Job Description P33937 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 11:52:56 GMT 2012 Rank 14 Aligned Residues 699 % Identity 17% Template c1eu1A_ PDB info PDB header:oxidoreductase Chain: A: PDB Molecule:dimethyl sulfoxide reductase; PDBTitle: the crystal structure of rhodobacter sphaeroides dimethylsulfoxide2 reductase reveals two distinct molybdenum coordination environments. Resolution 1.30 Å

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		44	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.												.	.	.	.	.	.	110	.	.
Predicted Secondary structure																																																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		A	P	C	R	F	C	G	T	G	C	G	V	L	V	G	T	Q	Q	G	R	V	V	A	C	Q	G	D	P	D	A	P	V	N	R	G	L	N	C	I	K	G	Y	F	L	P	K	I	M	Y	G	K	D	R	L	T	Q	P	L	L	R	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	M	K	N	G	K	Y	D	K	E
Query Conservation																																																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence								.																																			.	.	.	.																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.			.	.	.
Template Conservation								.																																			.	.	.	.																													.	.	.
Template Sequence		E	V	M	S	G	C	.	H	W	G	V	F	K	A	R	V	E	N	G	R	A	V	A	F	E	P	W	D	K	D	P	A	P	S	H	Q	L	P	G	V	L	.	.	.	.	D	S	I	Y	S	P	T	R	I	K	Y	P	M	V	R	R	E	F	L	E	K	G	V	N	A	D	R	S	.	.	.	T	R	G	N
Template Known Secondary structure								.	T	T									T	T									T	T		S	S			T	T						.	.	.	.		T	T	T	S	T	T	B			S											G	G	G	S		G	G	.	.	.	G	T	T	S
Template Predicted Secondary structure								.																																			.	.	.	.																													.	.	.
Template SS confidence
		7	.	.	10	.	.		.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.					.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.				.	.	.	.
		113	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.			170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190
Predicted Secondary structure																																																											.	.
Query SS confidence																																																											.	.
Query Sequence		G	E	F	T	P	I	T	W	D	Q	A	F	D	V	M	E	E	K	F	K	T	A	L	K	E	K	G	P	E	S	I	G	M	F	G	S	G	Q	W	T	I	W	E	G	Y	A	A	S	K	L	F	K	A	G	F	R	S	.	.	N	N	I	D	P	N	A	R	H	C	M	A	S	A	V	V	G	F	M	R	T
Query Conservation																																																											.	.
Alig confidence																																																											.	.
Template Conservation
Template Sequence		G	D	F	V	R	V	T	W	D	E	A	L	D	L	V	A	R	E	L	K	R	V	Q	E	S	Y	G	P	T	G	T	F	G	G	S	Y	G	W	K	S	P	G	R	L	H	N	C	Q	V	L	M	R	R	A	L	N	L	A	G	G	F	V	N	S	S	G	D	Y	S	T	A	A	A	Q	I	I	M	P	H	V
Template Known Secondary structure		S																											G	G	G													S	S															T			B				S		S	S	S	T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		79	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.
		191	.	.					.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.						.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.		.	.	.	.	.	.	.	260
Predicted Secondary structure					.	.	.	.																																	.	.	.	.	.																												.
Query SS confidence					.	.	.	.																																	.	.	.	.	.																												.
Query Sequence		F	G	M	.	.	.	.	D	E	P	M	G	C	Y	D	D	I	E	Q	A	D	A	F	V	L	W	G	A	N	M	A	E	M	H	P	I	L	W	S	.	.	.	.	.	R	I	T	N	R	R	L	S	N	Q	N	V	T	V	A	V	L	S	T	Y	Q	H	R	S	F	E	L	.	A	D	N	G	I	I	F	T
Query Conservation					.	.	.	.																																	.	.	.	.	.																												.
Alig confidence					.	.	.	.																																	.	.	.	.	.																												.
Template Conservation
Template Sequence		M	G	T	L	E	V	Y	E	Q	Q	T	A	W	P	V	V	V	E	N	T	D	L	M	V	F	W	A	A	D	P	M	K	T	N	E	I	G	W	V	I	P	D	H	G	A	Y	A	G	M	K	A	L	K	E	K	G	T	R	V	I	I	N	P	V	R	T	E	T	A	D	Y	F	G	A	D	V	V	S	P	R
Template Known Secondary structure		T	S	S			T	T	S			S										S						S							T	T			S	S	B																T							S	B									T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		159	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.
		261	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																																													.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																																													.	.	.	.	.
