Job Description P33937 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 11:52:56 GMT 2012 Rank 27 Aligned Residues 537 % Identity 23% Template c2fugC_ PDB info PDB header:oxidoreductase Chain: C: PDB Molecule:nadh-quinone oxidoreductase chain 3; PDBTitle: crystal structure of the hydrophilic domain of respiratory complex i2 from thermus thermophilus Resolution 3.30 Å

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Show / Hide Conservation and Alignment quality

		16	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.				.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.
Predicted Secondary structure																			.	.	.
Query SS confidence																			.	.	.
Query Sequence		A	A	A	A	A	A	G	L	S	V	P	G	V	A	R	A	V	.	.	.	V	G	Q	Q	E	A	I	K	W	D	K	A	P	C	R	F	C	G	T	G	C	G	V	L	V	G	T	Q	Q	G	R	V	V	A	C	Q	G	D	P	D	A	P	V	N	R	G	L	N	C	I	K	G	Y	F	L	P	K	I	M	Y
Query Conservation																			.	.	.
Alig confidence																			.	.	.																																																										.
Template Conservation																																																																															.
Template Sequence		S	G	N	I	T	D	I	C	P	V	G	A	L	L	D	L	T	A	R	F	R	A	R	N	W	E	M	E	E	T	P	T	T	C	A	L	C	P	V	G	C	G	I	T	A	D	T	R	S	G	E	L	L	R	I	R	A	R	E	V	P	E	V	N	E	I	W	I	C	D	A	G	R	F	G	H	E	.	W	A
Template Known Secondary structure			T							S	S	S	S	S	B		G	G	G	S	S	S			T	T	T	S									S	S	T	T										T	T											T	T	S	S		S									T	T		.
Template Predicted Secondary structure																																																																															.
Template SS confidence
		223	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.		300	.
		93	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		G	K	D	R	L	T	Q	P	L	L	R	M	K	N	G	K	Y	D	K	E	G	E	F	T	P	I	T	W	D	Q	A	F	D	V	M	E	E	K	F	K	T	A	L	K	E	K	G	P	E	S	I	G	M	F	G	S	G	Q	W	T	I	W	E	G	Y	A	A	S	K	L	F	K	A	G	F	R	S	N	N	I
Query Conservation
Alig confidence															.	.	.	.	.	.	.																							.	.	.	.																												.
Template Conservation															.	.	.	.	.	.	.																							.	.	.	.																												.
Template Sequence		D	Q	N	R	L	K	T	P	L	V	R	K	E	.	.	.	.	.	.	.	G	R	L	V	E	A	T	W	E	E	A	F	L	A	L	K	E	G	L	K	E	A	.	.	.	.	R	G	E	E	V	G	L	Y	L	A	H	D	A	T	L	E	E	G	L	L	A	S	E	L	A	K	A	.	L	K	T	P	H	L
Template Known Secondary structure			S	S				S						S	.	.	.	.	.	.	.	S	S																		T	T	S	.	.	.	.	S	S	S	S							T	T																.	S	S	S
Template Predicted Secondary structure															.	.	.	.	.	.	.																							.	.	.	.																												.
Template SS confidence
		302	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.								.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.					.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.		.	.	.	.	.	.
		173	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		D	P	N	A	R	H	C	M	A	S	A	V	V	G	F	M	R	T	F	G	M	D	E	P	M	G	C	Y	D	D	I	E	Q	A	D	A	F	V	L	W	G	A	N	M	A	E	M	H	P	I	L	W	S	R	I	T	N	R	R	L	S	N	Q	N	V	T	V	A	V	L	S	T	Y	Q	H	R	S	F	E	L
Query Conservation
Alig confidence														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																				.																	.	.	.	.	.	.
