Job Description P13035 Confidence 99.77% Date Thu Jan 5 11:33:30 GMT 2012 Rank 30 Aligned Residues 413 % Identity 12% Template c3atrA_ PDB info PDB header:oxidoreductase Chain: A: PDB Molecule:conserved archaeal protein; PDBTitle: geranylgeranyl reductase (ggr) from sulfolobus acidocaldarius co-2 crystallized with its ligand Resolution 1.80 Å

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		1	.	.			.	.	.	.	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure					.	.
Query SS confidence					.	.
Query Sequence		M	E	T	.	.	K	D	L	I	V	I	G	G	G	I	N	G	A	G	I	A	A	D	A	A	G	R	G	L	S	V	L	M	L	E	A	Q	D	L	A	C	A	T	S	S	A	S	S	K	L	I	H	G	G	L	R	Y	L	E	H	Y	E	F	R	L	V	S	E	A	L	A	E	R	E	V	L	L	K	M	A
Query Conservation					.	.
Alig confidence					.	.																																																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		M	K	E	L	K	Y	D	V	L	I	I	G	G	G	F	A	G	S	S	A	A	Y	Q	L	S	R	R	G	L	K	I	L	L	V	D	S	K	P	W	N	R	I	G	D	K	P	C	G	D	A	V	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	K	A	H	F	D	K	L	G	M	P	Y	P	K	G
Template Known Secondary structure								S							S											S	S	S	S								S	S		G	G	G	T	T		S								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.							T	T						G
Template Predicted Secondary structure																																																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		1	.	.	.	.	.	.	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.															.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.
		79	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		P	H	I	A	F	P	M	R	F	R	L	P	H	R	P	H	L	R	P	A	W	M	I	R	I	G	L	F	M	Y	D	H	L	G	K	R	T	S	L	P	G	S	T	G	L	R	F	G	A	N	S	V	L	K	P	E	I	K	R	G	F	E	Y	S	D	C	W	V	D	D	A	R	L	V	L	A	N	A	Q	M
Query Conservation
Alig confidence																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		E	E	L	E	N	K	I	N	G	I	K	L	Y	S	P	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	D	M	Q	T	V	W	T	V	N	G	E	G	F	E	L	N	A	P	L	Y	N	Q	R	V	L	K	E
Template Known Secondary structure		G	G													T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	S	S
Template Predicted Secondary structure																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		67	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.																																							.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.
		159	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180		.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220							.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.
Predicted Secondary structure																								.																																									.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																								.																																									.	.	.	.	.	.
Query Sequence		V	V	R	K	G	G	E	V	L	T	R	T	R	A	T	S	A	R	R	E	N	G	.	L	W	I	V	E	A	E	D	I	D	T	G	K	K	Y	S	W	Q	A	R	G	L	V	N	A	T	G	P	W	V	K	Q	F	F	D	D	G	M	H	L	.	.	.	.	.	.	P	S	P	Y	G	I	R	L	I	K	G
Query Conservation																								.																																									.	.	.	.	.	.
Alig confidence																								.																																.									.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																								.
Template Sequence		A	Q	D	R	G	V	E	I	W	D	L	T	T	A	M	K	P	I	F	E	D	G	Y	V	K	G	A	V	L	F	N	R	R	T	N	E	E	L	T	V	Y	S	K	V	V	V	E	A	T	G	Y	S	R	S	.	F	R	S	K	L	P	P	E	L	P	I	T	E	D	L	D	D	K	D	A	D	V	A	Y	R
Template Known Secondary structure					T	T					S	S										T	T										T	T	T	T								S							G	G	G		T	.	T	G	G	G	S		T	T	S	G	G	G					G	G	G
Template Predicted Secondary structure																																																								.
Template SS confidence
		109	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.		.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.
		232	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.					250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																				.	.	.	.
Query SS confidence																				.	.	.	.
