Job Description P32140 Confidence 96.96% Date Thu Jan 5 11:49:26 GMT 2012 Rank 31 Aligned Residues 318 % Identity 13% Template c1js4B_ PDB info PDB header:glycosyl hydrolase Chain: B: PDB Molecule:endo/exocellulase e4; PDBTitle: endo/exocellulase:cellobiose from thermomonospora Resolution 2.00 Å

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		30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.			.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.										.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure														.	.																										.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence														.	.																										.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		P	T	G	F	G	W	L	G	N	K	G	Q	.	.	I	K	E	E	M	G	T	H	L	W	I	T	A	R	M	L	H	V	Y	S	V	A	A	A	M	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	R	P	G	A	Y	S	L	V	D	H	G	I	K	A	M	N	G	A	L	R	D	K	K	Y	G	G	W	Y	A	C	V
Query Conservation														.	.																										.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence														.	.																										.	.	.	.	.	.	.	.	.																				.	.
Template Conservation																																																																					.	.
Template Sequence		D	G	A	D	V	G	L	D	L	T	G	G	W	Y	D	A	G	D	H	V	K	F	G	F	P	M	A	F	T	A	T	M	L	A	W	G	A	I	E	S	P	E	G	Y	I	R	S	G	Q	M	P	Y	L	K	D	N	L	R	W	V	N	D	Y	F	I	K	A	.	.	H	P	S	P	N	V	L	Y	V	Q	V
Template Known Secondary structure		T	T	G	G	G	T	S					S	B			S	S	S																													T	T																			T	.	.		S	B	T	T	B
Template Predicted Secondary structure																																																																					.	.
Template SS confidence
		41	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.			.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.
		99	100	.	.											.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.											.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.		.	.							.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.
Predicted Secondary structure						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.														.			.	.	.	.	.	.
Query SS confidence						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.														.			.	.	.	.	.	.
Query Sequence		N	D	E	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	V	V	D	A	S	K	Q	G	Y	Q	H	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	F	F	A	L	L	G	A	A	S	A	V	T	T	.	G	H	.	.	.	.	.	.	P	E	A	R	K	L	L	D	Y	T	I	E	I	I	E	K	Y	F	W	S	E	E	E
Query Conservation						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.														.			.	.	.	.	.	.
Alig confidence						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.														.			.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		G	D	G	D	A	D	H	K	W	W	G	P	A	E	V	M	P	M	E	R	P	S	F	K	V	D	P	S	C	P	G	S	D	V	A	A	E	T	A	A	A	M	A	A	S	S	I	V	F	A	D	D	D	P	A	Y	A	A	T	L	V	Q	H	A	K	Q	L	Y	T	F	A	D	T	Y	R	G	V	Y	S	D
Template Known Secondary structure		S							T			S		G	G	G			S								B	T	T	B																					T	T	T																						S				G	G	G
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		119	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.
		152	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		Q	M	C	L	E	S	W	D	E	A	F	S	K	T	E	E	Y	R	G	G	N	A	N	M	H	A	V	E	A	F	L	I	V	Y	D	V	T	H	D	K	K	W	L	D	R	A	I	R	V	A	S	V	I	I	H	D	V	A	R	N	N	H	Y	R	V	N	E	H	F	D	T	Q	W	N	P	L	P	D	Y	N
Query Conservation
Alig confidence														.	.	.	.	.	.	.	.																																																					.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation														.	.	.	.	.	.	.	.																																																					.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		C	V	P	A	G	A	F	Y	N	S	W	S	.	.	.	.	.	.	.	.	G	Y	Q	D	E	L	V	W	G	A	Y	W	L	Y	K	A	T	G	D	D	S	Y	L	A	K	A	E	Y	E	Y	D	F	L	S	T	E	Q	Q	T	D	L	R	S	Y	R	W	T	I	A	W	D	D	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		T	S	T	T							S	S	.	.	.	.	.	.	.	.		S																												G	G	G	S		B		T	T	S	S		B			S	S			S	S	S		.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure														.	.	.	.	.	.	.	.																																																					.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		199	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210									.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.
		232	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		K	D	N	P	A	H	R	F	R	A	F	G	G	T	P	G	H	W	I	E	W	G	R	L	M	L	H	I	H	A	A	L	E	A	R	C	E	Q	P	P	A	W	L	L	E	D	A	K	G	L	F	N	A	T	V	R	D	A	W	A	P	D	G	A	D	G	I	V	Y	T	V	D	W	E	G	K	P	V	V	R
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.													.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.													.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	K	S	Y	G	T	Y	V	L	L	A	K	E	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	G	K	Q	K	Y	I	D	D	A	N	R	.	.	.	.	.	W	L	D	Y	W	T	V	G	V	N	G	Q	R	V	P	Y	S	P	G	G	M	A	V	L	D	T
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.													.	.	.	.	.					T	T	T		B	T	T	B				B		T	T	S		B				S
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.													.	.	.	.	.
Template SS confidence
														263	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.														.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.						.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.
		312	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.					.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380			.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																									.	.	.	.																																															.	.
Query SS confidence																									.	.	.	.																																															.	.
Query Sequence		E	R	V	R	W	P	I	V	E	A	M	G	T	A	Y	A	L	Y	T	V	T	G	D	.	.	.	.	R	Q	Y	E	T	W	Y	Q	T	W	W	E	Y	C	I	K	Y	L	M	D	Y	E	N	G	S	W	W	Q	E	L	D	A	D	N	K	V	T	T	K	V	W	D	G	K	Q	D	.	.	I	Y	H	L	L
Query Conservation																									.	.	.	.																																															.	.
Alig confidence																									.	.	.	.																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																	.	.
Template Conservation																																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		W	G	A	L	R	Y	A	A	N	T	A	F	V	A	L	V	Y	A	K	V	I	D	D	P	V	R	K	Q	R	Y	H	D	F	A	V	R	Q	I	N	Y	A	L	G	D	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	N	P	R	N	S	S	Y	V	V	G	F	G	N	N	P	P	R	N	P	H	H	R	T
Template Known Secondary structure		T	T																																									T		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	T	T					B	T	T	S	S	S	S			S			B
Template Predicted Secondary structure																																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		313	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.														.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		386	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		H	C	L	V	I	P	R	I	P	L	A	P	G	M	A	P	A	V	A	A	G	L	L
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		A	H	G	S	W	T	D	S	I	A	S	P	A	E	N	R	H	V	L	Y	G	A	L
Template Known Secondary structure				T		S	S	S		S	S	S	S	S	S		S	S			T	T		B
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.

No model constructed - rank, confidence too low

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Kelley LA and Sternberg MJE. Nature Protocols 4, 363 - 371 (2009) [pdf] [Import into BibTeX]
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