Template Conservation														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																				.																	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		D	F	Q	G	R	T	A	A	P	A	S	L	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	F	P	P	A	S	L	E	D	L	L	Q	A	D	F	A	L	V	L	G	.	D	P	T	E	E	A	P	I	L	H	L	R	L	S	E	F	.	.	.	.	.	.	V	R	D	L	K	P	P	H	R	Y	N	H	G	T	P	F
Template Known Secondary structure				T	T			S	S		T	T	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S		B										S						S	.						S											.	.	.	.	.	.	T	T	T							B	T	T	B	S		S
Template Predicted Secondary structure														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																				.																	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.											.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400		.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.							.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.
		253	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		A	D	N	G	I	I	F	T	P	Q	S	D	L	V	I	L	N	Y	I	A	N	Y	I	I	Q	N	N	A	I	N	Q	D	F	F	S	K	H	V	N	L	R	K	G	A	T	D	I	G	Y	G	L	R	P	T	H	P	L	E	K	A	A	K	N	P	G	S	D	A	S	E	P	M	S	F	E	D	Y	K	A	F
Query Conservation
Alig confidence																																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		A	D	L	Q	I	K	E	R	M	P	R	R	T	D	K	M	A	L	F	A	P	Y	R	A	P	L	M	K	W	A	A	I	H	E	V	H	R	P	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure				T	T			S	S					G	G	G						S	S			G	G	G	T	T		S							T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		433	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470
		333	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		V	A	E	Y	T	L	E	K	T	A	E	M	T	G	V	P	K	D	Q	L	E	Q	L	A	Q	L	Y	A	D	P	N	K	K	V	I	S	Y	W	T	M	G	F	N	Q	H	T	R	G	V	W	A	N	N	L	V	Y	N	L	H	L	L	T	G	K	I	S	Q	P	G	C	G	P	F	S	L	T	G	Q	P	S
Query Conservation
Alig confidence																																							.																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																							.																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		G	E	E	R	E	I	L	L	A	L	L	G	D	K	E	G	S	E	M	V	A	K	A	K	E	A	W	E	K	A	K	N	P	V	L	I	L	.	G	A	G	V	L	Q	D	T	V	A	A	E	R	A	R	L	L	A	E	R	A	K	V	L	A	M	T	P	A	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	A	N
Template Known Secondary structure		T											T	S	S																	S	S						.		S	G	G	G																							S	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	T
Template Predicted Secondary structure																																							.																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		471	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.		.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.												.	.
		413	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		A	C	G	T	A	R	E	V	G	T	F	A	H	R	L	P	A	D	M	V	V	T	N	E	K	H	R	D	I	C	E	K	K	W	N	I	P	S	G	T	I	P	A	K	I	G	L	H	A	V	A	Q	D	R	A	L	K	D	G	K	L	N	V	Y	W	T	M	C	T	N	N	M	Q	A	G	P	N	I	N	E
Query Conservation
Alig confidence						.										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation						.										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		A	R	G	L	.	E	A	M	G	V	L	P	G	A	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	K	G	A	S	W	D	E	P	G	A	L	Y	A	Y	Y	G	F	V	P
Template Known Secondary structure						.		T	T	T		S			S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	S			S	S					S	S				S	S
Template Predicted Secondary structure						.										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		541	.	.	.		.	.	.	.	.	550	.	.	.																																																.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.
		493	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.		.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.
Predicted Secondary structure																										.
Query SS confidence																										.
Query Sequence		E	R	M	P	G	W	R	D	P	R	N	F	I	I	V	S	D	P	Y	P	T	V	S	A	.	L	A	A	D	L	I	L	P	T	A	M	W	V	E	K	E	G	A	Y	G	N	A	E	R	R	T	Q	F	W	R	Q	Q	V	Q	A	P	G	E	A	K	S	D	L	W	Q	L	V	Q	F	S	R	R	F	K	T
Query Conservation																										.
Alig confidence				.	.																					.
Template Conservation				.	.
