Job Description P26648 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 11:43:06 GMT 2012 Rank 33 Aligned Residues 236 % Identity 22% Template c1sddA_ PDB info PDB header:blood clotting Chain: A: PDB Molecule:coagulation factor v; PDBTitle: crystal structure of bovine factor vai Resolution 2.80 Å

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		43	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.													.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110
Predicted Secondary structure																																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		R	R	G	Q	P	L	F	M	T	V	Q	R	A	H	W	S	F	T	P	G	T	R	A	S	V	W	G	I	N	G	R	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	Y	L	G	P	T	I	R	V	W	K	G	D	D	V	K	L	I	Y	S	N	R	L	T	E	N	V	S	M	T	V	A	G	L	Q	V	P	G
Query Conservation																																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																			.														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																			.
Template Sequence		A	K	L	R	Q	F	Y	V	A	A	Q	S	I	R	W	N	T	.	S	F	K	K	I	V	Y	R	E	Y	E	A	Y	F	Q	K	E	K	P	Q	S	R	T	S	G	L	L	G	P	T	L	Y	A	E	V	G	D	I	M	K	V	H	F	K	N	K	A	H	K	P	L	S	I	H	A	Q	G	I	K	Y	S	K
Template Known Secondary structure																			.												T	T	T								S	S			S									T	T											S	S	S		B						S	S				T
Template Predicted Secondary structure																			.
Template SS confidence
		1	.	.	.	.	.	.	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.		.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		111	.	.	.	.	.	.	.												.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.										.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170
Predicted Secondary structure										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		P	L	M	G	G	P	A	R	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	M	M	S	P	N	A	D	W	A	P	V	L	P	I	R	Q	.	.	.	.	.	.	.	.	.	N	A	A	T	L	W	Y	H	A	N	T	P	N	R	T	A	Q	Q	V	Y	N	G	L	A	G	M	W	L	V	E	D	E	V	S	K	S
Query Conservation										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																	.	.	.	.	.	.	.	.	.														.	.
Template Conservation																																																											.	.
Template Sequence		F	S	E	G	A	S	Y	S	D	H	T	L	P	M	E	K	M	D	D	A	V	A	P	G	Q	E	Y	T	Y	E	W	I	I	S	E	H	S	G	P	T	H	D	D	P	P	C	L	T	H	I	Y	Y	S	Y	V	N	L	.	.	V	E	D	F	N	S	G	L	I	G	P	L	L	I	C	K	K	G	T	L	T
Template Known Secondary structure		T	T	S				S										T	T	T		B		T	T											G	G	G	S			S	S	S		S										S	S	S	.	.						T	T										T	T		B
Template Predicted Secondary structure																																																											.	.
Template SS confidence
		94	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150			.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.
		171	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		L	P	I	P	N	H	Y	G	V	D	D	F	P	V	I	I	Q	D	K	R	L	D	N	F	G	T	P	E	Y	N	E	P	G	S	G	G	F	V	G	D	T	L	L	V	N	G	V	Q	S	P	Y	V	E	V	S	R	G	W	V	R	L	R	L	L	N	A	S	N	S	R	R	Y	Q	L	Q	M	N	D	G	R
Query Conservation
Alig confidence																										.	.	.	.	.	.	.	.	.																			.	.																				.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																										.	.	.	.	.	.	.	.	.																			.	.																				.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		E	D	G	T	Q	K	M	F	E	K	Q	H	V	L	M	F	A	V	F	D	E	S	K	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	W	N	Q	T	S	S	L	M	Y	T	V	N	G	Y	V	N	G	T	.	.	M	P	D	I	T	V	C	A	H	L	I	G	M	S	S	G	P	E	L	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		T	T	S	S	B	S	S	S							B						T	T	S	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	S									S	S	S			S	S		.	.										B	B				S	S	S			.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																										.	.	.	.	.	.	.	.	.																			.	.																				.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		172	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.										.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.			.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.
		251	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		P	L	H	V	I	S	G	D	Q	G	F	L	P	A	P	V	S	V	K	Q	L	S	L	A	P	G	E	R	R	E	I	L	V	D	M	S	N	G	D	E	V	S	I	T	C	G	E	A	A	S	I	V	D	R	I	R	G	F	F	E	P	S	S	I	L	V	S	T	L	V	L	T	L	R	P	T	G	L	L	P
Query Conservation
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		331	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		L	V	T	D	S	L	P	M	R	L	L	P	T	E	I	M	A	G	S	P	I	R	S	R	D	I	S	L	G	D	D	P	G	I	N	G	Q	L	W	D	V	N	R	I	D	V	T	A	Q	Q	G	T	W	E	R	W	T	V	R	A	D	E	P	Q	A	F	H	I	E	G	V	M	F	Q	I	R	N	V	N	G
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.													.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.													.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	F	S	I	H	F	N	G	Q	V	L	E	Q	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.				B		S	S	T	T				.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.													.	.	.	.	.
Template SS confidence
																																																																	239	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250
		411	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		A	M	P	F	P	E	D	R	G	W	K	D	T	V	W	V	D	G	Q	V	E	L	L	V	Y	F	G	Q	P	S	W	A	H	F	P	F	Y	F	N	S	Q	T	L	E	M	A	D	R	G	S	I	G	Q	L
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	N	H	H	K	I	S	A	I	T	L	V	S	A	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	T	T	G	R	W	T	I	A	S	L	I	P	R	H	F	Q	A	G	M	Q	A	Y	I
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	T	T				S						T	T		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.		B							B			S	T	T	T	G	G	G	T		B
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
								251	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.											.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.

No model constructed - rank, confidence too low

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Please cite: Protein structure prediction on the web: a case study using the Phyre server
Kelley LA and Sternberg MJE. Nature Protocols 4, 363 - 371 (2009) [pdf] [Import into BibTeX]
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