Job Description P11988 Confidence 99.83% Date Thu Jan 5 11:33:02 GMT 2012 Rank 79 Aligned Residues 284 % Identity 18% Template c1uhvD_ PDB info PDB header:hydrolase Chain: D: PDB Molecule:beta-xylosidase; PDBTitle: crystal structure of beta-d-xylosidase from2 thermoanaerobacterium saccharolyticum, a family 393 glycoside hydrolase Resolution 2.10 Å

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		65	.	.	.	.	70	.	.		.	.	.	.	.	.	.	80	.	.														.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130
Predicted Secondary structure										.											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence										.											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		Y	P	E	D	I	A	L	F	.	A	E	M	G	F	T	C	L	R	I	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	I	A	W	A	R	I	F	P	Q	G	D	E	V	E	P	N	E	A	G	L	A	F	Y	D	R	L	F	D	E	M	A	Q	A	G	I	K	P	L	V	T	L	S	H	Y	E	M	P
Query Conservation										.											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence										.											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.											.	.	.				.	.	.	.	.																							.	.
Template Conservation																																												.	.	.				.	.	.	.	.																							.	.
Template Sequence		Y	I	E	T	L	K	Y	V	K	E	N	I	D	F	K	Y	I	R	G	H	G	L	L	C	D	D	V	G	I	Y	R	E	D	V	V	G	D	E	V	K	P	F	.	.	.	Y	N	F	.	.	.	.	.	T	Y	I	D	R	I	F	D	S	F	L	E	I	G	I	R	P	F	V	E	I	G	.	.	F	M	P
Template Known Secondary structure											T	T	S								S		T	T	S	T	T	T	T								T	T						.	.	.				.	.	.	.	.														T									.	.		B
Template Predicted Secondary structure																																												.	.	.				.	.	.	.	.																							.	.
Template SS confidence
		35	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.				.	.	.						80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.			.	.	.
		131	.	.	.	.									.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.						.	.	.	.			.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure							.	.	.	.	.	.	.	.																													.	.	.	.	.					.	.
Query SS confidence							.	.	.	.	.	.	.	.																													.	.	.	.	.					.	.
Query Sequence		Y	G	L	V	K	.	.	.	.	.	.	.	.	N	Y	G	G	W	A	N	R	A	V	I	D	H	F	E	H	Y	A	R	T	V	F	T	R	Y	Q	H	K	.	.	.	.	.	V	A	L	W	.	.	L	T	F	N	E	I	N	M	S	L	H	A	P	F	T	G	V	G	L	A	E	E	S	G	E	A	E	V
Query Conservation							.	.	.	.	.	.	.	.																													.	.	.	.	.					.	.
Alig confidence							.	.	.	.	.	.	.	.		.																											.	.	.	.	.					.	.																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																.																																																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		K	K	L	A	S	G	T	Q	T	V	F	Y	W	E	.	G	N	V	T	P	P	K	D	Y	E	K	W	S	D	L	V	K	A	V	L	H	H	F	I	S	R	Y	G	I	E	E	V	L	K	W	P	F	E	I	W	N	E	P	N	L	K	E	F	W	K	D	A	D	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		G	G	G	B	S	S					T	T	T	T	.				S		B	S																										T	T						S	S		T	T	S	T	T	T	S	G	G	G		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																.																																																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		105	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.		.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.
		196	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		Y	Q	A	I	H	H	Q	L	V	A	S	A	R	A	V	K	A	C	H	S	L	L	P	E	A	K	I	G	N	M	L	L	G	G	L	V	Y	P	L	T	C	Q	P	Q	D	M	L	Q	A	M	E	E	N	R	R	W	M	F	F	G	D	V	Q	A	R	G	Q	Y	P	G	Y	M	Q	R	F	F	R	D	H	N
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																	.	.
Template Conservation		.	.	.																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																	.	.
Template Sequence		.	.	.	E	K	E	Y	F	K	L	Y	K	V	T	A	K	A	I	K	E	V	N	E	N	L	K	V	G	G	P	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	A	I	C	G	G	A	D	Y	W	I	E	D	F	L	N	F	.	.
Template Known Secondary structure		.	.	.																				T	T	S						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.				S	S		T										.	.
Template Predicted Secondary structure		.	.	.																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																	.	.
Template SS confidence
					172	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.																																	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.
		276	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																																																.	.
Query SS confidence																																																																																.	.
Query Sequence		I	T	I	E	M	T	E	S	D	A	E	D	L	K	H	T	V	D	F	I	S	F	S	Y	Y	M	T	G	C	V	S	H	D	E	S	I	N	K	N	A	Q	G	N	I	L	N	M	I	P	N	P	H	L	K	S	S	E	W	G	W	Q	I	D	P	V	G	L	R	V	L	L	N	T	L	W	D	R	Y	.	.
Query Conservation																																																																																.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																													.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	C	Y	E	E	N	V	P	V	D	F	V	S	R	H	A	Y	T	S	K	Q	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	E	Y	T	P	H	L	I	Y	Q	E	I	M	P	S	E	Y	M	L	N	E	F	K	T	V	R	E	I	I	K	N
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.			T	T	T				S									B				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.				S	S						B																			T
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
											215	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.																					.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.
						354	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.				.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.																																																																							.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.																																																																							.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	Q	K	P	L	F	I	V	E	N	G	L	G	A	K	D	S	V	E	A	D	G	S	I	Q	D	D	Y	R	I	A	Y	L	N	D	H	L	V	Q	V	N	E	A	I	A	D	G	V	D	I	M	G	Y	T	S	W	G	P	I	D	L	V	S	A	S	H	S	Q	M	S	K	.	.	.	R	Y	G
Query Conservation		.	.	.	.																																																																							.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.																.	.	.																									.	.	.	.	.	.																							.	.	.
Template Conservation																					.	.	.																									.	.	.	.	.	.
Template Sequence		S	H	F	P	N	L	P	F	H	I	T	E	Y	N	T	S	Y	S	P	.	.	.	Q	N	P	V	H	D	T	P	F	N	A	A	Y	I	A	R	I	L	S	E	G	G	D	Y	.	.	.	.	.	.	V	D	S	F	S	Y	W	T	F	S	D	V	F	E	E	R	D	V	P	R	S	Q	F	H	G	G	F	G
Template Known Secondary structure		S	S	S	T	T										S		S		T	.	.	.	T		G	G	G	G	S																		.	.	.	.	.	.		S					S		S	B	S				T	T	S	S			S	S		S			S
Template Predicted Secondary structure																					.	.	.																									.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		266	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.				.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.							.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.
		427	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		F	I	Y	V	D	R	D	D	N	G	E	G	S	L	T	R	T	R	K	K	S	F	G	W	Y	A	E	V	I	K
Query Conservation
Alig confidence									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		L	V	A	L	N	M	I	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	P	K	P	T	F	Y	T	F	K	F	F	N	A
Template Known Secondary structure		S			T	T	T		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.												T	T
Template Predicted Secondary structure									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		337	.	.	340	.	.	.											.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.

No model constructed - rank, confidence too low

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Kelley LA and Sternberg MJE. Nature Protocols 4, 363 - 371 (2009) [pdf] [Import into BibTeX]
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