Job Description P11988 Confidence 98.53% Date Thu Jan 5 11:33:02 GMT 2012 Rank 121 Aligned Residues 256 % Identity 11% Template c2vrqB_ PDB info PDB header:hydrolase Chain: B: PDB Molecule:alpha-l-arabinofuranosidase; PDBTitle: structure of an inactive mutant of arabinofuranosidase from2 thermobacillus xylanilyticus in complex with a3 pentasaccharide Resolution 2.00 Å

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		66	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.																										.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120
Predicted Secondary structure																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		P	E	D	I	A	L	F	A	E	M	G	F	T	C	L	R	I	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	I	A	W	A	R	I	F	P	Q	G	D	E	V	E	P	N	E	A	G	L	A	F	Y	D	R	L	F	D	E	M	A	Q	A	G	I	K	P
Query Conservation																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																											.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		N	D	V	L	E	A	L	K	Q	M	K	I	P	V	L	R	W	P	G	G	C	F	A	D	E	Y	H	W	K	D	G	V	G	P	R	E	K	R	K	R	M	V	N	T	H	W	G	G	V	I	E	N	N	H	F	G	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	H	E	F	M	M	L	C	E	L	L	G	C	E	P
Template Known Secondary structure												T							S		S	G	G	G	G	T			G	G	G	G	S	S	S	G	G	G							T	T	T	T	T							S			.	.	.	.	.	.	.	.	.											T
Template Predicted Secondary structure																																																											.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		54	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110										.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.
		121	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.									.	.	.	.	.	160	.	.					.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																				.	.	.	.	.	.	.	.									.	.	.	.
Query SS confidence																																				.	.	.	.	.	.	.	.									.	.	.	.
Query Sequence		L	V	T	L	S	H	Y	E	M	P	Y	G	L	V	K	N	Y	G	G	W	A	N	R	A	V	I	D	H	F	E	H	Y	A	R	.	.	.	.	.	.	.	.	T	V	F	T	R	Y	Q	H	.	.	.	.	K	V	A	L	W	L	T	F	N	E	I	N	M	S	L	H	A	P	F	T	G	V	G	L	A	E
Query Conservation																																				.	.	.	.	.	.	.	.									.	.	.	.
Alig confidence								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																	.	.	.	.	.	.	.	.									.	.	.	.														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		Y	I	S	G	N	V	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	S	G	T	V	Q	E	M	S	E	W	V	E	Y	I	T	F	D	G	E	S	P	M	A	N	W	R	R	E	N	G	R	E	K	P	W	R	I	K	Y	W	G	V	G	N	Q	N	W	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	C	G
Template Known Secondary structure								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	S																	S											T	T			S											S		T	T	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	T
Template Predicted Secondary structure								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		125	.	.	.	.	130													.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.												180	.
		189	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.		.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																														.
Query SS confidence																														.
Query Sequence		E	S	G	E	A	E	V	Y	Q	A	I	H	H	Q	L	V	A	S	A	R	A	V	K	A	C	H	S	L	.	L	P	E	A	K	I	G	N	M	L	L	G	G	L	V	Y	P	L	T	C	Q	P	Q	D	M	L	Q	A	M	E	E	N	R	R	W	M	F	F	G	D	V	Q	A	R	G	Q	Y	P	G	Y	M
Query Conservation																														.
Alig confidence														.	.	.	.	.	.											.										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation														.	.	.	.	.	.																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		G	N	M	R	A	E	Y	Y	A	D	L	Y	.	.	.	.	.	.	R	Q	F	Q	T	Y	L	R	N	Y	G	D	N	K	L	H	K	I	A	C	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		T												.	.	.	.	.	.						T					T	T									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure														.	.	.	.	.	.																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		182	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.							.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.
		268	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		Q	R	F	F	R	D	H	N	I	T	I	E	M	T	E	S	D	A	E	D	L	K	H	T	V	D	F	I	S	F	S	Y	Y	M	T	G	C	V	S	H	D	E	S	I	N	K	N	A	Q	G	N	I	L	N	M	I	P	N	P	H	L	K	S	S	E	W	G	W	Q	I	D	P	V	G	L	R	V	L	L	N
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.																																																					.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.																																																					.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	G	A	N	T	A	D	Y	H	W	T	E	V	L	M	K	Q	A	A	P	F	M	H	G	L	S	L	H	Y	Y	T	V	P	G	P	W	E	K	K	G	P	A	T	G	F	T	T	D	E	W	W	V	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	L	K	K	A	L	F	M	D	R	L	V	T	K	H	S
Template Known Secondary structure		.	.	.	.				T	T													G	G	G		S										S	S		T	T	S				S	S	S										.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.																																																					.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
						214	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.										.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280
		348	.	350	.	.	.					.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.		.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.
Predicted Secondary structure								.	.	.	.																																												.
Query SS confidence								.	.	.	.																																												.
Query Sequence		T	L	W	D	R	Y	.	.	.	.	Q	K	P	L	F	I	V	E	N	G	L	G	A	K	D	S	V	E	A	D	G	S	I	Q	D	D	Y	R	I	A	Y	L	N	D	H	L	V	Q	V	N	E	A	I	.	A	D	G	V	D	I	M	G	Y	T	S	W	G	P	I	D	L	V
Query Conservation								.	.	.	.																																												.
Alig confidence								.	.	.	.																																												.
Template Conservation
Template Sequence		A	I	M	D	V	Y	D	P	D	K	R	I	D	L	I	V	D	E	W	G	T	W	Y	D	V	E	P	G	T	N	P	G	F	L	Y	Q	Q	N	S	I	R	D	A	L	V	A	G	A	T	L	H	I	F	H	R	H	C	D	R	V	R	M	A	N	I	A	Q	L	V	N	V	L
Template Known Secondary structure									T	T			S														S	T	T	S		G	G	G						B																	T	T	T	T									S	B	S	S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		281	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.

No model constructed - rank, confidence too low

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Kelley LA and Sternberg MJE. Nature Protocols 4, 363 - 371 (2009) [pdf] [Import into BibTeX]
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