Job Description P11988 Confidence 98.85% Date Thu Jan 5 11:33:02 GMT 2012 Rank 114 Aligned Residues 277 % Identity 12% Template d2cyga1 SCOP info TIM beta/alpha-barrel (Trans)glycosidases beta-glycanases Resolution 1.45

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		66	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		P	E	D	I	A	L	F	A	E	M	G	F	T	C	L	R	I	S	I	A	W	A	R	I	F	P	Q	G	D	E	V	E	P	N	E	A	G	L	A	F	Y	D	R	L	F	D	E	M	A	Q	A	G	I	K	P	L	V	T	L	S	H	Y	E	M	P	Y	G	L	V	K	N	Y	G	G	W	A	N	R	A	V
Query Conservation
Alig confidence																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.							.	.	.	.	.	.	.																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.							.	.	.	.	.	.	.																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		S	E	V	V	S	L	Y	K	S	N	N	I	A	R	M	R	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	L	Y	D	P	N	Q	.	.	.	.	.	.	.	A	A	L	Q	A	L	R	N	S	N	I	Q	V	L	L	D	V	P	R	S	D	V	Q	S	L	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	A	S	N
Template Known Secondary structure											T	T						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.		S	S				.	.	.	.	.	.	.							T	T	S																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.							.	.	.	.	.	.	.																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		44	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.														60	.	.	.	.	.								.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90											.	.	.
		146	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160			.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220			.
Predicted Secondary structure																	.	.																																																													.	.
Query SS confidence																	.	.																																																													.	.
Query Sequence		I	D	H	F	E	H	Y	A	R	T	V	F	T	R	Y	.	.	Q	H	K	V	A	L	W	L	T	F	N	E	I	N	M	S	L	H	A	P	F	T	G	V	G	L	A	E	E	S	G	E	A	E	V	Y	Q	A	I	H	H	Q	L	V	A	S	A	R	A	V	K	A	C	H	S	L	L	P	E	A	.	.	K
Query Conservation																	.	.																																																													.	.
Alig confidence																	.	.																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																				.	.
Template Conservation																																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		P	S	A	A	G	D	W	I	R	R	N	V	V	A	Y	W	P	S	V	S	F	R	Y	I	A	V	G	N	E	L	I	P	G	S	D	L	A	Q	Y	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	I	L	P	A	M	R	N	I	Y	N	A	L	S	S	A	G	L	Q	N	Q	I	K
Template Known Secondary structure		T	T										T	G	G	G	T	T	T	S										S		T	T	T	S	T	T	G	G	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.															T	T		T	T	T	S
Template Predicted Secondary structure																																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		94	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.																				.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.
		222	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		I	G	N	M	L	L	G	G	L	V	Y	P	L	T	C	Q	P	Q	D	M	L	Q	A	M	E	E	N	R	R	W	M	F	F	G	D	V	Q	A	R	G	Q	Y	P	G	Y	M	Q	R	F	F	R	D	H	N	I	T	I	E	M	T	E	S	D	A	E	D	L	K	H	T	V	D	F	I	S	F	S	Y	Y	M
Query Conservation
Alig confidence													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		V	S	T	A	V	D	T	G	V	L	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	S	Y	P	P	S	A	G	A	F	S	S	A	A	Q	A	Y	L	S	P	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	I	V	Q	F	L	A	S	N	G	A	P	L	L	V	N	V	Y	P
Template Known Secondary structure								G	G	G	B	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.			S	S	G	G	G			B											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.									T
Template Predicted Secondary structure													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		155	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.																						.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.											.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.
		302	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.							.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																				.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																				.	.	.	.	.	.
Query Sequence		T	G	C	V	S	H	D	E	S	I	N	K	N	A	Q	G	N	I	L	N	M	I	P	N	P	H	L	K	S	S	E	W	G	W	Q	I	D	P	V	G	L	R	V	L	L	N	T	L	W	D	.	.	.	.	.	.	R	Y	Q	K	P	L	F	I	V	E	N	G	L	G	A	K	D	S	V	E	A	D	G	S
Query Conservation																																																				.	.	.	.	.	.
Alig confidence																					.	.	.	.	.																											.	.	.	.	.	.																								.
Template Conservation																					.	.	.	.	.																																																								.
Template Sequence		Y	F	S	Y	T	G	N	P	G	Q	I	S	L	P	Y	A	L	F	T	.	.	.	.	.	A	S	G	V	V	V	Q	D	G	R	F	S	Y	Q	N	L	F	D	A	I	V	D	A	V	F	A	A	L	E	R	V	G	G	A	N	V	A	V	V	V	S	E	S	G	W	P	S	A	G	G	G	A	E	A	S	.
Template Known Secondary structure								S	T	T	T	S							T		.	.	.	.	.			S		S				T	T					S															T	T	T		T	T												S	S	S	S	S	T	T	S	S	.
Template Predicted Secondary structure																					.	.	.	.	.																																																								.
Template SS confidence
		204	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.						.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.
		376	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.						.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																														.	.	.	.	.
Query SS confidence																														.	.	.	.	.
Query Sequence		I	Q	D	D	Y	R	I	A	Y	L	N	D	H	L	V	Q	V	N	E	A	I	A	D	G	V	D	I	M	.	.	.	.	.	G	Y	T	S	W	G	P	I	D	L	V	S	A	S	H	S	Q	M	S	K	R	Y	G	F	I	Y	V	D	R	D	D	N	G	E	G	S	L	T	R	T	R	K
Query Conservation																														.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.																							.	.	.	.	.											.																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.																																						.																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	T	S	N	A	Q	T	Y	N	Q	N	L	I	R	H	V	G	G	G	T	P	R	R	P	G	K	E	I	E	A	Y	I	F	E	M	F	N	E	.	N	Q	K	A	G	G	I	E	Q	N	F	G	L	F	Y	P	N	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	K	Q	P	V
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.															G	G	G			S	S	S		S	S							S		S	B			.	T	T	S		S	S	G	G	G				S	B		T	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S		B	S
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.																																						.																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
								278	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.		.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.											.	.	.	.

No model constructed - rank, confidence too low

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Kelley LA and Sternberg MJE. Nature Protocols 4, 363 - 371 (2009) [pdf] [Import into BibTeX]
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