Job Description P26648 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 11:43:06 GMT 2012 Rank 27 Aligned Residues 289 % Identity 27% Template c2dv6F_ PDB info PDB header:oxidoreductase Chain: F: PDB Molecule:nitrite reductase; PDBTitle: crystal structure of nitrite reductase from hyphomicrobium2 denitrificans Resolution 2.20 Å

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		20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		A	V	P	L	K	A	S	A	A	G	Q	Q	Q	P	L	P	V	P	P	L	L	E	S	R	R	G	Q	P	L	F	M	T	V	Q	R	A	H	W	S	F	T	P	G	T	R	A	S	V	W	G	I	N	G	R	Y	L	G	P	T	I	R	V	W	K	G	D	D	V	K	L	I	Y	S	N	R	L	T	E	N	V
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		M	K	S	S	G	A	D	I	T	R	D	P	A	D	L	P	G	P	I	G	P	R	Q	A	K	T	V	R	I	D	L	E	T	V	E	V	K	G	Q	L	D	D	N	T	T	Y	T	Y	W	T	F	N	G	K	V	P	G	P	F	L	R	V	R	V	G	D	T	V	E	L	H	L	K	N	H	K	D	S	L	M
Template Known Secondary structure					S	S	B			B			T	T		S						S																					T	T									T	T	B	B	S								T	T											T	T		S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		138	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.
				100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.
Query SS confidence		.	.
Query Sequence		.	.	S	M	T	V	A	G	L	Q	V	P	G	P	L	M	G	G	P	A	R	M	M	S	P	N	A	D	W	A	P	V	L	P	I	R	Q	N	A	A	T	L	W	Y	H	A	N	T	P	N	R	T	A	Q	Q	V	Y	N	G	L	A	G	M	W	L	V	E	D	E	V	S	K	S	L	P	I	P	N	H	Y
Query Conservation		.	.
Alig confidence		.	.																			.	.																	.									.																												.	.	.	.	.
Template Conservation																						.	.																	.									.																												.	.	.	.	.
Template Sequence		V	H	S	V	D	F	H	G	A	T	G	P	G	G	A	A	A	F	T	Q	.	.	T	D	P	G	E	E	T	V	V	T	F	K	A	L	I	P	.	G	I	Y	V	Y	H	C	A	.	T	P	S	V	P	T	H	I	T	N	G	M	Y	G	L	L	L	V	E	P	E	G	G	L	P	Q	V	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure			B					T	T			S	G	G	G	G	G	G	G			.	.	B		T	T											S		.									.	S	S	S							T	T										T	T		S				.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																						.	.																	.									.																												.	.	.	.	.
Template SS confidence
		218	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.			.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.		.	.	.	.	.	.	260	.		.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.
		178	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.					.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.
Predicted Secondary structure																													.	.	.	.
Query SS confidence																													.	.	.	.
Query Sequence		G	V	D	D	F	P	V	I	I	Q	D	K	R	L	D	N	F	G	T	P	E	Y	N	E	P	G	S	.	.	.	.	G	G	F	V	G	D	T	L	L	V	N	G	V	Q	S	P	Y	V	E	V	S	R	G	W	V	R	L	R	L	L	N	A	S	N	S	R	R	Y	Q	L	Q	M	N	D	G	R	P	L	H
Query Conservation																													.	.	.	.
Alig confidence		.																											.	.	.	.																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.																																																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	D	R	E	F	Y	V	M	Q	G	E	I	Y	T	V	K	S	F	G	T	S	G	E	Q	E	M	D	Y	E	K	L	I	N	E	K	P	E	Y	F	L	F	N	G	S	V	G	S	L	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		.	S												B	S	S		T	T							B							T	T			S					T	T	S	T	T	T	B	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure		.																																																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
			289	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.
		254	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		V	I	S	G	D	Q	G	F	L	P	A	P	V	S	V	K	Q	L	S	L	A	P	G	E	R	R	E	I	L	V	D	M	S	N	G	D	E	V	S	I	T	C	G	E	A	A	S	I	V	D	R	I	R	G	F	F	E	P	S	S	I	L	V	S	T	L	V	L	T	L	R	P	T	G	L	L	P	L	V	T
Query Conservation
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		334	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390				.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410
Predicted Secondary structure																																																											.	.	.
Query SS confidence																																																											.	.	.
Query Sequence		D	S	L	P	M	R	L	L	P	T	E	I	M	A	G	S	P	I	R	S	R	D	I	S	L	G	D	D	P	G	I	N	G	Q	L	W	D	V	N	R	I	D	V	T	A	Q	Q	G	T	W	E	R	W	T	V	R	A	.	.	.	D	E	P	Q	A	F	H	I	E	G	V	M	F	Q	I	R	N	V	N	G
Query Conservation																																																											.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																					.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	R	S	H	P	L	Y	A	S	V	G	E	T	V	R	I	F	F	G	V	G	G	P	N	F	T	S	S	F	H	V	I	G	E	I	F	D	H	V	Y	S	L	G
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	T	T	S						T	T												S	S									T								G	G	G
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
																																							336	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.
		411	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		A	M	P	F	P	E	D	R	G	W	K	D	T	V	W	V	D	G	Q	V	E	L	L	V	Y	F	G	Q	P	S	W	A	H	F	P	F	Y	F	N	S	Q	T	L	E	M	A	D	R	G	S	I	G	Q	L	L	V	N	P	V	P
Query Conservation
Alig confidence								.																											.	.
Template Conservation								.																											.	.
Template Sequence		S	V	V	S	P	P	.	L	I	G	V	Q	T	V	S	V	P	P	G	G	A	T	I	V	D	F	K	I	D	R	A	G	R	.	.	Y	I	L	V	D	H	A	L	S	R	L	E	H	G	L	V	G	F	L	N	V	D	G	P	K
Template Known Secondary structure			S	S	S			.					S						T	T											S				.	.						S	S	G	G	G	G	G	G	T									S		S
Template Predicted Secondary structure								.																											.	.
Template SS confidence
		379	380	.	.	.	.		.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410			.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.