Job Description P11988 Confidence 99.55% Date Thu Jan 5 11:33:02 GMT 2012 Rank 97 Aligned Residues 247 % Identity 17% Template d1tvna1 SCOP info TIM beta/alpha-barrel (Trans)glycosidases beta-glycanases Resolution 1.41

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		66	.	.	.	70		.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.
Predicted Secondary structure							.
Query SS confidence							.
Query Sequence		P	E	D	I	A	.	L	F	A	E	M	G	F	T	C	L	R	I	S	I	A	W	A	R	I	F	P	Q	G	D	E	V	E	P	N	E	A	G	L	A	F	Y	D	R	L	F	D	E	M	A	Q	A	G	I	K	P	L	V	T	L	S	H	Y	E	M	P	Y	G	L	V	K	N	Y	G	G	W	A	N	R	A
Query Conservation							.
Alig confidence							.																								.																																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																															.																																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		A	E	T	V	A	K	A	K	T	E	F	N	A	T	L	I	R	A	A	I	G	H	G	T	S	T	G	G	S	.	L	N	F	D	W	E	G	N	M	S	R	L	D	T	V	V	N	A	A	I	A	E	D	M	Y	V	I	I	D	F	H	S	H	E	A	H	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T
Template Known Secondary structure															S										T	T	S	T	T	S	.	T	T	T																			T	T										S		G	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G
Template Predicted Secondary structure																															.																																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		41	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.		70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.														.
		145	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.			.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.
Predicted Secondary structure																					.	.
Query SS confidence																					.	.
Query Sequence		V	I	D	H	F	E	H	Y	A	R	T	V	F	T	R	Y	Q	H	K	.	.	V	A	L	W	L	T	F	N	E	I	N	M	S	L	H	A	P	F	T	G	V	G	L	A	E	E	S	G	E	A	E	V	Y	Q	A	I	H	H	Q	L	V	A	S	A	R	A	V	K	A	C	H	S	L	L	P	E	A	K	I
Query Conservation																					.	.
Alig confidence																					.	.		.																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																								.																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		D	Q	A	T	A	V	R	F	F	E	D	V	A	T	K	Y	G	Q	Y	D	N	V	.	I	Y	E	I	Y	N	E	P	L	Q	I	S	W	V	N	D	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	I	K	P	Y	A	E	T	V	I	D	K	I	R	A	I	D	P	D	N	L	I
Template Known Secondary structure																		T	T		T	T		.						S				S			T	T	T	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.														T	T			S
Template Predicted Secondary structure																								.																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		107	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.		.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.																					.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.
		223	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		G	N	M	L	L	G	G	L	V	Y	P	L	T	C	Q	P	Q	D	M	L	Q	A	M	E	E	N	R	R	W	M	F	F	G	D	V	Q	A	R	G	Q	Y	P	G	Y	M	Q	R	F	F	R	D	H	N	I	T	I	E	M	T	E	S	D	A	E	D	L	K	H	T	V	D	F	I	S	F	S	Y	Y	M	T
Query Conservation
Alig confidence					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		V	V	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	P	T	W	S	Q	D	V	D	V	A	S	Q	N	P	I	D	R	A	N	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	I	A	Y	T	L	H	F	Y	A	G
Template Known Secondary structure					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.						T								S				S	S	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.									T	T
Template Predicted Secondary structure					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		166	.	.																															.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.																		.	190	.	.	.	.	.	.	.	.
		303	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		G	C	V	S	H	D	E	S	I	N	K	N	A	Q	G	N	I	L	N	M	I	P	N	P	H	L	K	S	S	E	W	G	W	Q	I	D	P	V	G	L	R	V	L	L	N	T	L	W	D	R	Y	Q	K	P	L	F	I	V	E	N	G	L	G	A	K	D	S	V	E	A	D	G	S	I	Q	D	D	Y	R	I
Query Conservation
Alig confidence				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.												.																					.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.												.																					.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		T	H	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	Q	S	Y	R	N	K	A	Q	T	A	.	L	D	N	G	I	A	L	F	A	T	E	W	G	T	V	N	A	D	G	N	.	.	.	.	.	.	.	G	G	V	N	I
Template Known Secondary structure		T		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.												.			T	T										S	S		T	T	S		.	.	.	.	.	.	.	S
Template Predicted Secondary structure				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.												.																					.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		199	200																																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.		.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.								.	.	.	.	.
		383	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		A	Y	L	N	D	H	L	V	Q	V	N	E	A	I	A	D	G	V	D	I	M	G	Y	T	S	W	G	P	I	D	L	V	S	A	S	H	S	Q	M	S	K	R	Y	G	F	I	Y	V	D	R	D	D	N	G	E	G	S	L	T	R	T	R	K	K	S	F	G	W	Y	A	E	V	I	K	T
Query Conservation
Alig confidence															.	.	.			.	.	.																	.					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation															.	.	.			.	.	.																	.					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		N	E	T	D	A	W	M	A	F	F	K	T	N	.	.	.	N	I	.	.	.	S	H	A	N	W	A	L	N	D	K	N	E	G	A	S	L	.	F	T	P	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	S	W	N	S	L	T	S	S	G	S	K	V	K	E	I	I	Q	G
Template Known Secondary structure															.	.	.	T		.	.	.								S		S	S	S	T	T		S	.	B		T	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.			T	T	S	B													T
Template Predicted Secondary structure															.	.	.			.	.	.																	.					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		237	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.				250	.				.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.		.	.	270	.															.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290

No model constructed - rank, confidence too low

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Kelley LA and Sternberg MJE. Nature Protocols 4, 363 - 371 (2009) [pdf] [Import into BibTeX]
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