Query Sequence		S	H	I	V	V	P	R	V	H	T	Q	K	Q	A	Y	I	L	Q	.	.	.	.	N	E	D	K	R	I	V	F	V	I	P	W	M	D	E	F	S	I	I	G	T	T	D	V	E	Y	K	G	D	P	K	A	V	K	I	E	E	S	E	I	N	Y	L	L	N	V	Y	N	T	H	F	K	K	Q	L	S	R	D
Query Conservation																				.	.	.	.
Alig confidence																				.	.	.	.																						.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																													.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		E	V	L	L	T	K	E	D	I	E	D	H	D	Y	L	R	I	F	I	D	Q	E	T	S	P	G	G	Y	W	W	Y	F	P	K	G	K	N	K	V	N	V	G	L	.	.	.	.	.	.	.	.	G	I	Q	G	G	M	G	Y	P	S	I	H	E	Y	Y	K	K	Y	L	D	K	Y	A	P	D	V	D	K	S
Template Known Secondary structure							S	S			T	T	T	T								T	T	T	S	T	T	S									T	T							.	.	.	.	.	.	.	.				S	S	S																		T	T
Template Predicted Secondary structure																																													.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		188	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230									.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		308	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		D	I	V	W	T	Y	S	G	V	R	P	L	C	D	D	E	S	D	S	P	Q	A	I	T	R	D	Y	T	L	D	I	H	D	E	N	G	K	A	P	L	L	S	V	F	G	G	K	L	T	T	Y	R	K	L	A	E	H	A	L	E	K	L	T	P	Y	Y	Q	G	I	G	P	A	W	T	K	E	S	V	L	P
Query Conservation
Alig confidence													.	.	.	.																											.	.																															.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation													.	.	.	.																											.	.																															.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		K	L	L	V	K	G	G	A	L	V	P	.	.	.	.	T	R	R	P	L	Y	T	M	A	W	N	G	I	I	V	I	G	D	S	G	F	T	V	N	P	V	.	.	H	G	G	G	K	G	S	A	M	I	S	G	Y	C	A	A	K	A	I	L	S	A	F	E	T	G	D	F	S	A	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure													.	.	.	.		S	S			S		S			T	T					G	G	G	G	T		S		T	T	.	.	T																									T			S	T	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure													.	.	.	.																											.	.																															.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270					.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.			.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.
		388	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.		.	.	.	460	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																																							.
Query SS confidence																																																																							.
Query Sequence		G	G	A	I	E	G	D	R	D	D	Y	A	A	R	L	R	R	R	Y	P	F	L	T	E	S	L	A	R	H	Y	A	R	T	Y	G	S	N	S	E	L	L	L	G	N	A	G	T	V	S	D	L	G	E	D	F	G	H	E	F	Y	E	A	E	L	K	Y	L	V	D	.	H	E	W	V	R	R	A	D	D	A
Query Conservation																																																																							.
Alig confidence		.																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																					.
Template Conservation		.																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	S	G	L	W	D	M	N	I	C	Y	V	N	E	Y	G	A	K	Q	A	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	L	D	I	F	R	R	F	L	Q	K	L	S	N	D	D	I	N	Y	G	M	K	K	K	I	I	K	E	E	D	L	L	E	A	S	E	K	G	D	L	H	L	S	V	A	D	K
Template Known Secondary structure		.	T	T	T	T										T						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.										T	T												T	T	S	S
Template Predicted Secondary structure		.																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
			327	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.														.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.
		467	.	.	470	.	.	.					.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.
Predicted Secondary structure									.	.	.	.
Query SS confidence									.	.	.	.
Query Sequence		L	W	R	R	T	K	Q	.	.	.	.	G	M	W	L	N	A	D	Q	Q	S	R	V	S	Q	W	L	V	E	Y	T	Q	Q	R	L	S	L	A	S
Query Conservation									.	.	.	.
Alig confidence									.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		A	M	R	V	I	S	G	L	G	R	P	S	L	L	F	K	L	K	A	V	A	E	S	M	K	K	I	K	E	L	Y	L	N	Y	P	R	S	P	S
Template Known Secondary structure							T	T			S			G	G	G	G																	T			S	S	G	G
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		393	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.