Job Description P11988 Confidence 97.83% Date Thu Jan 5 11:33:02 GMT 2012 Rank 138 Aligned Residues 232 % Identity 18% Template c3bgaB_ PDB info PDB header:hydrolase Chain: B: PDB Molecule:beta-galactosidase; PDBTitle: crystal structure of beta-galactosidase from bacteroides2 thetaiotaomicron vpi-5482 Resolution 2.10 Å

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		63	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		H	R	Y	P	E	D	I	A	L	F	A	E	M	G	F	T	C	L	R	I	S	I	A	W	A	R	I	F	P	Q	G	D	E	V	E	P	N	E	A	G	L	A	F	Y	D	R	L	F	D	E	M	A	Q	A	G	I	K	P	L	V	T	L	S	H	Y	E	M	P	Y	G	L	V	K	N	Y	G	G	W	A	N
Query Conservation
Alig confidence																								.	.	.	.	.					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																															.
Template Conservation																								.	.	.	.	.					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																															.
Template Sequence		E	L	X	E	Q	D	I	R	L	X	K	Q	H	N	I	N	X	V	R	N	S	H	.	.	.	.	.	Y	P	T	H	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	P	Y	W	Y	Q	L	C	D	R	Y	G	L	Y	X	I	D	E	A	N	I	E	S	H	G	X	G	Y	G	P	A	.	S	L	A	K	D
Template Known Secondary structure														T	T							T	T	.	.	.	.	.	S				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.											T								S		B		G	G	G		S	S	T	T	.		T	T	T
Template Predicted Secondary structure																								.	.	.	.	.					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																															.
Template SS confidence
		392	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.						.	.	.	.														.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.		.	.	450	.	.
		143	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.			.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220
Predicted Secondary structure																							.	.
Query SS confidence																							.	.
Query Sequence		R	A	V	I	D	H	F	E	H	Y	A	R	T	V	F	T	R	Y	Q	H	K	.	.	V	A	L	W	L	T	F	N	E	I	N	M	S	L	H	A	P	F	T	G	V	G	L	A	E	E	S	G	E	A	E	V	Y	Q	A	I	H	H	Q	L	V	A	S	A	R	A	V	K	A	C	H	S	L	L	P	E	A
Query Conservation																							.	.
Alig confidence																							.	.														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		S	T	W	L	T	A	H	X	D	R	T	H	R	X	Y	E	R	S	K	N	H	P	A	I	V	I	W	S	Q	G	N	E	A	G	N	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	I	N	F	E	R	T	Y	D	W	L	K	S	V	E	K	G	R
Template Known Secondary structure		G	G	G																T	T		T	T								S	S	S			S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.															S	S	S
Template Predicted Secondary structure																																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		453	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.																												.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.
		221	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		K	I	G	N	M	L	L	G	G	L	V	Y	P	L	T	C	Q	P	Q	D	M	L	Q	A	M	E	E	N	R	R	W	M	F	F	G	D	V	Q	A	R	G	Q	Y	P	G	Y	M	Q	R	F	F	R	D	H	N	I	T	I	E	M	T	E	S	D	A	E	D	L	K	H	T	V	D	F	I	S	F	S	Y	Y
Query Conservation
Alig confidence						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		P	V	Q	Y	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	E	R	A	E	L	N	Y	N	T	D	I	Y	C	R	X	Y	R
Template Known Secondary structure						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	G	G	T	T	S	S	S		S	S	B			T	T
Template Predicted Secondary structure						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		506	.	.	.																																																												510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.
		301	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.		.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																									.
Query SS confidence																																																									.
Query Sequence		M	T	G	C	V	S	H	D	E	S	I	N	K	N	A	Q	G	N	I	L	N	M	I	P	N	P	H	L	K	S	S	E	W	G	W	Q	I	D	P	V	G	L	R	V	L	L	N	T	L	W	D	R	Y	Q	K	.	P	L	F	I	V	E	N	G	L	G	A	K	D	S	V	E	A	D	G	S	I	Q	D	D
Query Conservation																																																									.
Alig confidence			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.															.																		.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	V	D	E	I	K	A	Y	V	G	K	K	D	I	Y	R	P	F	I	L	C	E	Y	L	H	A	X	G	N	S	C	G	G	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.									T	S	T	T			S								S				S	S			T	T	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		527																																									.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.									.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.					.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																			.	.	.	.	.	.	.	.																.	.	.	.
Query SS confidence																																			.	.	.	.	.	.	.	.																.	.	.	.
Query Sequence		Y	R	I	A	Y	L	N	D	H	L	V	Q	V	N	E	A	I	A	D	G	V	D	I	M	G	Y	T	S	W	G	P	I	D	.	.	.	.	.	.	.	.	L	V	S	A	S	H	S	Q	M	S	K	R	Y	G	F	.	.	.	.	I	Y	V	D	R	D	D	N	G	E	G	S	L	T	R	T	R	K	K	S
Query Conservation																																			.	.	.	.	.	.	.	.																.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.																									.	.	.	.	.	.	.	.								.								.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.																																								.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	X	K	E	Y	W	E	V	F	E	N	E	P	X	A	Q	G	G	C	I	W	D	W	V	D	Q	N	F	R	E	I	D	K	D	G	K	W	Y	W	T	.	Y	G	G	D	Y	G	P	E	G	I	P	S	F	G	N	F	C	G	N	G	L	V	N	A	V	R	E	P	H	P	H
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.												T	T							S		S	B									T	T	S						.		T	T	S	S	S	S	T	T			B		G	G	G	G				S	B		T	T			B
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.																																								.
Template SS confidence
											560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.		.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		448	.	450	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		F	G	W	Y	A	E	V	I	K
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		L	L	E	V	K	K	I	Y	Q
Template Known Secondary structure
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		630	.	.	.	.	.	.	.	.

No model constructed - rank, confidence too low

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Kelley LA and Sternberg MJE. Nature Protocols 4, 363 - 371 (2009) [pdf] [Import into BibTeX]
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