Job Description P0A8M3 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 11:08:11 GMT 2012 Rank 24 Aligned Residues 371 % Identity 15% Template c2cj9A_ PDB info PDB header:ligase Chain: A: PDB Molecule:seryl-trna synthetase; PDBTitle: crystal structure of methanosarcina barkeri seryl-trna2 synthetase complexed with an analog of seryladenylate Resolution 2.3 Å

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		123	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		R	M	H	E	L	A	E	K	N	Y	D	V	I	K	K	K	V	S	W	H	E	A	R	E	T	F	A	N	R	G	E	S	Y	K	V	S	I	L	D	E	N	I	A	H	D	D	K	P	G	L	Y	F	H	E	E	Y	V	D	M	C	R	G	P	H	V	P	N	M	R	F	C	H	H	F	K	L	M	K	T	A
Query Conservation
Alig confidence																												.	.														.	.																										.	.
Template Conservation																												.	.														.	.																										.	.
Template Sequence		R	L	R	K	Q	L	A	E	G	I	E	V	E	S	F	I	I	K	V	P	A	D	H	E	L	R	.	.	M	L	K	V	P	Y	I	K	S	M	E	N	I	.	.	E	G	G	I	Q	L	E	L	E	V	G	E	A	E	M	K	N	R	V	P	D	R	I	L	T	.	.	L	L	E	E	K	I	E	A	A	K
Template Known Secondary structure							T																S	S				.	.					T	T								.	.	S	S															T	T								.	.
Template Predicted Secondary structure																												.	.														.	.																										.	.
Template SS confidence
		76	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.			.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.			.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.			140	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		203	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		G	A	Y	W	R	G	D	S	N	N	K	M	L	Q	R	I	Y	G	T	A	W	A	D	K	K	A	L	N	A	Y	L	Q	R	L	E	E	A	A	K	R	D	H	R	K	I	G	K	Q	L	D	L	Y	H	M	Q	E	E	A	P	G	M	V	F	W	H	N	D	G	W	T	I	F	R	E	L	E	V	F	V	R
Query Conservation
Alig confidence																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																		.	.
Template Conservation																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																		.	.
Template Sequence		A	E	H	W	N	L	L	W	Q	R	E	P	M	E	H	P	F	K	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	E	D	P	T	Q	A	M	M	K	E	G	W	L	K	R	G	S	.	.	S	R	G	Q	W	I	H	G	P	Q	S	A	R	I	F	R	T	F	E	K	I	V	L
Template Known Secondary structure																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S									T	T	S					S	.	.	S	T	T
Template Predicted Secondary structure																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																		.	.
Template SS confidence
		165	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.																					.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.			200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.
		283	.	.		.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.																																.	.	.	.	.	.	.	330
Predicted Secondary structure					.																																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence					.																																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		S	K	L	.	K	E	Y	Q	Y	Q	E	V	K	G	P	F	M	M	D	R	V	L	W	E	K	T	G	H	W	D	N	Y	K	D	A	M	F	T	T	S	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	E	N	R	E	Y	C	I	K
Query Conservation					.																																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence					.																																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		E	E	L	L	E	P	L	G	Y	R	E	M	I	F	P	K	L	V	T	W	E	V	W	M	K	S	G	H	A	K	G	V	Y	P	E	I	Y	Y	V	C	P	P	Q	T	R	D	P	D	Y	W	E	E	V	A	D	Y	Y	K	V	T	H	E	V	P	T	K	L	I	K	E	K	I	A	E	P	I	G	G	M	C
Template Known Secondary structure				T	T	T	T	T	T								S											S	G	G	G	T		G	G	G							B	S																		S	S										B		S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		223	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.
		331	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360		.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																.
Query SS confidence																																.
Query Sequence		P	M	N	C	P	G	H	V	Q	I	F	N	Q	G	L	K	S	Y	R	D	L	P	L	R	M	A	E	F	G	S	.	C	H	R	N	E	P	S	G	S	L	H	G	L	M	R	V	R	G	F	T	Q	D	D	A	H	I	F	C	T	E	E	Q	I	R	D	E	V	N	G	C	I	R	L	V	Y	D	M	Y	S
Query Conservation																																.
Alig confidence																																.						.
Template Conservation																																						.
Template Sequence		Y	A	Q	C	P	P	F	W	M	Y	V	A	G	E	T	L	P	N	E	E	I	P	V	K	V	F	D	R	S	G	T	S	H	R	Y	E	.	S	G	G	I	H	G	I	E	R	V	D	E	F	H	R	I	E	I	V	W	I	G	T	K	E	E	V	L	K	C	A	E	E	L	H	D	R	Y	M	H	I	F	N
Template Known Secondary structure		S	S	S	S	G	G	G	G	G	G	T	T	T					G	G	G		S							S	S							.		S	S				T	T	S		S
Template Predicted Secondary structure																																						.
Template SS confidence
		303	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.		.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.
		410		.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure			.
Query SS confidence			.
Query Sequence		T	.	F	G	F	E	K	I	V	V	K	L	S	T	R	P	E	K	R	I	G	S	D	E	M	W	D	R	A	E	A	D	L	A	V	A	L	E	E	N	N	I	P	F	E	Y	Q	L	G	E	G	A	F	Y	G	P	K	I	E	F	T	L	Y	D	C	L	D	R	A	W	Q	C	G	T	V	Q	L	D	F	S
Query Conservation			.
Alig confidence			.					.									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation								.									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		D	I	L	D	I	E	.	W	R	K	A	R	V	T	P	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	W	F	M	A	Q	E	G	L	L	G	L	A	E	E	N	T	V	G	T	T	D	Y	E	A	C	L	P	Y	R	G	P	D	G	E	W	L	E	F	Q	N	V	S	I	N	G	D
Template Known Secondary structure			T	S				.							S		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.						T	T			S			S	S	S	S											G	G	G		T	T														T
Template Predicted Secondary structure								.									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		382	.	.	.	.	.		.	.	390	.	.	.	.	.																				.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.
			489	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.			.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.																																																									.	.
Query SS confidence		.																																																									.	.
Query Sequence		.	L	P	S	R	L	S	A	S	Y	V	G	E	D	N	E	R	K	V	P	V	M	I	H	R	A	I	L	G	S	M	E	R	F	I	G	I	L	T	E	E	F	A	G	F	F	P	T	W	L	A	P	V	Q	V	V	I	.	.	M	N	I	T
Query Conservation		.																																																									.	.
Alig confidence		.														.	.	.	.	.											.																												.	.
Template Conservation																.	.	.	.	.											.
Template Sequence		K	Y	P	K	G	F	N	V	K	L	Q	S	G	D	.	.	.	.	.	E	L	W	S	G	C	S	G	V	G	.	L	E	R	W	A	A	V	F	L	A	Q	K	G	L	D	P	A	N	W	P	E	E	F	R	N	R	V	G	E	M	P	K	G
Template Known Secondary structure								T				T	T			.	.	.	.	.											.														S		T	T	T	S										S
Template Predicted Secondary structure																.	.	.	.	.											.
Template SS confidence
		442	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.						.	.	.	.	460	.	.	.	.	.		.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.