Job Description P21169 Confidence 99.46% Date Thu Jan 5 11:37:54 GMT 2012 Rank 206 Aligned Residues 356 % Identity 12% Template c3ezsB_ PDB info PDB header:transferase Chain: B: PDB Molecule:aminotransferase aspb; PDBTitle: crystal structure of aminotransferase aspb (np_207418.1) from2 helicobacter pylori 26695 at 2.19 a resolution Resolution 2.19 Å

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		100	.	.		.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure					.
Query SS confidence					.
Query Sequence		L	P	P	.	F	Y	D	T	L	T	Q	Y	V	E	M	G	N	S	T	F	A	C	P	G	H	Q	H	G	A	F	F	K	K	H	P	A	G	R	H	F	Y	D	F	F	G	E	N	V	F	R	A	D	M	C	N	A	D	V	K	L	G	D	L	L	I	H	E	G	S	A	K	D	A	Q	K	F	A	A	K	V
Query Conservation					.
Alig confidence					.																.	.																						.	.	.	.	.								.
Template Conservation																					.	.																						.	.	.	.	.								.
Template Sequence		F	E	P	Y	P	F	E	R	L	R	A	L	L	K	E	I	T	P	K	.	.	K	R	G	L	D	L	G	I	G	E	P	Q	F	E	T	P	K	F	I	Q	D	.	.	.	.	.	A	L	K	N	H	T	H	.	S	L	N	I	Y	P	K	S	A	F	E	E	S	L	R	A	A	Q	R	G	F	F	K	R	R
Template Known Secondary structure															T	T				S	.	.	S				B					S			S									.	.	.	.	.				T	T	G	G	.	G	G	G	S				T	T
Template Predicted Secondary structure																					.	.																						.	.	.	.	.								.
Template SS confidence
		3	.	.	.	.	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.			.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.						.	.	.	.	.	.	.		50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.
		179	180	.	.	.	.				.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.			.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.
Predicted Secondary structure								.	.	.																				.	.
Query SS confidence								.	.	.																				.	.
Query Sequence		F	H	A	D	K	T	.	.	.	Y	F	V	L	N	G	T	S	A	A	N	K	V	V	T	N	A	L	L	.	.	T	R	G	D	L	V	L	F	D	R	N	N	H	K	S	N	H	H	G	A	L	I	Q	A	G	A	T	P	V	Y	L	E	A	S	R	N	P	F	G	F	I	G	G	I	D	A	H	C	F	N
Query Conservation								.	.	.																				.	.
Alig confidence								.	.	.																				.	.																			.																							.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																		.																							.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		F	K	I	E	L	K	E	N	E	L	I	S	T	L	G	S	R	E	V	L	F	N	F	P	S	F	V	L	F	D	Y	Q	N	P	T	I	A	Y	P	N	P	F	Y	Q	I	Y	E	G	.	A	A	K	F	I	K	A	K	S	L	L	X	P	L	T	K	E	N	D	F	T	P	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure			S					G	G	G					S	S	S												T	T	T		S	S								S			T					.					T	T										G	G	G	T	T			.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																																		.																							.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		75	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.		.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.
		254	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.		.	.	.	.	.	.	290	.				.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																.									.	.	.
Query SS confidence																																.									.	.	.
Query Sequence		E	E	Y	L	R	Q	Q	I	R	D	V	A	P	E	K	A	D	L	P	R	P	Y	R	L	A	I	I	Q	L	G	.	T	Y	D	G	T	V	Y	N	.	.	.	A	R	Q	V	I	D	T	V	G	H	L	C	D	Y	I	L	F	D	S	A	W	V	G	Y	E	Q	F	I	P	M	M	A	D	S	S	P	L	L
Query Conservation																																.									.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																			.									.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	L	N	E	K	E	L	Q	E	V	D	L	V	I	L	N	S	P	N	N	P	T	G	R	T	L	S	L	E	E	L	I	S	W	V	K	L	A	L	K	H	D	F	I	L	I	N	D	E	C	Y	S	E	I	Y	E	N	T	P	P	P	S	L	L	E	A	C	X
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.											S						S	S		T	T	T																			T	T								T	T	T	T		B	S	S	S
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
														145	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.
		330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		L	E	L	N	E	N	D	P	G	I	F	V	T	Q	S	V	H	K	Q	Q	A	G	F	S	Q	T	S	Q	I	H	K	K	D	N	H	I	R	G	Q	A	R	F	C	P	H	K	R	L	N	N	A	F	M	L	H	A	S	T	S	P	F	Y	P	L	F	A	A	L	D	V	N	A	K	I	H	E	G	E	S	G
Query Conservation
Alig confidence																																						.	.	.	.	.	.	.	.																													.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																						.	.	.	.	.	.	.	.																													.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		L	A	G	N	E	A	F	K	N	V	L	V	I	H	S	L	S	K	R	S	S	A	P	G	L	R	S	G	F	I	A	G	D	S	R	L	.	.	.	.	.	.	.	.	L	E	K	Y	K	A	F	R	A	Y	L	G	Y	T	S	A	N	A	I	Q	K	A	S	E	A	A	W	L	.	.	.	.	.	.	.	D
Template Known Secondary structure			T	T		T	T		T	T							S					T		G	G	G												.	.	.	.	.	.	.	.																													.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																						.	.	.	.	.	.	.	.																													.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		213	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.									.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.								.
		410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		R	R	L	W	A	E	C	V	E	I	G	I	E	A	R	K	A	I	L	A	R	C	K	L	F	R	P	F	I	P	P	V	V	D	G	K	L	W	Q	D	Y	P	T	S	V	L	A	S	D	R	R	F	F	S	F	E	P	G	A	K	W	H	G	F	E	G	Y	A	A	D	Q	Y	F	V	D	P	C	K	L	L
Query Conservation
Alig confidence																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		D	R	H	A	E	F	F	R	N	I	Y	A	N	N	L	K	L	A	R	K	I	F	K	N	T	L	I	Y	P	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	Y	S	F	Y	V	Y
Template Known Secondary structure		S																					S	T	T					S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	B	S	S
Template Predicted Secondary structure																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		278	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.																																														.	.	.	310	.	.
		490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.							.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																												.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																												.	.	.	.	.	.
Query Sequence		L	T	T	P	G	I	D	A	E	T	G	E	Y	S	D	F	G	V	P	A	T	I	L	A	H	Y	L	R	E	N	G	I	V	P	E	K	C	D	L	N	S	I	.	.	.	.	.	.	L	F	L	L	T	P	A	E	S	H	E	K	L	A	Q	L	V	A	M	L	A	Q	F	E	Q	H	I
Query Conservation																																												.	.	.	.	.	.
Alig confidence							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																									.	.	.	.	.	.
Template Conservation							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		L	P	V	Q	N	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	E	N	F	A	K	T	L	Y	Q	N	E	G	I	I	T	L	P	A	L	Y	L	G	R	N	R	I	G	A	D	Y	V	R	L	A	L	V	Y	D	T	P	L	L	E	K	P	L	E	I	I	E	T	Y	R	E	N	H
Template Known Secondary structure					S		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.															B				G	G	G	G		S	T	T	T	T	T	T								S																		T
Template Predicted Secondary structure							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		313	.	.	.	.														.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.