Job Description P11988 Confidence 99.62% Date Thu Jan 5 11:33:02 GMT 2012 Rank 94 Aligned Residues 260 % Identity 19% Template c2cksB_ PDB info PDB header:hydrolase Chain: B: PDB Molecule:endoglucanase e-5; PDBTitle: x-ray crystal structure of the catalytic domain of2 thermobifida fusca endoglucanase cel5a (e5) Resolution 1.6 Å

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		66	.	.	.	70		.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.
Predicted Secondary structure							.
Query SS confidence							.
Query Sequence		P	E	D	I	A	.	L	F	A	E	M	G	F	T	C	L	R	I	S	I	A	W	A	R	I	F	P	Q	G	D	E	V	E	P	N	E	A	G	L	A	F	Y	D	R	L	F	D	E	M	A	Q	A	G	I	K	P	L	V	T	L	S	H	Y	E	M	P	Y	G	L	V	K	N	Y	G	G	W	A	N	R	A
Query Conservation							.
Alig confidence							.																							.	.	.	.																																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																														.	.	.	.																																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		D	S	S	L	D	A	L	A	Y	D	W	K	A	D	I	I	R	L	S	M	Y	I	Q	E	D	G	Y	E	.	.	.	.	T	N	P	R	G	F	T	D	R	M	H	Q	L	I	D	M	A	T	A	R	G	L	Y	V	I	V	D	W	H	I	L	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	P	G	D	P	H	Y
Template Known Secondary structure											T	S			S								S	S	T	T	S	G	G	.	.	.	.	G																		T	T	T											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	S			G	G	G
Template Predicted Secondary structure																														.	.	.	.																																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		169	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.					.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.											.	.	230	.	.	.	.
		145	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.		.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.
Predicted Secondary structure																								.
Query SS confidence																								.
Query Sequence		V	I	D	H	F	E	H	Y	A	R	T	V	F	T	R	Y	Q	H	K	V	A	L	.	W	L	T	F	N	E	I	N	M	S	L	H	A	P	F	T	G	V	G	L	A	E	E	S	G	E	A	E	V	Y	Q	A	I	H	H	Q	L	V	A	S	A	R	A	V	K	A	C	H	S	L	L	P	E	A	K	I	G
Query Conservation																								.
Alig confidence																								.										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		N	L	D	R	A	K	T	F	F	A	E	I	A	Q	R	H	A	S	K	T	N	V	L	Y	E	I	A	N	E	P	N	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	V	S	W	A	S	I	K	S	Y	A	E	E	V	I	P	V	I	R	Q	R	D	P	D	S	V	I	I
Template Known Secondary structure		G															T	T	T		S	S							S				S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S																					T	T
Template Predicted Secondary structure																																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		235	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.																						.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.
		224	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		N	M	L	L	G	G	L	V	Y	P	L	T	C	Q	P	Q	D	M	L	Q	A	M	E	E	N	R	R	W	M	F	F	G	D	V	Q	A	R	G	Q	Y	P	G	Y	M	Q	R	F	F	R	D	H	N	I	T	I	E	M	T	E	S	D	A	E	D	L	K	H	T	V	D	F	I	S	F	S	Y	Y	M	T	G
Query Conservation
Alig confidence							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		V	G	T	R	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	W	S	S	L	G	V	S	E	G	S	G	P	A	E	I	A	A	N	P	V	N	A	S	N	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	I	M	Y	A	F	H	F	Y	A	A	S
Template Known Secondary structure							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.			S	T	T	G	G	G	T			T						S			S	S	S	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.									T	T	T
Template Predicted Secondary structure							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		294	.	.	.	.																									.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.																	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.
		304	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		C	V	S	H	D	E	S	I	N	K	N	A	Q	G	N	I	L	N	M	I	P	N	P	H	L	K	S	S	E	W	G	W	Q	I	D	P	V	G	L	R	V	L	L	N	T	L	W	D	R	Y	Q	K	P	L	F	I	V	E	N	G	L	G	A	K	D	S	V	E	A	D	G	S	I	Q	D	D	Y	R	I	A
Query Conservation
Alig confidence						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.											.	.																	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.											.	.																	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		H	R	D	N	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	Y	L	N	A	L	R	E	A	S	E	.	.	L	F	P	V	F	V	T	E	F	G	T	E	T	Y	T	G	.	.	.	.	.	.	.	D	G	A	N	D	F	Q
Template Known Secondary structure						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.											.	.		S									S	S		T	T	S	.	.	.	.	.	.	.		S
Template Predicted Secondary structure						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.											.	.																	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		334	.	.	.																																			.	.	340	.	.	.	.	.	.	.			.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.								.	.	.	.	.	.	370
		384	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		Y	L	N	D	H	L	V	Q	V	N	E	A	I	A	D	G	V	D	I	M	G	Y	T	S	W	G	P	I	D	L	V	S	A	S	H	S	Q	M	S	K	R	Y	G	F	I	Y	V	D	R	D	D	N	G	E	G	S	L	T	R	T	R	K	K	S	F	G	W	Y	A	E	V	I	K	T
Query Conservation
Alig confidence														.	.	.			.	.	.																	.					.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation														.	.	.			.	.	.																	.					.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		M	A	D	R	Y	I	D	L	M	A	E	R	.	.	.	K	I	.	.	.	G	W	T	K	W	N	Y	S	D	D	F	R	S	G	A	V	.	F	Q	P	G	.	.	.	.	.	.	.	T	C	A	S	G	G	P	W	S	G	S	S	L	K	A	S	G	Q	W	V	R	S	K	L	Q	S
Template Known Secondary structure														.	.	.	T		.	.	.								S			S	S	T	T	S	S	.	B		T	T	.	.	.	.	.	.	.	T	T	T	T	T			S	S	G	G	G	B
Template Predicted Secondary structure														.	.	.			.	.	.																	.					.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		371	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.				.	.				.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400		.	.	.	.								.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430

No model constructed - rank, confidence too low

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Kelley LA and Sternberg MJE. Nature Protocols 4, 363 - 371 (2009) [pdf] [Import into BibTeX]
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