Job Description P11988 Confidence 99.50% Date Thu Jan 5 11:33:02 GMT 2012 Rank 102 Aligned Residues 251 % Identity 19% Template c3cmgA_ PDB info PDB header:hydrolase Chain: A: PDB Molecule:putative beta-galactosidase; PDBTitle: crystal structure of putative beta-galactosidase from bacteroides2 fragilis Resolution 1.90 Å

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		65	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		Y	P	E	D	I	A	L	F	A	E	M	G	F	T	C	L	R	I	S	I	A	W	A	R	I	F	P	Q	G	D	E	V	E	P	N	E	A	G	L	A	F	Y	D	R	L	F	D	E	M	A	Q	A	G	I	K	P	L	V	T	L	S	H	Y	E	M	P	Y	G	L	V	K	N	Y	G	G	W	A	N	R	A
Query Conservation
Alig confidence																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.						.	.	.	.	.	.	.																											.	.
Template Conservation																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.						.	.	.	.	.	.	.																											.	.
Template Sequence		H	E	E	D	V	A	L	M	R	E	M	G	V	N	A	I	R	L	A	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	H	Y	P	Q	A	.	.	.	.	.	.	.	T	Y	M	Y	D	L	M	D	K	H	G	I	V	T	W	A	E	I	P	F	V	G	P	G	G	Y	.	.	A	D	K	G	F	V	D	Q	A	S
Template Known Secondary structure												T	T							T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	S				.	.	.	.	.	.	.											T										B			T	T	S	.	.	S	S		S				S
Template Predicted Secondary structure																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.						.	.	.	.	.	.	.																											.	.
Template SS confidence
		340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.												.	360	.	.	.								.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.			390	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		145	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.			.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.
Predicted Secondary structure																					.	.
Query SS confidence																					.	.
Query Sequence		V	I	D	H	F	E	H	Y	A	R	T	V	F	T	R	Y	Q	H	K	.	.	V	A	L	W	L	T	F	N	E	I	N	M	S	L	H	A	P	F	T	G	V	G	L	A	E	E	S	G	E	A	E	V	Y	Q	A	I	H	H	Q	L	V	A	S	A	R	A	V	K	A	C	H	S	L	L	P	E	A	K	I
Query Conservation																					.	.
Alig confidence																					.	.																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		F	R	E	N	G	K	Q	Q	L	I	E	L	I	R	Q	H	Y	N	H	P	S	I	C	F	W	G	L	F	N	E	L	K	E	V	G	D	N	P	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	V	E	Y	V	K	E	L	N	A	L	A	K	Q	E	D	P	T	R	P	T
Template Known Secondary structure																		T	T		T	T									S			S	S	S	S			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																T	T	S
Template Predicted Secondary structure																																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.																							.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.
		223	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		G	N	M	L	L	G	G	L	V	Y	P	L	T	C	Q	P	Q	D	M	L	Q	A	M	E	E	N	R	R	W	M	F	F	G	D	V	Q	A	R	G	Q	Y	P	G	Y	M	Q	R	F	F	R	D	H	N	I	T	I	E	M	T	E	S	D	A	E	D	L	K	H	T	V	D	F	I	S	F	S	Y	Y	M	T
Query Conservation
Alig confidence															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.											.
Template Conservation															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.											.
Template Sequence		T	S	A	S	N	Q	D	G	N	L	N	F	I	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	E	N	I	A	W	N	R	Y	D	.
Template Known Secondary structure									S	G	G	G	G	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	S	S							T	.
Template Predicted Secondary structure															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.											.
Template SS confidence
		458	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470																																																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	480
		303	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.		.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.						.	.	.	370	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																						.													.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																						.													.	.	.	.	.
Query Sequence		G	C	V	S	H	D	E	S	I	N	K	N	A	Q	G	N	I	L	N	M	I	P	N	P	H	L	K	S	S	E	W	G	W	Q	I	D	P	V	G	L	R	V	L	L	N	T	L	W	D	R	Y	Q	.	K	P	L	F	I	V	E	N	G	L	G	A	.	.	.	.	.	K	D	S	V	E	A	D	G	S	I
Query Conservation																																																						.													.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																							.													.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	W	Y	G	S	T	P	K	T	L	A	T	F	L	D	R	T	H	K	K	H	P	E	L	R	I	G	I	S	E	Y	G	A	G	A	S	I	Y	H	Q	Q	D	S	L	K	Q	P	S	A	S
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	T	S	S	S		T															T	T													B	T	T				S	S						T	T
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
																																481	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530
		377	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.						.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.
Predicted Secondary structure																																						.	.	.	.	.
Query SS confidence																																						.	.	.	.	.
Query Sequence		Q	D	D	Y	R	I	A	Y	L	N	D	H	L	V	Q	V	N	E	A	I	A	D	G	V	D	I	M	G	Y	T	S	W	G	P	I	D	.	.	.	.	.	L	V	S	A	S	H	S	Q	M	S	K	R	Y	G	F	I	Y	V	D	R	D	D	N	G	E	G	S	L	T	R	T	R	K	K	S	F	G	W	Y
Query Conservation																																						.	.	.	.	.
Alig confidence																																						.	.	.	.	.																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		G	W	W	H	P	E	N	W	Q	T	Y	Y	H	M	E	N	W	K	I	I	A	E	R	P	F	V	W	G	T	F	V	W	N	M	F	D	F	G	A	A	H	R	T	E	G	D	R	P	G	I	N	D	K	G	L	V	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	F	D	R	K	V	R	K	D	A	F	Y	F	Y
Template Known Secondary structure		S	S			B																	T		T	T							S		S	B					T	T				T	T	S	T	T						S	B		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	T	S			B
Template Predicted Secondary structure																																																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		531	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.											.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600
		452	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		A	E	V
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		K	A	N
Template Known Secondary structure
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		601	.	.

No model constructed - rank, confidence too low

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Kelley LA and Sternberg MJE. Nature Protocols 4, 363 - 371 (2009) [pdf] [Import into BibTeX]
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