Job Description P32717 Confidence 99.98% Date Thu Jan 5 11:50:40 GMT 2012 Rank 7 Aligned Residues 341 % Identity 14% Template c2ohiB_ PDB info PDB header:oxidoreductase Chain: B: PDB Molecule:type a flavoprotein fpra; PDBTitle: crystal structure of coenzyme f420h2 oxidase (fpra), a diiron2 flavoprotein, reduced state Resolution 2.30 Å

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		114	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.															.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.			.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																									.	.
Query SS confidence																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																									.	.
Query Sequence		G	I	S	G	L	F	K	V	T	D	K	M	Y	Q	V	R	G	Q	D	I	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	N	I	T	F	V	E	G	E	K	G	I	I	V	I	D	P	L	V	T	P	P	A	A	K	.	.	A	A	L	D	L	Y	F	Q	H	R	P	Q	K	P	I	V	A	V	I
Query Conservation																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																									.	.
Alig confidence																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																									.	.
Template Conservation
Template Sequence		M	K	A	A	A	K	R	I	S	D	G	V	Y	W	T	G	V	L	D	W	D	L	R	N	Y	H	G	Y	T	L	Q	G	T	T	Y	N	A	Y	L	V	C	G	D	E	G	V	A	L	I	D	N	S	Y	P	G	T	F	D	E	L	M	A	R	V	E	D	A	L	Q	Q	V	G	M	E	R	V	D	Y	I	I
Template Known Secondary structure											T	T									S	S			B	S	S	S		B		S												S	S									S	T	T																	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		1	.	.	.	.	.	.	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80
		178	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		Y	T	H	S	H	T	D	H	Y	G	G	V	K	G	I	I	S	E	A	D	V	K	S	G	K	V	Q	V	I	A	P	A	G	F	M	D	E	A	I	S	E	N	V	L	A	G	N	I	M	S	R	R	A	L	Y	S	Y	G	L	L	L	P	H	N	A	Q	G	N	V	G	N	G	L	G	V	T	L	A	T	G
Query Conservation
Alig confidence																			.	.	.	.																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																			.	.	.	.																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		Q	N	H	V	E	K	D	H	S	G	V	L	V	E	L	H	R	.	.	.	.	R	F	P	E	A	P	I	Y	C	T	E	V	A	V	K	G	L	L	K	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	H
Template Known Secondary structure			S			S					T	T							.	.	.	.			T	T																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																			.	.	.	.																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		81	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.					.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.																																								.
		258	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.		.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																											.																.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																											.																.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		D	P	S	I	I	A	P	T	K	T	I	V	R	T	G	E	K	M	I	I	D	G	L	E	F	D	F	L	M	T	P	G	S	E	A	P	A	E	M	H	F	Y	I	P	A	L	K	A	L	C	T	A	E	N	A	T	H	.	T	L	H	N	F	Y	T	L	R	G	A	K	T	R	D	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation																																																											.																.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																																																											.																.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		Y	P	S	L	R	E	A	E	F	M	T	V	K	T	G	D	V	L	D	L	G	G	K	T	L	T	F	L	E	T	P	L	L	H	W	P	D	S	M	F	T	L	L	D	E	D	G	I	L	F	S	N	D	A	F	G	Q	H	L	C	C	P	Q	R	L	D	R	E	I	P	E	Y	I	L	M	D	A	A	R	K
Template Known Secondary structure			G	G	G	G	G								T	T						S	S									T	T	S	S		T	T							T	T	T	T					T	T	T	T							S			B	G	G	G	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		118	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.
											330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.		.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.																	.	.	.	.	.	380	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.															.																																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.															.																																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	S	K	W	T	E	Y	L	N	E	T	L	D	M	.	W	G	N	D	A	E	V	L	F	M	P	H	T	W	P	V	W	G	N	K	H	I	N	D	Y	I	G	K	Y	R	D	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	I	K	Y	I	H	D	Q	T
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.															.																																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.															.																																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		F	Y	A	N	L	I	T	P	L	S	K	L	V	L	K	K	F	D	E	V	K	E	L	G	L	L	E	R	I	Q	M	I	A	P	S	H	G	Q	I	W	T	D	P	M	K	I	I	E	A	Y	T	G	W	A	T	G	M	V	D	E	R	V	T	V	I	Y	D	T	M	H	G	S	T	R	K	M	A	H	A	I
Template Known Secondary structure							T	G	G	G														T	T		S	T	T							S	S	S		B	B	S	S													T	T				S									S	S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		198	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.
		384	.	.	.	.	.												390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.
Predicted Secondary structure								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		L	H	L	A	N	Q	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	Y	T	M	N	E	I	G	D	M	I	K	L	P	P	A	L	A	N	N	W	A	S	R	G	Y	Y	G	S	V	S	H	N	A	R	A	V	Y	N	F	Y	L	G	Y	Y	D	G	N	P	A	N	L	H	P	Y	G	Q	V	E	M	G	K	R
Query Conservation								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																		.	.																																									.	.	.	.
Template Conservation																																				.	.																																									.	.	.	.
Template Sequence		A	E	G	A	M	S	E	G	V	D	V	R	V	Y	C	L	H	E	D	D	R	S	E	I	V	K	D	I	L	E	S	G	A	I	.	.	A	L	G	A	P	T	I	Y	D	E	P	Y	P	S	V	G	D	L	L	M	Y	L	R	G	L	K	F	N	R	T	L	T	R	K	A	L	V	F	G	S	.	.	.	.
Template Known Secondary structure								T	T								T	T	T	S											T		S			.	.								T	T				T														G	G	G	T											.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																				.	.																																									.	.	.	.
Template SS confidence
		278	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.			.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.
		453	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		Y	V	Q	A	L	G	G	S	A	R	V	I	N	L	A	Q	E	A	N	K	Q	G	D	Y	R	W	S	A	E	L	L	K	Q	V	I	A	A	N	P	G	D	Q	V	A	K	N	L	Q	A	N	N	F	E	Q	L
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	M	G	G	N	G	G	A	T	G	T	M	K	E	L	L	A	E	A	G	F	D	V	A	C	E	E	E	V	Y	Y	V	P	T	G	D	E	L	D	A	C	F	E	A	G	R	K	L	A	A	E	I
Template Known Secondary structure		.	.	.	.		S	S	S														T	T											S	S
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.
Template SS confidence
						352	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.