Query Sequence		P	Q	S	D	L	V	I	L	N	Y	I	A	N	Y	I	I	Q	N	N	A	I	N	Q	D	F	F	S	K	H	V	N	L	R	K	G	A	T	D	I	G	Y	G	L	R	P	T	H	P	L	E	K	A	A	K	N	P	G	S	D	A	S	E	P	M	S	F	E	D	Y	K	A	F	V	A	E	.	.	.	.	.
Query Conservation																																																																													.	.	.	.	.
Alig confidence																																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.													.	.	.	.	.
Template Conservation																																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		P	Q	T	D	V	A	L	M	L	G	M	A	H	T	L	Y	S	E	D	L	H	D	K	D	F	L	E	N	C	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	G	F	D	L	F	A	A	Y	L	T	G	E	S	D	G	T
Template Known Secondary structure		T	T																T	T		S										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.											T	T	T	T	T	S
Template Predicted Secondary structure																																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																		270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.
			336	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.
Query SS confidence		.
Query Sequence		.	Y	T	L	E	K	T	A	E	M	T	G	V	P	K	D	Q	L	E	Q	L	A	Q	L	Y	A	D	P	N	K	K	V	I	S	Y	W	T	M	G	F	N	Q	H	T	R	G	V	W	A	N	N	L	V	Y	N	L	H	L	L	T	G	K	I	S	Q	P	G	C	G	P	F	S	L	T	G	Q	P	S	A	C
Query Conservation		.
Alig confidence		.																													.	.
Template Conservation																															.	.
Template Sequence		P	K	T	A	E	W	A	A	E	I	C	G	L	P	A	E	Q	I	R	E	L	A	R	S	F	V	A	G	R	.	.	T	M	L	A	A	G	W	S	I	Q	R	M	H	H	G	E	Q	A	H	W	M	L	V	T	L	A	S	M	I	G	Q	I	G	L	P	G	G	G	F	G	L	S	Y	H	Y	S	N	G	G
Template Known Secondary structure														S														S	S		.	.							S	G	G	G	S	S	T	T	T															T		T	T	S	T	T					S		T	T	S	T	T	T	T
Template Predicted Secondary structure																															.	.
Template SS confidence
		287	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.			.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.
		415	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		G	T	A	R	E	V	G	T	F	A	H	R	L	P	A	D	M	V	V	T	N	E	K	H	R	D	I	C	E	K	K	W	N	I	P	S	G	T	I	P	A	K	I	G	L	H	A	V	A	Q	D	R	A	L	K	D	G	K	L	N	V	Y	W	T	M	C	T	N	N	M	Q	A	G	P	N	I	N	E	E	R
Query Conservation
Alig confidence																																										.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																										.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		S	P	T	S	D	G	P	A	L	G	G	I	S	D	G	G	E	G	G	A	T	S	I	P	C	A	R	V	V	D	M	L	L	N	P	G	G	E	F	Q	.	.	.	.	.	.	.	.	F	N	G	A	T	A	T	Y	P	D	V	K	L	A	Y	W	A	G	G	N	P	F	A	H	H	Q	D	R	N	R	M	L
Template Known Secondary structure		S				S																S				G	G	G								T	T					.	.	.	.	.	.	.	.		T	T															S							S	S
Template Predicted Secondary structure																																										.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		365	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.									.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.
		495	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.				.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.
Predicted Secondary structure																																													.	.	.
Query SS confidence																																													.	.	.
Query Sequence		M	P	G	W	R	D	P	R	N	F	I	I	V	S	D	P	Y	P	T	V	S	A	L	A	A	D	L	I	L	P	T	A	M	W	V	E	K	E	G	A	Y	G	N	.	.	.	A	E	R	R	T	Q	F	W	R	Q	Q	V	Q	A	P	G	E	A	K	S	D	L	W	Q	L	V	Q	F	S	R	R	F	K	T
Query Conservation																																													.	.	.
Alig confidence		.	.																																										.	.	.
Template Conservation		.	.
Template Sequence		.	.	K	A	W	E	K	L	E	T	F	I	V	Q	D	F	Q	W	T	A	T	A	R	H	A	D	I	V	L	P	A	T	T	S	Y	E	R	N	D	I	E	S	V	G	D	Y	S	N	R	A	I	L	A	M	K	K	V	V	D	P	L	Y	E	A	R	S	D	Y	D	I	F	A	A	L	A	E	R	L	G	K
Template Known Secondary structure		.	.			G	G	G		S							S	B							T		S					B			G	G	G	S								T	T	T											S				T	T		B													T	T
Template Predicted Secondary structure		.	.
Template SS confidence
				447	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.
