Job Description P37661 Confidence 99.94% Date Thu Jan 5 11:56:34 GMT 2012 Rank 15 Aligned Residues 256 % Identity 15% Template c3m8yC_ PDB info PDB header:isomerase Chain: C: PDB Molecule:phosphopentomutase; PDBTitle: phosphopentomutase from bacillus cereus after glucose-1,6-bisphosphate2 activation Resolution 2.10 Å

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		246	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.				.	260	.	.	.	.	.	.	.	.														.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure															.	.	.											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence															.	.	.											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		D	D	T	Y	V	V	F	I	I	G	E	T	T	.	.	.	R	W	D	H	M	G	I	F	G	Y	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	E	R	N	T	T	P	K	L	A	Q	E	K	N	L	A	A	F	R	G	Y	S	C	D	T	A	T	K	L	S	L	R	C	M	F	V	R	Q	G	G	A	E
Query Conservation															.	.	.											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence															.	.	.											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.													.	.	.
Template Conservation																																																					.	.	.
Template Sequence		K	Y	K	R	I	F	L	V	V	M	D	S	V	G	I	G	E	A	P	D	A	E	Q	F	G	D	L	G	S	D	T	I	G	H	I	A	E	H	M	N	G	L	Q	M	P	N	M	V	K	L	G	.	.	.	L	G	N	I	R	E	M	K	G	I	S	K	V	E	K	P	L	G	Y	Y	T	K	M	Q	E	K
Template Known Secondary structure				S								T	T				S	B		T	T	T	T	T	T	T		T	T												T	S										T	.	.	.							B	T	T	B				S	S		S	S
Template Predicted Secondary structure																																																					.	.	.
Template SS confidence
		3	.	.	.	.	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.				.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.
																							310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	D	N	P	Q	R	T	L	K	E	Q	N	I	F	A	V	L	K	Q	L	G	F	S	S	D	L	Y	A	M	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		S	T	G	K	D	M	T	G	H	W	E	I	M	G	L	Y	I	D	T	P	F	Q	V	F	P	E	G	F	P	K	E	L	L	D	E	L	E	E	K	T	G	R	K	I	I	G	N	K	P	A	S	G	T	E	I	L	D	E	L	G	Q	E	Q	M	E	T	G	S	L	I	V	Y	T	S	A	D	S	V	L	Q
Template Known Secondary structure		S	S											T	T					S						T	T															S																																		S	S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.
																																				338	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	Q	S	E	M	W	F	Y	S	N	T	M	A	D	N	I	A	Y	R	E	Q	I	G	A	E	P	R	N	R	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		I	A	A	H	E	E	V	V	P	L	D	E	L	Y	K	I	C	K	I	A	R	E	L	T	L	D	E	K	Y	M	V	G	R	V	I	A	R	P	F	V	G	E	P	G	N	F	T	R	T	P	N	R	H	D	Y	A	L	K	P	F	G	R	T	V	M	N	E	L	K	D	S	D	Y	D	V	I	A	I	G	K
Template Known Secondary structure						T	T	T	S																T	T	S	G	G	G			S											T	T						S										S	S										T	T							T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		161	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240
																367	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	K	P	V	D	D	M	L	L	V	D	E	M	Q	Q	S	L	G	R	N	P	D	G	K	H	L	I	I	L	H	T	K	G	S	H	F	N	Y	T	Q	R	Y	P	R	S	F	A	Q	W	K	P	E	C	I	G	V	D	S	G	C	T	K	A	Q	M	I	N
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																			.	.																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																		.	.																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		I	S	D	I	Y	D	G	E	G	V	T	E	S	L	R	T	K	S	N	M	D	G	M	D	K	L	V	D	T	L	N	M	.	.	D	F	T	G	L	S	F	L	N	L	V	D	F	D	A	L	F	G	H	R	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	R	D	P	Q
Template Known Secondary structure						T	T	T	T	T		S						S	S													T	S	.	.																T	T	T	T	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T
Template Predicted Secondary structure																																		.	.																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		241	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.			.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.																							.	.	.	.
		433	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		S	Y	D	N	S	V	T	Y	V	D	H	F	I	S	S	V	I	D	Q	V	R	D	K	K	A	I	V	F	Y	A	A	D	H	G	E	S	I	N	E	R	E	H	L	H	G	T	P	R	E	L	A	P	P	E	Q	F	R	V	P	M	M	V	W	M	S	D	K	Y	L	E	N	P	A	N	A	Q	A	F	A	Q
Query Conservation
Alig confidence																							.																									.	.	.	.	.	.	.	.	.												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																							.																									.	.	.	.	.	.	.	.	.												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		G	Y	G	E	A	L	Q	E	Y	D	A	R	L	P	E	V	F	A	K	L	K	.	E	D	D	L	L	L	I	T	A	D	H	G	N	D	P	I	H	P	G	T	D	H	T	R	.	.	.	.	.	.	.	.	.	E	Y	V	P	L	L	A	Y	S	P	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	M
Template Known Secondary structure												T	T										.	T	T								S	S	B			T	T	S	S	S	S	S		B		.	.	.	.	.	.	.	.	.	B									T	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																							.																									.	.	.	.	.	.	.	.	.												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		297	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.		.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.										.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.														.
		513	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		L	K	K	E	A	D	M	K	V	P	R	R	H	V	E	L	Y	D	T	I	M	G	C	L	G	Y	T	S	P	D	G	G	I	N	E	N	N	N	W
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		K	E	G	G	Q	E	L	P	L	R	Q	T	F	A	D	I	G	A	T	V	A	E	N	F	G	V	K	M	P	E	Y	G	T	S	F	L	N	E	L
Template Known Secondary structure		T	T				B				B	S	S	T												T					S	S					S	T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		354	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.

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Kelley LA and Sternberg MJE. Nature Protocols 4, 363 - 371 (2009) [pdf] [Import into BibTeX]
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