Job Description P11988 Confidence 98.67% Date Thu Jan 5 11:33:02 GMT 2012 Rank 118 Aligned Residues 274 % Identity 15% Template d1aq0a_ SCOP info TIM beta/alpha-barrel (Trans)glycosidases beta-glycanases Resolution 2.00

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		66	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		P	E	D	I	A	L	F	A	E	M	G	F	T	C	L	R	I	S	I	A	W	A	R	I	F	P	Q	G	D	E	V	E	P	N	E	A	G	L	A	F	Y	D	R	L	F	D	E	M	A	Q	A	G	I	K	P	L	V	T	L	S	H	Y	E	M	P	Y	G	L	V	K	N	Y	G	G	W	A	N	R	A	V
Query Conservation
Alig confidence																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.					.	.	.	.	.	.	.																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.					.	.	.	.	.	.	.																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		S	T	V	V	S	M	F	K	S	N	G	I	K	S	M	R	L	Y	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	A	P	N	Q	.	.	.	.	.	.	.	A	A	L	Q	A	V	G	G	T	G	I	N	V	V	V	G	A	P	N	D	V	L	S	N	L	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	A	A	S
Template Known Secondary structure												T							S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S				.	.	.	.	.	.	.							T	T	S										G	G	G					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.					.	.	.	.	.	.	.																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		16	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.														.	.	.	.								.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.											.	.	.
		146	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170		.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220		.	.	.
Predicted Secondary structure																											.																																																			.
Query SS confidence																											.																																																			.
Query Sequence		I	D	H	F	E	H	Y	A	R	T	V	F	T	R	Y	Q	H	K	V	A	L	W	L	T	F	.	N	E	I	N	M	S	L	H	A	P	F	T	G	V	G	L	A	E	E	S	G	E	A	E	V	Y	Q	A	I	H	H	Q	L	V	A	S	A	R	A	V	K	A	C	H	S	L	L	P	E	A	.	K	I	G
Query Conservation																											.																																																			.
Alig confidence																											.					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																										.
Template Conservation																																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		P	A	A	A	A	S	W	V	K	S	N	I	Q	A	Y	P	K	V	S	F	R	Y	V	C	V	G	N	E	V	A	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	G	A	T	R	N	L	V	P	A	M	K	N	V	H	G	A	L	V	A	A	G	L	G	H	I	K	V	T
Template Known Secondary structure													T	T	T		T	T	S										S			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	G	G	G	G	G															T	T		T	T	S
Template Predicted Secondary structure																																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		66	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.																						.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.
		224	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		N	M	L	L	G	G	L	V	Y	P	L	T	C	Q	P	Q	D	M	L	Q	A	M	E	E	N	R	R	W	M	F	F	G	D	V	Q	A	R	G	Q	Y	P	G	Y	M	Q	R	F	F	R	D	H	N	I	T	I	E	M	T	E	S	D	A	E	D	L	K	H	T	V	D	F	I	S	F	S	Y	Y	M	T	G
Query Conservation
Alig confidence																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		T	S	V	S	Q	A	I	L	G	V	F	S	P	P	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	A	G	S	F	T	G	E	A	A	A	F	M	G	P	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	V	V	Q	F	L	A	R	T	N	A	P	L	M	A	N	I	Y	P	Y	L
Template Known Secondary structure						G	G	G					S	S	G	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.									T
Template Predicted Secondary structure																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		125	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.																						140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.											.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.
		304	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.							.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																				.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																				.	.	.	.	.	.
Query Sequence		C	V	S	H	D	E	S	I	N	K	N	A	Q	G	N	I	L	N	M	I	P	N	P	H	L	K	S	S	E	W	G	W	Q	I	D	P	V	G	L	R	V	L	L	N	T	L	W	D	R	Y	.	.	.	.	.	.	Q	K	P	L	F	I	V	E	N	G	L	G	A	K	D	S	V	E	A	D	G	S	I	Q
Query Conservation																																																				.	.	.	.	.	.
Alig confidence																			.	.	.	.	.																													.	.	.	.	.	.																					.	.	.	.
Template Conservation																			.	.	.	.	.																																																							.	.	.	.
Template Sequence		A	W	A	Y	N	P	S	A	M	D	M	G	Y	A	L	F	N	.	.	.	.	.	A	S	G	T	V	V	R	D	G	A	Y	G	Y	Q	N	L	F	D	T	T	V	D	A	F	Y	T	A	M	G	K	H	G	G	S	S	V	K	L	V	V	S	E	S	G	W	P	S	G	G	G	T	A	A	T	.	.	.	.
Template Known Secondary structure							T	T	S	S							T		.	.	.	.	.			S		S				T	T					S															T	T	T		T	T												S	S	S	S	T	T			.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																			.	.	.	.	.																																																							.	.	.	.
Template SS confidence
		174	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190						.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.
		378	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400					.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																									.	.	.	.
Query SS confidence																									.	.	.	.
Query Sequence		D	D	Y	R	I	A	Y	L	N	D	H	L	V	Q	V	N	E	A	I	A	D	G	V	.	.	.	.	D	I	M	G	Y	T	S	W	G	P	I	D	L	V	S	A	S	H	S	Q	M	S	K	R	Y	G	F	I	Y	V	D	R	D	D	N	G	E	G	S	L	T	R	T	R	K
Query Conservation																									.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.																				.	.	.	.														.																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.																																					.																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	P	A	N	A	R	F	Y	N	Q	H	L	I	N	H	V	G	R	G	T	P	R	H	P	G	A	I	E	T	Y	I	F	A	M	F	N	E	.	N	Q	K	D	S	G	V	E	Q	N	W	G	L	F	Y	P	N	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	M	Q	H	V
Template Known Secondary structure		.	.	.	.															T	T	T	B		S	S	S	B	S				B			S		S	B			.	T	T	S		S	S	G	G	G				S	B		T	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S		B	S
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.																																					.																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
						245	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280		.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.											.	.	300	.

No model constructed - rank, confidence too low

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Kelley LA and Sternberg MJE. Nature Protocols 4, 363 - 371 (2009) [pdf] [Import into BibTeX]
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