Template Sequence		P	E	.	.	E	A	L	K	G	K	R	F	V	V	M	H	L	S	H	L	H	P	L	A	E	R	Y	A	H	V	V	L	P	A	P	T	F	Y	E	K	R	G	H	L	V	N	L	E	G	R	V	L	P	L	S	P	A	P	I	E	N	G	E	A	E	G	A	L	Q	V	L	A	L	L	A	E	A	L	G	V
Template Known Secondary structure				.	.				T	T		S							S	S			T	T						S								G	G	G								T	T	S	B																													S
Template Predicted Secondary structure				.	.
Template SS confidence
		573	.			.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650
		572	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		E	E	V	W	P	E	D	L	L	A	K	K	P	E	L	R	G	K	T	L	Y	E	V	L	Y	A	T	P	E	V	S	K	F	P	V	S	E	L	A	E	D	Q	L	N	D	E	S	R	E	L	G	F	Y	L	Q	K	G	L	F	E	E	Y	A	W	F	G	R	G	H	G	H	D	L	A	P	F	D	D	Y	H
Query Conservation
Alig confidence																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		R	P	P	F	R	L	H	L	E	A	Q	K	A	L	K	A	R	K	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure				S		S	S											T	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		651	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.	.	.	.
		652	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.	.	.	.	.	670	.	.	.	.	.	.	.	.	.	680	.	.	.	.	.	.	.	.	.	690	.	.	.	.	.	.	.	.	.	700	.	.	.	.	.	.	.	.	.	710	.	.	.	.	.	.	.	.	.	720	.	.	.	.	.	.	.	.	.	730	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		K	A	R	G	L	R	W	P	V	V	N	G	K	E	T	Q	W	R	Y	S	E	G	N	D	P	Y	V	K	A	G	E	G	Y	K	F	Y	G	K	P	D	G	K	A	V	I	F	A	L	P	F	E	P	A	A	E	A	P	D	E	E	Y	D	L	W	L	S	T	G	R	V	L	E	H	W	H	T	G	S	M	T
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	V	P	E	A	M	G	R	L	S	F	R	L	K	E	L	R	P	K	E	R	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	K	G	A	F	Y	L	R	P	T	M	W
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.				S	S		B														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.			S							S	S
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
																																					669	670	.	.	.	.	.	.	.	.	.	680	.	.	.	.	.	.	.	.															.	690	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		732	.	.	.	.	.	.	.	740	.	.	.	.	.	.	.	.	.	750	.	.	.	.	.	.	.	.	.	760	.	.	.	.	.	.	.	.	.	770	.	.	.	.	.	.	.	.	.	780	.	.	.	.	.	.	.	.	.	790	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		R	R	V	P	E	L	H	R	A	F	P	E	A	V	L	F	I	H	P	L	D	A	K	A	R	D	L	R	R	G	D	K	V	K	V	V	S	R	R	G	E	V	I	S	I	V	E	T	R	G	R	N	R	P	P	Q	G	L	V	Y	M	P	F	F	D	A	A	Q
Query Conservation
Alig confidence																																																								.	.
Template Conservation																																																								.	.
Template Sequence		K	A	H	Q	A	V	G	K	A	Q	E	A	A	R	A	W	A	H	P	E	T	A	R	A	E	A	L	P	E	G	A	Q	V	A	V	E	T	P	F	G	R	V	E	A	R	V	V	H	R	E	D	V	P	K	.	.	G	H	L	Y	L	S	A	L	G	P	A	A
Template Known Secondary structure			G	G	G		S	T	T	S										S	S	S		S	T	T	T			T	T								T	T							S		S	S					S	.	.	S
Template Predicted Secondary structure																																																								.	.
Template SS confidence
		700	.	.	.	.	.	.	.	.	.	710	.	.	.	.	.	.	.	.	.	720	.	.	.	.	.	.	.	.	.	730	.	.	.	.	.	.	.	.	.	740	.	.	.	.	.	.	.	.	.	750	.	.	.			.	.	.	.	.	.	760	.	.	.	.	.