Job Description P11988 Confidence 98.66% Date Thu Jan 5 11:33:02 GMT 2012 Rank 120 Aligned Residues 233 % Identity 22% Template c1nofA_ PDB info PDB header:hydrolase Chain: A: PDB Molecule:xylanase; PDBTitle: the first crystallographic structure of a xylanase from2 glycosyl hydrolase family 5: implications for catalysis Resolution 1.42 Å

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		75	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.					.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150
Predicted Secondary structure																																																																	.	.	.	.
Query SS confidence																																																																	.	.	.	.
Query Sequence		M	G	F	T	C	L	R	I	S	I	A	W	A	R	I	F	P	Q	G	D	E	V	E	P	N	E	A	G	L	A	F	Y	D	R	L	F	D	E	M	A	Q	A	G	I	K	P	L	V	T	L	S	H	Y	E	M	P	Y	G	L	V	K	N	Y	.	.	.	.	G	G	W	A	N	R	A	V	I	D	H	F	E
Query Conservation																																																																	.	.	.	.
Alig confidence												.	.	.	.	.	.	.											.	.	.	.	.																			.	.												.	.	.	.
Template Conservation												.	.	.	.	.	.	.											.	.	.	.	.																			.	.
Template Sequence		I	G	L	S	I	M	R	V	R	I	.	.	.	.	.	.	.	D	P	D	S	S	K	W	N	I	Q	.	.	.	.	.	L	P	S	A	R	Q	A	V	S	L	G	A	K	I	M	A	T	P	.	.	W	S	P	P	A	Y	M	K	S	N	N	S	L	I	N	G	G	R	L	L	P	A	N	Y	S	A	Y	T
Template Known Secondary structure												.	.	.	.	.	.	.		S	S	G	G	G	G	G	G	G	.	.	.	.	.										T	T								.	.	S				G	G	G	B	T	T	S	S	S	B	S			B	B		G	G	G
Template Predicted Secondary structure												.	.	.	.	.	.	.											.	.	.	.	.																			.	.
Template SS confidence
		75	.	.	.	.	80	.	.	.	.								.	.	.	.	.	90	.	.	.	.						.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.			.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140
		151	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.				.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure														.	.	.
Query SS confidence														.	.	.
Query Sequence		H	Y	A	R	T	V	F	T	R	Y	Q	H	.	.	.	K	V	A	L	W	L	T	F	N	E	I	N	M	S	L	H	A	P	F	T	G	V	G	L	A	E	E	S	G	E	A	E	V	Y	Q	A	I	H	H	Q	L	V	A	S	A	R	A	V	K	A	C	H	S	L	L	P	E	A	K	I	G	N	M	L	L
Query Conservation														.	.	.
Alig confidence														.	.	.																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		S	H	L	L	D	F	S	K	Y	M	Q	T	N	G	A	P	L	Y	A	I	S	I	Q	N	E	P	D	W	K	P	D	Y	E	S	C	E	W	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	G	D	E	F	K	S	Y	L	K	S	Q	G	S	K	F	G	S	L	K	V	I	V	A	E	S
Template Known Secondary structure														T	T				S				S		S		T	T				S	S	B			B		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.													G	G	G	G	T	T	S
Template Predicted Secondary structure																																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		141	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.																		.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.
		228	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.			.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																													.	.
Query SS confidence																																																													.	.
Query Sequence		G	G	L	V	Y	P	L	T	C	Q	P	Q	D	M	L	Q	A	M	E	E	N	R	R	W	M	F	F	G	D	V	Q	A	R	G	Q	Y	P	G	Y	M	Q	R	F	F	R	D	H	N	I	T	I	E	M	T	E	S	D	A	E	.	.	D	L	K	H	T	V	D	F	I	S	F	S	Y	Y	M	T	G	C	V
Query Conservation																																																													.	.
Alig confidence					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.											.	.
Template Conservation					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		L	G	F	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	N	P	A	L	T	D	P	V	L	K	D	S	D	A	S	K	Y	V	S	I	I	G	G	H	L	Y	G	T	T	P	K
Template Known Secondary structure		T	T		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.		G	G	G	T					T						T	T									T	T	S
Template Predicted Secondary structure					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		204	.	.																																															.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.
		306	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		S	H	D	E	S	I	N	K	N	A	Q	G	N	I	L	N	M	I	P	N	P	H	L	K	S	S	E	W	G	W	Q	I	D	P	V	G	L	R	V	L	L	N	T	L	W	D	R	Y	Q	K	P	L	F	I	V	E	N	G	L	G	A	K	D	S	V	E	A	D	G	S	I	Q	D	D	Y	R	I	A	Y	L
Query Conservation
Alig confidence					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																							.	.	.	.	.	.
Template Conservation					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																							.	.	.	.	.	.
Template Sequence		P	Y	P	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	L	A	Q	N	A	G	K	Q	L	W	M	T	E	H	Y	V	D	S	K	Q	S	A	.	.	.	.	.	.	N	N	W	T	S	A	I	E	V
Template Known Secondary structure					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.					T	T										S		T	T	S		T	.	.	.	.	.	.	T
Template Predicted Secondary structure					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																							.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		238	.	240																																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.							.	.	.	.	.	.	.	270	.
		386	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		N	D	H	L	V	Q	V	N	E	A	I	A	D	G	V	D	I	M	G	Y	T	S	W	G	P	I	D	L	V	S	A	S	H	S	Q	M	S	K	R	Y	G	F	I	Y	V	D	R	D	D	N	G	E	G	S	L	T	R	T	R	K	K	S	F	G	W	Y	A	E	V	I	K
Query Conservation
Alig confidence												.	.	.	.	.														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation												.	.	.	.	.														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		G	T	E	L	N	A	S	M	V	S	.	.	.	.	.	N	Y	S	A	Y	V	W	W	Y	I	R	R	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	Y	G	L	L	T	E	D	G	K	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	V	S	K	R	G	Y	V	M	S	Q	Y	A	R
Template Known Secondary structure											T	.	.	.	.	.	T									S	B	S	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	S	S	B		T	T	S		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	B												T
Template Predicted Secondary structure												.	.	.	.	.														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		272	.	.	.	.	.	.	.	280	.						.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.												.	.	.	.	.	300	.	.	.											.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.

No model constructed - rank, confidence too low

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Kelley LA and Sternberg MJE. Nature Protocols 4, 363 - 371 (2009) [pdf] [Import into BibTeX]
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