		572	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		E	E	V	W	P	E	D	L	L	A	K	K	P	E	L	R	G	K	T	L	Y	E	V	L	Y	A	T	P	E	V	S	K	F	P	V	S	E	L	A	E	D	Q	L	N	D	E	S	R	E	L	G	F	Y	L	Q	K	G	L	F	E	E	Y	A	W	F	G	R	G	H	G	H	D	L	A	P	F	D	D	Y	H
Query Conservation
Alig confidence																																																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		G	A	E	F	T	E	G	R	D	E	M	G	W	I	S	S	F	Y	E	A	A	V	K	Q	A	E	F	K	N	V	A	M	P	S	F	E	D	F	W	S	E	G	I	V	E	F	P	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	I	T	E	G	A	N	F	V	R	Y	A	D	F	R	E
Template Known Secondary structure							T	T																					T	T																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.		S	G	G	G	G			T	T
Template Predicted Secondary structure																																																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		525	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.																			.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.
		652	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.	.	.	.	.	670	.	.	.	.	.	.	.	.	.	680	.	.	.	.	.	.	.	.	.	690	.	.	.	.	.	.	.	.	.	700	.	.	.	.	.	.	.	.	.	710	.	.	.	.	.	.	.	.	.	720	.	.	.	.	.	.	.	.	.	730	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		K	A	R	G	L	R	W	P	V	V	N	G	K	E	T	Q	W	R	Y	S	E	G	N	D	P	Y	V	K	A	G	E	G	Y	K	F	Y	G	K	P	D	G	K	A	V	I	F	A	L	P	F	E	P	A	A	E	A	P	D	E	E	Y	D	L	W	L	S	T	G	R	V	L	E	H	W	H	T	G	S	M	T
Query Conservation
Alig confidence																																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		D	P	L	F	N	P	L	G	T	P	S	G	L	I	E	I	Y	S	K	N	I	E	K	M	G	Y	D	D	C	P	A	H	P	T	W	M	E	P	A	E	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	R	L	G	G	A	G	A	K	Y	P	L	H	V	V	A	S	H	P	K	S	R	L	H	S	Q	L	N	G
Template Known Secondary structure			T	T	T	S			S	S	T	T	S	S			S	S										T	T	S		S	S							S	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.		T	T		T	T			S	S									S	S	S	B	T	T	B	T	T	T
Template Predicted Secondary structure																																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		587	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.													.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.
		732	.	.	.	.	.	.	.	740	.	.	.	.	.	.	.	.	.	750	.	.	.	.	.	.	.	.	.	760	.	.	.	.	.	.	.	.	.	770	.	.	.	.	.	.	.	.	.	780	.	.	.	.	.	.	.	.	.	790	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		R	R	V	P	E	L	H	R	A	F	P	E	A	V	L	F	I	H	P	L	D	A	K	A	R	D	L	R	R	G	D	K	V	K	V	V	S	R	R	G	E	V	I	S	I	V	E	T	R	G	R	N	R	P	P	Q	G	L	V	Y	M	P	F	F	D	A	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation																																																																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																																																								.	.											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																								.	.
Template Sequence		T	S	L	R	D	L	Y	A	V	A	G	H	E	P	C	L	I	N	P	A	D	A	A	A	R	G	I	A	D	G	D	V	L	R	V	F	N	D	R	G	Q	I	L	V	G	A	K	V	S	D	A	V	M	P	.	.	G	A	I	Q	I	Y	E	G	G	W	Y	D	P	L	D	P	S	E	E	G	T	L	D	K
Template Known Secondary structure		S	G	G	G	G	G	T		B	T	T	B												T	T	T			T	T								S	S											T	T	B		T	.	.	T						T	T					B	S		T	T	S	T	T			B	S
Template Predicted Secondary structure																																																								.	.
Template SS confidence
		655	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.	.	.	.	.	670	.	.	.	.	.	.	.	.	.	680	.	.	.	.	.	.	.	.	.	690	.	.	.	.	.	.	.	.	.	700	.	.	.	.	.	.	.	.			.	710	.	.	.	.	.	.	.	.	.	720	.	.	.	.	.	.	.	.	.	730	.	.
		798	.	800	.	.	.	.	.	.	.		.	.	810	.	.	.	.	.	.	.	.	.	820	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure												.
Query SS confidence												.
Query Sequence		A	Q	L	V	N	K	L	T	L	D	.	A	T	D	P	L	S	K	E	T	D	F	K	K	C	A	V	K	L	E	K
Query Conservation												.
Alig confidence												.
Template Conservation
Template Sequence		Y	G	D	V	N	V	L	S	L	D	V	G	T	S	K	L	A	Q	G	N	C	G	Q	T	I	L	A	D	V	E	K
Template Known Secondary structure		S			G	G	G	S						S		T	T	T					T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		733	.	.	.	.	.	.	740	.	.	.	.	.	.	.	.	.	750	.	.	.	.	.	.	.	.	.	760	.	.	.