N	G	Y	V	F	D	.	.	S	L	Q	L	S	V	C	L	H	E	V	A	Y	W	Y	I	L	S	I	G	A	Q	T	D	F	L	S	V	F	F	S	G	Y	T	F	K	H	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		T	S	S			T	T				S							T	S						T	T	B		T	T	.	.		S			B			T	T											S			S	S							S	S			B		S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																.	.																																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		594	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.			.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660
		417	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		D	R	G	W	K	D	T	V	W	V	D	G	Q	V	E	L	L	V	Y	F	G	Q	P	S	W	A	H	F	P	F	Y	F	N	S	Q	T	L	E	M	A	D	R	G	S	I	G	Q	L	L	V	N	P	V
Query Conservation
Alig confidence																													.	.
Template Conservation																													.	.
Template Sequence		K	M	V	Y	E	D	T	L	T	L	F	P	F	S	G	E	T	V	F	M	S	M	E	N	P	G	L	.	.	W	I	L	G	C	H	N	S	D	F	R	N	R	G	M	T	A	L	L	K	V	S	S	C
Template Known Secondary structure		T	T	S		B	S						S	S													S		.	.	B				B	S		T	T	T	T	T	S	B					B	B
Template Predicted Secondary structure																													.	.
Template SS confidence
		661	.	.	.	.	.	.	.	.	670	.	.	.	.	.	.	.	.	.	680	.	.	.	.	.	.	.			.	.	690	.	.	.	.	.	.	.	.	.	700	.	.	.	.	.	.	.	.	.	710	.