Job Description P11988 Confidence 99.54% Date Thu Jan 5 11:33:02 GMT 2012 Rank 100 Aligned Residues 255 % Identity 13% Template d7a3ha_ SCOP info TIM beta/alpha-barrel (Trans)glycosidases beta-glycanases Resolution 0.95

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		66	.	.	.	70		.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.
Predicted Secondary structure							.
Query SS confidence							.
Query Sequence		P	E	D	I	A	.	L	F	A	E	M	G	F	T	C	L	R	I	S	I	A	W	A	R	I	F	P	Q	G	D	E	V	E	P	N	E	A	G	L	A	F	Y	D	R	L	F	D	E	M	A	Q	A	G	I	K	P	L	V	T	L	S	H	Y	E	M	P	Y	G	L	V	K	N	Y	G	G	W	A	N	R	A
Query Conservation							.
Alig confidence							.																.	.	.	.	.																																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																							.	.	.	.	.																																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		Y	E	S	M	K	W	L	R	D	D	W	G	I	N	V	F	R	A	A	M	Y	.	.	.	.	.	T	S	S	G	G	Y	I	D	D	P	S	V	K	E	K	V	K	E	A	V	E	A	A	I	D	L	D	I	Y	V	I	I	D	W	H	I	L	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	D	N	D	P	N	I
Template Known Secondary structure												T											.	.	.	.	.	S	S	T	T	S	T	T	T		T	T																T										S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	S		S	T	T	T
Template Predicted Secondary structure																							.	.	.	.	.																																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		46	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.						.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.											.	.	.	.	.	.	110
		145	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.		.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.
Predicted Secondary structure																							.
Query SS confidence																							.
Query Sequence		V	I	D	H	F	E	H	Y	A	R	T	V	F	T	R	Y	Q	H	K	V	A	.	L	W	L	T	F	N	E	I	N	M	S	L	H	A	P	F	T	G	V	G	L	A	E	E	S	G	E	A	E	V	Y	Q	A	I	H	H	Q	L	V	A	S	A	R	A	V	K	A	C	H	S	L	L	P	E	A	K	I	G
Query Conservation																							.
Alig confidence																							.																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		Y	K	E	E	A	K	D	F	F	D	E	M	S	E	L	Y	G	D	Y	P	N	V	I	Y	E	I	A	N	E	P	N	G	S	D	V	T	W	G	N	Q	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	I	K	P	Y	A	E	E	V	I	P	I	I	R	N	N	D	P	N	N	I	I	I
Template Known Secondary structure		T																T	T		T	T							S				S	T	T			T	T	T	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.														T	T		S	S	S
Template Predicted Secondary structure																																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		111	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.
		224	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		N	M	L	L	G	G	L	V	Y	P	L	T	C	Q	P	Q	D	M	L	Q	A	M	E	E	N	R	R	W	M	F	F	G	D	V	Q	A	R	G	Q	Y	P	G	Y	M	Q	R	F	F	R	D	H	N	I	T	I	E	M	T	E	S	D	A	E	D	L	K	H	T	V	D	F	I	S	F	S	Y	Y	M	T	G
Query Conservation
Alig confidence								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																										.	.
Template Conservation								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																										.	.
Template Sequence		V	G	T	G	T	W	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	Q	D	V	H	H	A	A	D	N	Q	L	A	D	P	N	V	M	Y	A	F	H	F	Y	A	.	.
Template Known Secondary structure								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.		T	B						T	S			S		T	T									T	.	.
Template Predicted Secondary structure								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																										.	.
Template SS confidence
		173	.	.	.	.	.																																																.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.
		304	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		C	V	S	H	D	E	S	I	N	K	N	A	Q	G	N	I	L	N	M	I	P	N	P	H	L	K	S	S	E	W	G	W	Q	I	D	P	V	G	L	R	V	L	L	N	T	L	W	D	R	Y	Q	K	P	L	F	I	V	E	N	G	L	G	A	K	D	S	V	E	A	D	G	S	I	Q	D	D	Y	R	I	A
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.															.																				.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.															.																				.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	T	H	G	Q	N	L	R	D	Q	V	D	Y	A	.	L	D	Q	G	A	A	I	F	V	S	E	W	G	T	S	A	A	T	G	.	.	.	.	.	.	.	D	G	G	V	F	L	D
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	S													.			T	T										S	S		T	T	S	.	.	.	.	.	.	.		S
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.															.																				.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
																																		204	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.		.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.								.	.	.	240	.	.	.
		384	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		Y	L	N	D	H	L	V	Q	V	N	E	A	I	A	D	G	V	D	I	M	G	Y	T	S	W	G	P	I	D	L	V	S	A	S	H	S	Q	M	S	K	R	Y	G	F	I	Y	V	D	R	D	D	N	G	E	G	S	L	T	R	T	R	K	K	S	F	G	W	Y	A	E	V	I	K	T
Query Conservation
Alig confidence														.	.	.			.	.	.										.	.	.	.	.	.	.	.																							.
Template Conservation														.	.	.			.	.	.										.	.	.	.	.	.	.	.																							.
Template Sequence		E	A	Q	V	W	I	D	F	M	D	E	R	.	.	.	N	L	.	.	.	S	W	A	N	W	S	L	T	H	.	.	.	.	.	.	.	.	K	D	E	S	S	A	A	L	M	P	G	A	N	P	T	G	G	W	T	E	A	E	.	L	S	P	S	G	T	F	V	R	E	K	I	R	E
Template Known Secondary structure													T	.	.	.	T		.	.	.								S		.	.	.	.	.	.	.	.		S	S	T	T		S	B		T	T			T	T					G	G	G	.	B
Template Predicted Secondary structure														.	.	.			.	.	.										.	.	.	.	.	.	.	.																							.
Template SS confidence
		244	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.				.	.				.	.	260	.	.	.	.	.	.									.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.		.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.

No model constructed - rank, confidence too low

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Kelley LA and Sternberg MJE. Nature Protocols 4, 363 - 371 (2009) [pdf] [Import into BibTeX]
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