Job Description P0A8M3 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 11:08:11 GMT 2012 Rank 7 Aligned Residues 374 % Identity 22% Template c2j3mA_ PDB info PDB header:ligase Chain: A: PDB Molecule:prolyl-trna synthetase; PDBTitle: prolyl-trna synthetase from enterococcus faecalis complexed2 with atp, manganese and prolinol Resolution 2.3 Å

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		255	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.		.	.	.	.	.	.	330	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																																							.
Query SS confidence																																																																							.
Query Sequence		H	M	Q	E	E	A	P	G	M	V	F	W	H	N	D	G	W	T	I	F	R	E	L	E	V	F	V	R	S	K	L	K	E	Y	Q	Y	Q	E	V	K	G	P	F	M	M	D	R	V	L	W	E	K	T	G	H	W	D	N	Y	K	D	A	M	F	T	T	S	S	E	.	N	R	E	Y	C	I	K	P	M	N
Query Conservation																																																																							.
Alig confidence																																																																							.
Template Conservation
Template Sequence		Y	I	R	Q	V	A	A	G	I	Y	S	Y	L	P	L	A	N	R	V	L	E	K	L	K	T	I	M	R	E	E	F	E	K	I	D	A	V	E	M	L	M	P	A	L	L	P	A	E	L	W	K	E	S	G	R	Y	E	T	Y	G	P	N	L	Y	R	L	K	D	R	N	D	R	D	Y	I	L	G	P	T	H
Template Known Secondary structure		S						T	T																									T	T	T								S											S					S		T	T	S						T	T								S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		31	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110
		334	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.		390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.
Predicted Secondary structure																																																										.
Query SS confidence																																																										.
Query Sequence		C	P	G	H	V	Q	I	F	N	Q	G	L	K	S	Y	R	D	L	P	L	R	M	A	E	F	G	S	C	H	R	N	E	P	S	G	S	L	H	G	L	M	R	V	R	G	F	T	Q	D	D	A	H	I	F	C	T	.	E	E	Q	I	R	D	E	V	N	G	C	I	R	L	V	Y	D	M	Y	S	T	F	G
Query Conservation																																																										.
Alig confidence																																						.																				.
Template Conservation																																						.
Template Sequence		E	E	T	F	T	E	L	I	R	D	E	I	N	S	Y	K	R	L	P	L	N	L	Y	Q	I	Q	T	K	Y	R	D	E	K	R	S	R	.	S	G	L	L	R	G	R	E	F	I	M	K	D	G	Y	S	F	H	A	D	E	A	S	L	D	Q	S	Y	R	D	Y	E	K	A	Y	S	R	I	F	E	R	C	G
Template Known Secondary structure															B	G	G	G																S				.	S	G	G	G	G		S												S	S																						T	T
Template Predicted Secondary structure																																						.
Template SS confidence
		111	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.		.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		413	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		F	E	K	I	V	V	K	L	S	T	R	P	E	K	R	I	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		L	E	F	R	A	I	I	G	D	G	G	K	D	S	K	E	F	M	A	I	S	E	I	G	E	D	T	I	C	Y	S	T	E	S	D	Y	A	A	N	L	E	M	A	T	S	L	Y	T	P	K	K	S	H	E	T	Q	L	D	L	E	K	I	A	T	P	E	V	G	T	I	A	E	V	A	N	F	F	E	V	E
Template Known Secondary structure																							T	T		S							S	S	S	S					T	T	T																							T	T			S									T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.
																									429	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	S	D	E	M	W	D	R	A	E	A	D	L	A	V	A	L	E	E	N	N	I	P	F	E	Y	Q	L	G	E	G	A	F	Y	G	P	K	I	E	F	T	L	Y	D	C	L	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		P	Q	R	I	I	K	S	V	L	F	I	A	D	E	E	P	V	M	V	L	V	R	G	D	H	D	V	N	D	V	K	L	K	N	F	L	G	A	D	F	L	D	E	A	T	E	E	D	A	R	R	V	L	G	A	G	F	G	S	I	G	P	V	N	V	S	E	D	V	K	I	Y	A	D	L	A	V	Q	D	L
Template Known Secondary structure		T	T	T	B									T	T									T	T			B										T		S															S	S		G	G	G			S	S	S			T	T	S						G	G	G	G	G
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		274	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.
												475	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.																																									.	.	.	.	500	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	D	R	A	W	Q	C	G	T	V	Q	L	D	F	S	L	P	S	R	L	S	A	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	Y	V	G	E	D	N	E	R
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		A	N	A	I	V	G	A	N	E	D	G	Y	H	L	T	N	V	N	P	D	R	D	F	Q	P	I	S	Y	E	D	L	R	F	V	Q	E	G	D	P	S	P	D	G	N	G	V	L	A	F	T	K	G	I	E	I	G	H	I	F	K	L	G	T	R	Y	S	D	A	M	G	A	T	V	L	D	E	N	G	R	E
Template Known Secondary structure			S						S	S	T	T								B	T	T	T	B			S						B				T	T		B		T	T	S	S	S	B																	T							T						T	T	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		354	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.
		505	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.					.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.				.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																														.	.	.	.																.	.	.
Query SS confidence																														.	.	.	.																.	.	.
Query Sequence		K	V	P	V	M	I	H	R	A	I	L	G	S	M	E	R	F	I	G	I	L	T	E	E	F	A	G	F	.	.	.	.	F	P	T	W	L	A	P	V	Q	V	V	I	M	N	I	.	.	.	T	D	S	Q	S	E	Y	V	N	E	L	T	Q	K	L	S	N	A	G	I	R	V	K	A	D	L	R	N	E	K
Query Conservation																														.	.	.	.																.	.	.
Alig confidence												.	.																	.	.	.	.																.	.	.
Template Conservation												.	.
Template Sequence		K	S	V	I	M	G	C	Y	G	I	.	.	G	V	S	R	L	L	S	A	I	V	E	Q	N	A	D	E	R	G	I	N	W	P	T	G	I	A	P	F	D	L	H	V	V	Q	M	N	V	K	D	E	Y	Q	T	K	L	S	Q	E	V	E	A	M	M	T	E	A	G	Y	E	V	L	V	D	D	R	N	E	R
Template Known Secondary structure												.	.															B	T	T	B	S				T	T	T	S	S		S						S		T	T																		T	T								S	S
Template Predicted Secondary structure												.	.
Template SS confidence
		434	.	.	.	.	.	440	.	.	.			.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.
		578	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		I	G	F	K	I	R	E	H	T	L	R	R	V	P	Y	M	L	V	C	G	D	K	E	V	E	S	G	K	V	A	V	R	T	R	R	G	K	D	L	G	S	M	D	V	N	E	V	I	E	K	L	Q	Q	E	I
Query Conservation
Alig confidence																											.
Template Conservation																											.
Template Sequence		A	G	V	K	F	A	D	A	D	L	I	G	C	P	I	R	I	T	V	G	K	K	A	V	D	.	G	V	V	E	V	K	I	K	R	T	G	E	M	L	E	V	R	K	E	E	L	E	S	T	L	S	I	L	M
Template Known Secondary structure													T		S						S	T	T	G	G	G	.	T							T	T	T	T							G	G	G
Template Predicted Secondary structure																											.
Template SS confidence
		512	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.		.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.